2021년 1월 18일 월요일

영업 비밀이 아닌 '균주'의 획득 경로는 정당하지 않아도 되는가?

미국 ITC에서는 메디톡스가 제품 생산용으로 사용하는 Hall A-hyper 보툴리눔균주가 메디톡스의 독자적인 영업 비밀이 아니라고 판결을 내렸다(관련 글 링크). 그 근거는 미국 위스콘신대학교를 중심으로 한때 이 균주(의 모체)가 자유롭게 풀린 적이 있었기 때문이다. 요즘에는 정식으로 물질이전계약서(material transfer agreement, MTA)를 체결하여 이용의 범위와 재배포 조건(보통은 금지) 등에 대하여 합의를 해야 한다. 그러나 위스콘신대학교는 그 당시 균주 공여에 대한 특별한 조치를 취하지 않았다고 한다. 즉, 돈을 받고서 사용 권한을 명시한 계약서와 함께 균주를 제공한 것이 아니라는 뜻이다. 그러니 그곳에서 학위를 마치고 부교수까지 지냈던 사람이 연구에 사용하던 균주를 귀국하면서 갖고 온 것에 대하여 '도둑질'이라고 매도할 수는 없다. 내가 알기로는 현재 위스콘신대학교가 메디톡스 보유 Hall A-hyper 균주에 대하여 아무 권한도 요청하지 않겠다는 확인서를 발급해 주었다고 한다. 이것이 균주의 취득 과정 정당성을 확인하는 공식적인 문서 자체는 아니다. 이 점을 들어서 대웅제약에서는 오히려 메디톡스의 균주 출처가 가장 불확실하다고 계속 공격하는 것 같다. 하지만 근무 기록이나 연구 주제, 그리고 KAIST 독성학 연구실에서 진행한 연구 등 무수한 증거는 균주의 입수 과정을 명백하게 보여 준다.

물론 이삿짐에 균주를 싸서 들여오는 것은 매우 위험하고(당시의 법으로는 처벌하기 어려움) 그 과정에서 특별한 유출 사고가 일어나지 않은 것은 다행스러운 일이다. 그러나 보툴리눔균은 생물 무기 또는 바이오테러에 쓰일 수 있는 대단히 위험한 균주라는 인식이 널리 퍼지면서 현재는 이를 입수 또는 활용하는데 상당히 까다로운 절차를 거쳐야 한다. 보툴리눔균은 무려 다섯 개나 되는 국내법에 의하여 관리를 제한하고 있다(감염병예방법, 유전자변형생물체법, 생화학무기금지법, 대외무역법, 가축전염병예방법). 이를 주관하는 정부의 소관 부처는 질병관리본부, 산업통상자원부 및 농림축산검역본부의 3개에 이른다.

미국의 생물자원은행에 해당하는 ATCC(American Type Culture Collection)에는 Clostridium botulinum이라는 검색어를 넣어도 아무 정보가 나오지 않는다. 구입과 활용에 제한이 걸린 균주라서 아예 아무런 정보도 공개를 하지 않는 것 같다. 반면 영국의 NCTC(National Collection of Type Cultures)에서 검색을 하면 품목 중 24개의 것이 해당된다는 결과가 나온다(링크).

균주 자체는 영업 기밀이 아니므로 이를 사용하여 보툴리눔 독소 제제를 만드는 것을 균주 제공자가 말릴 수는 없을 것이다. 만약 두 당사자 사이에 계약서가 존재한다면 어떻게 될까? 연구 용도로만 쓰는 조건으로 균주를 제공했는데(보유 경위에 대하서는 성실 신고를 했다고 치자), 받은 기업에서 이것으로 별안간 사업화를 한다고 가정하자. 제공자는 명백한 계약 위반으로 문제를 삼을 것이고, 사업자는 ITC의 판례를 들어(이것이 국내에 어떤 영향을 미쳐야 하는지는 별도로 하고) 영업 비밀이 아닌 균주이니 우리 원하는 대로 하겠다고 맞받아칠지도 모르는 일이다. 그리고 제공자가 이 균주에 대한 독점적 권한을 애초에 받은 것도 아니지 않냐고 주장할 것이다. 여러모로 지금의 분쟁 상황과 비슷하게 굴러간다.

고위험성 병원체의 보유 허가(질병관리청)를 받으려면 균주를 입수하게 된 경위를 사실대로 신고해야 함이 상식적이다. 바로 위에서 보인 '가상의 분쟁'도 균주 입수에 대한 신고 및 허가는 사실에 입각하여 정상적으로 이루어졌다는 가정 하에 써 본 것이다. 지금 질병관리청이 실시하고 있는 전수 조사에서 만일 균주 입수 경위를 허위로 신고했음이 드러나면 감염병 예방법상 위법에 해당하므로 보유 허가 취소는 물론 고발 조치를 취하겠다고 한다. 이는 당연히 의약품의 허가 사항(식약처 소관)에도 영향을 미치게 될 것이다. 뉴스에 의하면 조사서를 부실하게 작성하여 제출한 기업이 일부 있다고 한다. 

