가상머신 설치의 새로운 시도

Xmanager를 통해 접속한 원격 리눅스 서버에 VirtualBox를 세팅하여 사용할 생각을 그동안 해 본적이 없었다. VirtualBox는 그저 내가 물리적으로 바로 앞에 놓고 사용 중인 컴퓨터에 깔아서 쓴다고만 생각했었기 때문이다. VirualBox 역시 X application이니 안될 이유가 없다.

CentOS 6.x 시스템에 VirtualBox를 설치해 보자. 다운로드는 여기에서 받으면 된다. yum을 사용하여 설치한다면 패키지를 다운로드할 필요도 없다. /etc/yum.repos.d/virtualbox.repo라는 파일에 이 파일의 내용만 기록한 다음, 관리자 권한으로 이렇게 실행하면 된다.

yum install VirtualBox-5.0

rpm 명령어를 직접 다룰 일이 없으니 얼마나 편리한가! 다음으로는 CMG-Biotools의 ISO 파일을 받아다가 가상 머신을 설치해보면 된다.

왜 리눅스 서버에 VirtualBox를 설치할 생각을 했는가? 업무용 데스크탑 컴퓨터(윈도7)는 사양이 너무 저급하기 때문이다. MyPro(a seamless pipeline for automated prokaryotic genome assembly and annotation)라는 환경이 나온 것도 이러한 시도를 하게 만든 계기가 되었다. 일루미나를 사용한 미생물 시퀀스 데이터를 전처리 후 de novo assembly를 한 다음 annotation까지 거치는 전 과정을 몇 개의 파이썬 스크립트로 실행할 수 있는 바이오-리눅스 8 기반의 환경을 아예 가상머신 파일로 만들어 제공하는 것이다. ISO 파일로도 떠서 제공하면 어땠을지 모르겠다.

MyPro에 포함된 요소 프로그램들은 다음과 같다. 이것들을 일일이 설치하려면 얼마나 성가신 일이겠는가?

• Abyss 1.5.2 
• Bio-Linux 8
• CISA 1.3
• Edena V3.131028
• FastQC 0.10.1
• Prokka 1.10
• r2cat
• SOAP2 2.21
• SOAPdenovo 2.04
• SPAdes 3.1.1
• Tablet 1.14.04.10
• VelvetOptimiser 2.2.5

A5-miseq이나 Unipro UGene에서는 요소 프로그램들을 패키지에 한데 묶어서 배포한다. 그런데 MyPro는 아예 가상 머신 내에다가 [요소 프로그램 + 파이썬 스크립트 + DB]를 전부 묶어서 배포를 하니 이보다 더 편리할 수가 없다.