[데일리메디] 국내 보톡스 제약사 제출서류 일부 '허위'···파장 예고 (2021년 1월 11일)

[매경헬스] 질병청, "균주 영업비밀과 관계없이 허위신고는 명백한 위법" (2021년 1월 14일)

현장 실사에서 허위 신고 여부가 가려지면 정말 좋겠으나, 만약 신고용 균주와 생산용 균주를 별도로 유지하고 있다면(이건 명백히 범죄일 것이다) 압수 수색 권한이라도 있지 않고서야 이를 어떻게 적발할 것인가? 보툴리눔 제제 생산을 위한 배양 과정은 제철소처럼 용광로에 한번 불을 지피면 일년 내내 가동해야 하는 것도 아니니 압수 수색 권한이 있다 하더라도 현장을 급습(?)하여 배양 샘플을 채취하는 것도 어렵다. 실효성 있는 현장 조사 방법을 수립하는 것은 질병관리청의 숙제로 남았다.

ITC의 최종 판결에서 보툴리눔균주가 과거 한때 자유롭게 돌아다닌 일이 있으니 더 이상 특정 기업의 영업 비밀이 될 수 없다 하였으니 균주의 취득 경위는 상관 없이 아무나 이를 사용하여 보툴리눔 독소 제제를 만들어도 되는 것일까? 대웅제약은 ITC의 판결을 이용하여 자사의 입장을 홍보하는데 열을 올리고 있는데, 솔직하게 말해서 이는 옳지 않은 해석이라 생각한다. 대웅제약이 정말 보툴리눔균주를 국내 환경에서 분리해 냈을까? 대웅제약은 인정하기 싫겠지만 ITC가 내린 과학적 결론은 그렇지 않다. 그럼에도 불구하고 균주 자체는 영업 비밀이 아니니 이제 출처 논쟁에서 완전히 벗어났다는 태도를 보이고 있다.

Hall A-hyper 균주가 자유롭게 돌아다니던 것은 법률로 제한을 가하기 이전의 상황이다. 나는 법률쪽 전문가는 아니므로 단지 생명과학자의 입장에서만 말한다면 영업 비밀의 지위를 일단 잃게 되면 다시 얻을 수 없다는 판결은 다툼의 여지가 있는 것 같다. 어찌되었든 국내의 기업들이 보툴리눔 독소 제제 개발에 흥미를 갖고 균주를 확보하려고 움직이기 시작하던 시절에는 이미 법을 통한 규제가 이루어지고 있었고, Hall A-hyper 균주를 부적절한 방법으로 입수하여 판매하는 업자가 생겨났다는 것은 공공연한 비밀이 되었다. 많은 기업들이 이를 통해서 균주를 구입한 뒤 국내 환경에서 분리한 것으로 허위 신고했을 가능성이 상당히 높다. 국내에서 Hall A-hyper를 비롯한 A형 보툴리눔 균주가 이렇게 여러 기업에 의해 분리가 된 것이 사실이라면, 식품매개 보툴리눔독소증 환자가 지금까지 알려진 것보다는 훨씬 더 많이 보고되어야 한다. 

영업 비밀의 요건을 갖추지 못한 균주(앞서 말했듯이 다툼의 여지가 있음)라 해서 이를 불법적인 방법으로 취득하여 사용한 것을 정당화할 수는 없다고 생각한다. 만약 자연계에서 균주를 분리했다는 신고가 사실은 허위임을 시인했다고 하자. 그러면 보유 허가는 취소될 것이고, 자연스럽게 제품 허가도 같은 수순을 밟을 것이다. 당연히 균주와 제품은 전부 폐기해야 할 것이다. 이는 고위험성 균주 관리에 대한 법률을 어긴 것, 즉 국민 안전에 심각한 위험이 될 수도 있는 행위를 한 것에 대한 합당한 처분이다. 이 문제는 균주의 영업 비밀 여부와는 상관이 없다. 만약 메디톡스가 상대 기업에 대하여 배상청구를 한다면, 이에 저항하기 위해 영업 비밀 이슈를 들고 나올 수는 있을 것으로 본다.

부디 올해는 모든 불확실성을 거두어 내는 기점이 되었으면 한다.

2021년 1월 15일 금요일

메디톡스-대웅제약 ITC 분쟁과 관련한 최종 판결문 공개 버전을 입수하다

2018년도 매경 미디어 그룹의 'Pulse'에서 실은 기사 하나를 소개하는 것으로 오늘의 글을 시작한다.

Botox craze in S. Korea raises concerns over toxin strain leakage [국문 기사 - 보톡스 테러악용 막으려면...NGS 통해 관리·추적할 수 있어야]

한국은 명실상부한 보톡스 강국이다. 전 세계에서 4개 회사가 보톡스를 제품화했는데, 한국 업체는 3개나 된다(2021년 현재 국내에서 20개나 되는 기업이 이미 의약품 허가를 받았거나 준비 중에 있다고 한다). 이렇게 많은 회사가 지극히 위험한 균주를 다루고 있으므로, 관리 부실이나 테러 목적으로 균주가 유출되면 대단히 위험하다. 유전체 해독을 통한 균주 관리를 정부 주도로 하지 않을 이유가 없다.

작년 말부터 질병관리청을 통해 실태 조사가 시작되었지만, 유전체 해독(NGS)을 하자는 것에 대하여 많은 기업들이 반대를 하고 있고, 해당 부처의 의지도 아직 강한 것 같지는 않다.

조사번호 337-TA-1134가 할당된 메디톡스-대웅제약의 ITC 소송 최종 판결문 전문이 2021년 1월 13일 드디어 공개되었다. 누구나 ITC EDIS(Electronic Document Information System) 사이트에 사용자 등록을 하면 PDF를 받을 수 있다. 여기에서 입수한 문서의 사용 제한에 대한 규정이 있지만 무슨 말인지 잘 파악이 되지 않는다. 파일을 직접 읽어보고 일부를 발췌한 뒤 내 의견을 달아서 블로그에 글을 올리는 정도로는 문제가 되지 않을 것으로 생각된다. 파일을 공개된 사이트에 첨부해 올리면 어떻게 될까? 잘 모르겠다.

국내 소송에서는 균주의 유전체 해독을 통해서 관련성이 있음을 가리자는 주장이 받아들여지지 않았다. 그래서 16S rRNA 유전자 염기서열이나 포자형성능 분석과 같이 핵심을 벗어나는 기법을 가지고 지리한 공방을 이어오고 있다. 국내 법원에서는 시행하지 못했던 유전체 염기서열 비교를 ITC는 강제적으로 할 수 있었던 것이다. 이러한 현실이 안타깝지만 여기에서 대단히 큰 의미가 있는 결론이 나온 것이다.

핵심 쟁점은 메디톡스의 영업 비밀(trade secret), 즉 보툴리눔 독소 생성 균주와 생산 공정을 대웅제약이 도용했는가에 관한 것이다. 예비판결문(FID, final initial determination)에서는 두 가지 전부 도용한 것으로 인정되어 10년 동안 미국으로의 수입을 금지하는 결정을 내렸으나, 최종판결문에서는 생산 공정에 대한 영업 비밀 침해만이 인정되어 21개월의 수입 금지라는 훨씬 가벼운 판결이 나왔다. 이에 대하여 두 당사자는 전부 불만이고, 판결문의 해석을 둘러싼 거친 언론전 제2라운드를 시작하였다. 기자님들, 기업에서 제공한 보도자료만 보지 말고 EDIS에서 최종판결문 좀 받아다가 좀 읽어나 보세요...

균주의 도용에 대해서는 FID의 결론을 그대로 인용하였다. FID에서는 Paul Keim이라는 전문가로 하여금 두 회사 균주의 유전체를 비교하게 만든 증거를 채택하였다. 물론 이는 메디톡스에서 추천한 전문가이고, 대웅제약에서는 다른 사람을 추천하여 각각 분석 결과를 제출하게 하였다. FID에서는 Keim의 보고서를 더욱 중요시한 것으로 알고 있다. 위에서 소개한 Pulse의 기사를 클릭하면 당시 한국을 방문한 Keim의 사진이 나온다. 최종 판결문에서 중요한 문장 몇 개를 추려 보겠다.

  • (34쪽) The FID finds that Respondents misappropriated the Medytox bacterial strain. 
  • (37쪽) Respondents no longer assert the defense of independent development, i.e., that Daewoong founds its strain in the soil... (이것은 매우 중요한 사항임) 대웅이 더 이상은 독자적으로 토양에서 균주를 분리했다고 주장하지 않는다.
  • (37쪽) The Commission agrees with the FID's analysis. The genetic evidence establishes by more than a preponderance of the evidence (indeed by near certainty) that Daewoong derived its strain from Medytox.
  • (40쪽) Thus, the Commission finds that the evidence supports the FID's findings that Daewoong acquired the Medytox strain by improper means.
중요한 결론 중 하나가 내려졌다. 대웅이 메디톡스의 균주를 부당한 방법으로 획득했음을 위원회에서 인정한 것이다. 그런데 이 균주 자체에 대해서는 영업 비밀의 요건을 갖추지 못한 것으로 판단하였다. 훔친 것은 맞는데 보호받을 가치는 없다? 보호받을 가치가 없는 것을 훔친 것은 죄가 아니다?
너희 집에서 숟가락을 하나 훔쳐서 밥을 먹었어. 좀 미안하지만 숟가락은 누구나 쉽게 살 수 있잖아. 너희 집 숟가락은 법적으로 보호 받을 가치가 없대. 그런 물건을 좀 갖고 나왔기로서니 그게 왜 도둑질이 되겠니?
1970년대에 미국 위스콘신 대학이 보유하던 보툴리눔 균주(Hall A-hyper라고 널리 알려짐)는 연구자들 사이에 자유롭게 공유될 수 있었다는 분위기였다고 한다. 그 이후 연구자를 위험에 빠뜨리게 하거나 바이오테러에 쓰일 수 있는 고위험성 균주의 관리에 대한 법률이 전세계적으로 강화되고 보툴리눔균의 상업적 이용에 눈을 뜬 기업들이 관리를 강화하면서 보툴리눔 균주를 얻는 것이 상당히 까다로와졌다. 다시 말해서 자연계에서 직접 찾아내지 않으면 어려운 상황이 되었는데, 신기하게도 우리나라에서는 보툴리눔 제제의 원료가 될 수 있는 A형 균주를 주변 토양에서 분리하였다는 회사가 너무나 많다. 식품 유래 보툴리눔독소증은 거의 보고되지 않으면서도 주변 흙에 이렇게 많은 보툴리눔균이 살고 있다니 대한민국은 정말 축복 받은 기회의 땅인 것이다!

ITC에서 균주 자체는 영업 비밀사항이 아니라는 결론을 내린 논리의 흐름은 생각보다 어렵다. 기존에는 영업 비밀이라 하더라도, 균주에 대한 제한 없는 접근이 주어진다면(위스콘신 대학 시절) 그 이후로는 더 이상 영업 비밀이 될 수 없다는 것이다. 영업 비밀이 되는 가장 합당한 방법은 개량을 통해 균주 자체의 상업적 가치를 원본 Hall A-hyper보다 더 낫게 만드는 것이다. 이와 같이 현저한 수준의 기술적 개량이 이루어지지 않은 상태에서 한 번 풀린 영업 비밀은 더 이상 비밀이 아니라고 한다. 이러한 논리에 대하여 상황에 따라서 다시 영업 비밀이 될 수도 있다는 주장을 폈으나 받아들여지지 않은 것 같다. 이것이 내가 최종 판결문을 읽고서 이해한 바다.

제품 제조 공정의 도용 문제는 그 분야의 전문가가 아니라서 나도 판단을 내릴 수가 없다. 게다가 공개된 예비·최종 판결문 전부 중요한 문구는 지운 상태로 제공되었다. ITC의 판단은 균주는 제외하고 제품 제조 공정만이 영업 비밀로서 대웅제약이 이를 침해했다는 것이다.

도용은 맞는데, '영업 비밀로 보호받을 수 있는 것은 아니다 - 이 문구를 놓고서 두 회사는 첨예하게 대립하고 있다. 메디톡스는 균주를 훔쳐간 것을 판결이 나왔으니 이에 대해 책임을 묻겠다는 입장이고, 반대로 대웅제약은 균주가 영업 비밀이 아니므로 이에 대한 책임을 벗어났다고 주장한다. 오히려 메디톡스 균주의 출처가 더욱 의심스럽다고 말한다.

그런데 말이다.

만약 메디톡스의 보툴리눔 균주가 위스콘신 대학 당시의 Hall A-hyper와 특출나게 다르다면 영업 비밀로 인정받는 데 어려움이 없었을 것이다. 유전체 해독 결과 두 균주의 유전체 차이는 수(십) 염기쌍에 지나지 않는다. 특출나게 다르다고 보기는 어렵다. 물론 염기 하나 차이가 결정적인 phenotype의 변화를 이끌어 낼 수도 있지만... 균주가 한국으로 들어온 다음 어떤 설계에 의한 유전자 조작도 하지 않은 것으로 안다. 따라서 우연하게 발생한 몇 개의 변이가 원본 Hall A-hyper에 비하여 메디톡스의 균주의 상업적 가치를 더 높이지는 않았다고 위원회는 판단한 것이다. 최종판결문의 57쪽에는 이런 문구가 있다.

Respondents contend that "the Medytox botulinum strain does not embody any information that is secret: but "the strain is a copy of the so-called Hall-A hyper strain--a well-known cell line that traces back to Dr. Ivan Hall's study of the organism almost a century ago."

대웅제약은 메디톡스 균주가 오래된 유명 균주 Hall A-hyper의 복제본이고(이미 널리 퍼져 있으며 유전체 정보도 공개됨), 따라서 이보다 더 나은 가치를 지니지 않는다고 하였다. 이 말은, 메디톡스 균주가 Hall A-hyper에서 왔음을 시인하는 것이다. 그러면서 왜 보도자료를 통해서 메디톡스 균주 출처가 분명하지 않다고 주장하는가? 과학적으로는 두 균주가 같은 계통임이 명백하니, 아마도 여기저기 돌아다니고 있는 Hall A-hyper 균주를 메디톡스도 입수하여 사용하는 것 아니냐는 정도의 말을 하고 싶은 것 같다. 하지만 어쩌랴? 고위험성 균주의 관리가 강화되기 전, 그리고 연구 재료에 대한 재산적 가치에 대한 철저한 개념이 없던 1970년대에 갖고 귀국한 균주이니 요즘 기준에 맞게 정당한 입수 절차에 대한 서류를 근거 자료로 내 놓을 수가 없다. 하지만 그 국내 연구실(4층에 있었음)에서 보툴리눔균 관련 연구를 해 왔다는 것은 같은 건물 2층에 있던 나를 비롯한 학과의 모든 대학원생이 다 알던 사실이다. 그걸 기억하던 내 뇌라도 스캔해서 증거로 내놓아야 하나...

앞으로 이 분쟁이 어떠한 방향으로 흘러갈 지는 알기가 어렵다. 국내 민사에서는 ITC의 최종 판결문을 참조할 수는 있겠지만, 엄연히 주권이 있는 국가의 법원이 외국의 법원(정확히 말하자면 대통령 직속 준사법기관)에서 내린 판결에 기대는 행위에 대한 부정적인 시각도 분명히 존재한다. 국내 문제를 미국 법정까지 끌고 가서 K-바이오의 위상에 먹칠을 했다느니, 한국 기업의 미국 시장 진출을 막으려는 앨러간의 앞잡이 노릇만 했다느니 등의 댓글을 하도 많이 보아서 이제는 면역이 생길 지경이 되었다. 메디톡스 균주의 출처부터 밝히라는 댓글을 보면 '후~' 담배라도 한 대 불붙여 물고 싶다. 참고로 나는 비흡연자이다.

불확실성을 거두어 내고 많은 사람이 행복한 사회가 되면 참 좋겠지만, 두 기업의 싸움은 이제 감정적으로도 격화되어서 끝을 알 수 없는 곳까지 치닫는 것만 같아 안타깝다. 원만한 합의의 길은 요원하기만 하다. 대웅제약의 법무팀이 얼마나 탄탄하게 짜여져 있는지에 대해서는 이미 잘 알려져 있고, 최근 메디톡스는 검사 출신을 부사장으로 영입하였다. 큰 싸움을 앞두고 탄약고를 가득 채우고 있다는 메시지를 주고 있지 않은가? 

2021년 1월 12일 화요일

[우분투의 사운드와 MIDI] 웹캠과 마이크로폰 구입 이후 달라진 점

아직은 본격적으로 동영상을 찍는다거나, 유튜브에 올릴 무엇인가를 준비한다거나 하는 일을 하고 있지는 못하다. 주된 관심사는 아무래도 음악쪽에 더 가까우므로, 여러 종류의 USB 오디오 기기를 우분투 랩탑에 번갈아 꽂아 가면서 음악의 재생과 녹음을 하는 방법에 익숙해지려고 노력하는 중이다.

지난 며칠 동안 실험을 하면서 USB 기기를 꽂고 빼는 순서가 대단히 중요함을 알게 되었다. 뺄 때에는 꽂을 때의 역순으로(즉, 가장 나중에 꽂은 것을 가장 먼저 빼기) 해야 JACK을 재시동할 때 꼬이지 않는다. 일반적인 재생 위주의 작업에서는 별다른 문제는 없다.

PulseAudio는 피할 수 없는 운명이라고 생각하는 것이 편하다. 녹음 작업을 하려면 JACK도 피할 수 없다. JACK 서버를 기동하는 명령으로는 jackd과 jack_control이 있는데, 몇 달의 시행착오를 거친 결론은 jack_control이 더 낫다는 것이다. QJackCtl은 단지 GUI를 씌운 것에 불과하다. Behrinhger UCA200 오디오 인터페이스를 위해 JACK 서버를 기동하는 스크립트의 사례는 다음과 같다. 원본은 내 위키 사이트의 start_jack_uca200에 있다.

#!/bin/bash

#echo "suspend 1" | pacmd

jack_control start
jack_control ds alsa
jack_control dps device hw:CODEC
jack_control dps rate 44100
jack_control dps nperiods 3
jack_control dps period 128
sleep 5
#a2jmidid -e &
sleep 5
qjackctl 2> /dev/null &

# PulseAudio Volume Control 실행(프로세스를 확인하여 실행)
process_id=$(pidof pavucontrol)
if [[ -z $process_id ]]; then
    echo "Starting PulseAudio Volume Control..."
    pavucontrol 2> /dev/null &
fi

PulseAudio Volume Control('pavucontrol' 명령어)가 실행 중인지를 확인하여 그렇지 않은 경우 스크립트 마지막 부분에서 실행하게 만들었다. PulseAudio JACK Sink가 가능하도록 /etc/pulse/default.pa은 수정해 놓았다. PulseAudio JACK Sink란 출력되는 소리를 입력으로 되돌려 보내는 기능으로, 윈도우에의 스테레오 믹스와 같은 것이라고 보면 된다. 

 별도의 위키 사이트에 작성 중인 우분투(스튜디오) 18.04에서 음악과 MIDI 작업을 위한 설정 문서를 계속 덧입혀 나가다 보니 너무 분량도 많아지고 무질서해진다는 느낌이 든다. 진화는 이전 결점을 서둘러 고쳐나가는 땜쟁이의 처지와 비슷하다는 말이 있다. 이 문서의 상황에 딱 들어맞는다. 1분기 안에 완성된 모습을 갖추는 것이 단기 목표이다. 이 일에 대한 관심은 작년에 Roland SC-D70을 우연히 갖게 된 것에서 비롯되었으니 리눅스용 작업 환경을 갖추고 익숙해지는 데에 거의 1년 가까운 시간이 걸리는 셈이다.

2021년 1월 11일 월요일

추억의 454 software(gsMapper)

JCVI(J. Craig Venter Institute)에서 2010년쯤에 Roche/454 플랫폼으로 시퀀싱한 raw data를 mapping에 쓸 일이 생겼다. Fastq로 덤프하여 CLC Genomics Workbench 또는 bwa MEM으로 reference mapping을 해 보았는데 매핑 효율이 영 좋지 않다. Sample description이 잘못되었을 가능성이 가장 크다. SFF로 덤프하여 CLC Genomics Workbench의 legacy 기능으로 임포트해도 결과는 같다. 현재 CLC Genomics Workbench에서 정식으로 지원하는 SFF 자료는 Ion Torrent에 대한 것만이 남아 있다.

그게 아니라면, Roche에서 배포했었던 '정품' 소프트웨어가 가장 정확한 매핑 결과를 낼지도 모른다는 생각이 들었다. 그 프로그램 이름이 뭐였더라...  gs로 시작했던 것 같은데 기억이 잘 나지 않는다. 내가 국내 학술지인 Genomics & Informatics에 2006년에 쓴 소박한 논문이 하나 있는데 여기에서 언급했던 것 같다. 오랜만에 PDF를 구해서 본문을 찾아보니 gsMapper였다. 그렇지, gsAssembler 및 gsMapper!

그런데 프로그램을 어디서 구할 수 있지? 아마도 내 컴퓨터에 그대로 들어있지는 않을까? 유틸리티를 모아둔 디렉토리를 찾아보니 정말로 '02_Roche-GS'라는 디렉토리에 2007년부터 2010년까지 배포된 offInstrumentApps가 고스란히 남아 있었다. MS-DOS 시절의 게임 프로그램을 복원하여 실행한다는 기분으로 압축을 푼 뒤 실행을 해 보았다.

외견상으로는 뭔가 일어날 것만 같지만 제 기능을 하지는 못하였다. 설치 스크립트를 실행하여 다시 작동을 시키니 라이브러리가 맞지 않는다는 에러 메시지가 나왔다. 아마도 2010년 무렵의 리눅스 환경을 가상으로 만들어서 실행하면 돌아갈지도 모르겠다.

조금 더 정체가 명확한 MiSeq raw data를 발견하여 당장은 이를 이용한 매핑을 진행하는 것으로 마무리하려 한다. 


2021년 1월 9일 토요일

DokuWiki의 편집창 크기 늘리기

DokuWiki 편집창의 기본 크기는 비교적 작은 편이라서 늘 불편하다고 느끼고 있었다. 오늘 확인을 해 보니 Admin 메뉴에서 이를 고칠 수가 없었다. 그럼 이렇게 불편한 상태로 그냥 써야 하는가? 구글에서 검색을 하니 편집 모드에서 창 귀퉁이를 잡아 늘리면 된다고 한다. 다음 스크린 캡쳐에서 보였듯이 편집창 오른쪽 아래 구석에서 길이 조정을 할 수 있는 화살표가 보일 것이다.

DokuWiki를 사용한 경력이 벌써 몇 년인데 아직도 이런 기본을 모르고 있었다니... 사실 ACL(Access Control List) 관리도 완벽하게 이해하는 것은 아니다. 사실 매우 기본이 되는 네임스페이스도 페이지만큼 쉽게 와 닿지는 않는다.

그러나 결정적인 문제점을 발견하였다. [Save]를 클릭하여 현재 작성 사항을 저장한 다음 다시 [Edit]를 클릭하면 원래 상태의 크기로 되돌아온다. 불편하면 불편한 대로 적응하면서 살면 된다.

요즘은 마크다운(Markdown) 문서를 좀 써보려고 노력하는 중이다. RemarkableHaroopad를 각각 우분투와 윈도우에서 가끔씩 사용한다. DokuWiki의 문법과 비슷하면서도 미묘하게 달라서 빨리 익숙해지지는 않는다.


2021년 1월 8일 금요일

늑대는 어쩌다가 개가 되었나

 

2020년 10월 17일 석파정 서울미술관에서 촬영
개는 늑대와 교배가 가능하고, 그 자식(= 개 자식?)도 생식 능력이 있다고 한다. 그러니 두 동물이 얼마나 가까운지는 생물학적으로도 자명하다고 볼 수 있다. 그런데 개와 늑대가 인간을 대하는 태도는 그야말로 하늘과 땅 차이이다. 산 속에서 사람을 만나면 늑대는 이를 드러내면서 으르르...소리를 낼 것이 뻔하다. 꼬리를 치며 다가와서 킁킁대며 냄새를 맡고는 곧바로 경계를 풀고 몸을 비비며 발라당 몸을 까뒤집고 배를 드러내는 개가 현생 늑대와 조상을 같이 한다는 것이 상상이 가능한가? 야생 생활을 하던 늑대가 어떻게 사람과 생을 같이 하는 가축화(domestication)의 길을 걷게 되었을까? 오늘 한계레신문에는 다음과 같은 흥미로운 기사가 실렸다.

[한겨레신문 2020년 1월 8일] 개의 가축화, '단백질 중독' 피하려 남는 살코기 늑대 주다 시작됐다?

이 기사는 사이언티픽 리포츠(Scientific Reports, '싸리'라고도 부르는 사람이 있음)에 어제 실린 논문 'Excess protein enabled dog domestication during severe Ice Age winters'(링크)를 소개한 것이다. 늑대가 개로 진화하는 과정은 사람이 온순함을 기준으로 선택을 계속한 결과라는 가설이 있고, 인간이 수렵채취인(이를 hunter-gatherer라고 부르는구나.. 오늘 처음 알았음)에서 농경으로 생활 방식을 바꾸어 갈 무렵 음식 찌꺼기에 기대 살던 늑대 일부가 개가 되었다는 가설도 있다. 전적으로 고기만 먹는 늑대는 전분을 분해하는 효소 유전자가 없지만 개는 그렇지 않다. 인간이 남긴 음식 찌꺼기를 어떤 방식으로든 소화시켜야 하니 전분 분해 효소 유전자를 갖게 되었을 것이다. 한 마디로 '개 풀 뜯어먹는 소리(?)'처럼 들리지만, 엄밀히 말하면 풀은 셀룰로스지 전분, 즉 녹말은 아니다. 이에 관심이 있다면 'A key genetic innovation in dogs: diet'(링크)를 살펴보자. 췌장에서 발현되는 아밀라제(pancreatic amylase AMY2B)의 copy 수가 늑대에 비해 압도적으로 많다는 것으로 이를 설명한다.

어떤 가설이 옳든 간에 인간의 필요에 의해 늑대를 길들이지는 않았을 것 같다는 느낌을 준다.

오늘 신문 기사로 소개한 논문에서 주장하는 바는 약간 다르다. 인간은 칼로리의 너무 많은 부분을 단백질로 섭취하면 치명적인 단백질 중독이 일어날 수 있다. 이는 특히 식물이 절대적으로 부족한 빙하 시대에는 더욱 심각한 문제였을 것이다. 그래서 남는 고기를 가까이 있던 늑대에게 던져주게 되었고(아마 경험을 통해 고기만 많이 먹으면 몸이 나빠짐을 알고 있었을 것이다), 이것이 가축화의 시작이라고 주정한 것이다.

이런 기사를 보고 원문을 찾아 읽으면서 지적 만족감을 느낄 수 있다는 것이 생물학 전공자의 보람이다. 전문적으로 들이파는 분야만 편식할 수는 없지 않은가? 지식에도 잡식이 필요하다. 요즘은 주로 보툴리눔균(Clostridium botulinum)의 연구 역사에 관한 자료를 집중적으로 살펴보고 있다. 깡통회사(Continental Can Company, CCC)의 Metal Division Research and Engineering 부서에서 일하는 미생물학자가 1960년대부터 균주를 분리하고 연구를 했다니 정말 존경스럽다(논문 사례 링크).

뭐 이런 찬물 끼얹는 글도 있지만.

[김박사넷] Scientific Reports 하락세 설명해 드림

2021년 1월 7일 목요일

[독서 기록] 빅니스 - 거대 기업에 지배당하는 세계

팀 우(Tim Wu)의 2018년도 저서 ≪The Curse of Bigness≫가 최근 번역되어 국내에 출판되었다. 지난 연말, 남은 휴가를 즐기면서 교보문고 대전점에서 구입하여 내리 두 번을 읽었다. 책값에 비하여 비교적 얄팍한 두께가 처음에는 좀 못마땅했으나, 도서의 가치는 글자나 페이지 수가 아니라 내용에 있다는 것을 깨닫게 되었다.

빅니스(bigness)란 기업 집중 현상으로 인해 사적 권력, 좀 더 구체적으로는 경제 권력이 비대해진 상태를 말한다(187쪽 옮긴이의 말). 이러한 변화를 막거나 방임하는데 국가의 역할이 얼마나 크며, 역사를 통해 보았을 때 경제 권력의 독점은 모두에게 불행을 안기게 되므로 이를 억제해야 한다는 것이 주요 내용이다.

IBM, AT&T, 마이크로소프트의 사례에서 볼 수 있듯이 미국 정부는 기업이 비대해져서 독점력을 가지는 것을 적극적으로 저지해 왔다. 그런데 신자유주의의 세례를 받으면서 이러한 전통이 깨어졌다. 시장에 대한 기업의 지배력이 커지면서 나타날 수 있는 '효율'을 내세워 소비자에게 더 큰 혜택(낮은 가격)을 줄 수 있으므로 이를 옹호하거나 최소한 그대로 두어야 한다는 것이 요즘 정책의 기조가 되었다고 한다. 그러나 시장을 지배한 독점 공급자는 결국 가격을 올리게 되어 있다.

국가가 경제개발을 주도하는 역할을 해 온 우리나라의 정서에서는 큰 기업을 일부러 분할하도록 만드는 처사를 이해하기 어려울 수도 있다. '선택과 집중'을 통해서 잘 하는 기업을 더 잘하게 만들어서 세계 시장에서 경쟁할 수 있는 국가대표를 육성해야 한다는 논리에 너무나 익숙해 왔기 때문이다. 더군다나 침체된 실물 경제와는 관계없이 신비롭게도 나날이 과열 상태인 증권시장에 한 발을 담근 개인 투자자의 마음에는, 어떤 불공정 행위를 해도 좋으니 그 기업의 주가만 오르기를 바라는 열망이 가득하다.

기업의 집중화 방법은 시간이 가면서 더욱 발전하는 듯하다. 소비자들은 어러 브랜드의 상품 중에서 원하는 것을 고르는 자유가 있다고 생각하지만, 그 브랜드는 결국 한 회사의 것이라면? 저자는 안경 산업과 맥주 산업의 예를 들었다. 요즘 수퍼마켓이나 편의점을 가면 냉장고 가득 진열된 수입 캔맥주를 볼 수 있다. 뭘 먹어야 할지 선택하는 것도 힘들 지경이 되었다. 그런데 그렇게 다양한 맥주가 결국 AB인베브와 하이네켄 단 두 회사의 소유라면?

인수 합병에 의해 기업의 총 수가 줄어들고 점차 거대해지는 것은 다국적 제약회사에 대해서도 마찬가지이다. 바이오 분야에서 혁신적인 기술을 이용하여 창업을 한 뒤, 궁극적으로는 큰 자본을 동원할 수 있는 곳에 회사를 팔고 나오는 것을 목표로 한다는 이야기를 처음 들었을 때 나는 약간의 정서적인 괴리감을 느꼈다. 이른바 회사를 팔고 나오는 '출구 전략(exit strategy)'이 마치 목표처럼 느껴지는 그 이상한 기분이란!

IT 혁명에 의해 새로운 세상이 도래한 것은 맞다. 언제 어디서나 클라우드에 올린 자료를 공유하고, 이메일을 주고받으며, 수시로 검색을 할 수 있다. 그런데 그 서비스가 전부 구글이라는 한 회사를 통하지 않고서는 불가능하다면? 시장과 서비스의 형태가 고도로 발달하면서 비판적인 시각을 갖고서 궁리하고 관찰하지 않으면 우리 주변의 고도화된 사적 권력을 알아차리기가 쉽지 않다.
현재 진행 중인 전 지구적 기업집중 현상에 어떤 조치를 취하지 않으면 우리는 20세기에 벌어진 가장 위험한 실수를 반복하게 될 것이다. 전 지구적인 독점기업의 지배력이 불안을 더 많이 조장하고, 급진적이며 국수주의적인 지도자들을 더욱 지지하고, 그보다 더 바쁜 결과를 초래할 것이라고 생각할 만한 근거가 아주 많다. - 171쪽

가격과 미시경제(이런 것이 사람들에게 가장 중요한 문제인 양)에 한정해 좁게 초점을 맞추지 않으면 반독점이 의도하는 경제·정치적 역할을 완전하게 회복할 수는 없다고 생각하는데에도 나름의 이유가 있다. 그러나 이 책이 밝히고자 한 것은 사적 권력이 경제와 정치에 긴밀하게 유착되고, 독점이 배양되면 잃는 것이 매우 많고 민주주의가 위험해질 수 있다는 것이다. - 181쪽