2012년 7월 31일 화요일

Python 공부하기

KOBIC에서 주최하는 제10회 차세대 생명정보학 교육 워크샵에서 이틀째 날을 보내고 있다. 어제의 리눅스 기초에 이어서 오늘은 파이썬 프로그래밍이다. Perl로 굳어진 사고 체계에 파이썬을 끼워 넣는 것은 쉽지 않다. 내장 함수를 써야 하나, 메쏘드를 써야 하나? 변수명 앞에 $ 혹은 @가 붙지 않으니 이것이 예약어인지 타당한 변수명인지 알 수가 없다.

Mutable sequence를 다루고 조작하는 방법은 매우 인상적이다. 원래 파이썬에 관심을 갖게 된 것은 남들이 만들어 둔 스크립트를 이용할 때 설정 등의 문제로 에러가 난 것을 다루기 위한 가벼운 마음으로 시작한 것인데, Perl로는 하기 어려운(사실 불가능한 것이 있으리라고는 생각하지 않지만) 작업을 능률적으로 하는데 도움을 줄 것으로 보인다. 어쩌면 파이썬과 Perl을 비교하면서 Perl에 대한 사랑이 더 깊어질지도^^

인실리코젠의 김형용씨가 강의와 실습을 진행하느라 하루 종일 수고를 하고 있다.

2012년 7월 12일 목요일

[Perl programming #1] my()를 이용한 변수 선언

[들어가는 글]

펄(Perl)을 업무에 활용한지도 꼭 12년째가 되어 간다. 내가 펄을 처음으로 공부하면서 접한 교재는 인터넷에서 찾아서 인쇄한 Russell Quong의 "Perl in 20 pages" version 2000c와 "Robert's Perl Tutorial Version 4.1.1"이다. 이 문서들이 아직도 인터넷 공간에 살아 있는지는 모르겠다. Univ. of Washington의 Phred/Phrap/Consed에 포함되어있는 스크립트가 조금씩 펄 스크립트 작성 실력을 키우면서 정말 큰 도움이 되었던 재료들이었다. 이제는 [펄 쿡북]을 참조하면서 필요한 부분은 그때마다 참조하고 있지만, 알고리즘이나 데이터 구조에 대한 깊이 있는 지식 없이 그저 필요한 기능만 구현하는데 집중하다 보니 항상 아쉬움이 많았다. 이러한 아쉬움을 달래고자, 조금 더 진지하게 펄을 공부해 보기로 하였다. 지금부터 내가 추구하는 것은 깔끔하고, 문법적으로 정확하며, 읽기 쉽고, 재사용이 가능한 펄 코드를 짜는 것이다.

[변수 초기화]

나에게는 아주 나쁜 버릇이 있다. 변수를 선언하는데 매우 불성실하다는 것이다. use strict나 my()라고 몇 자 더 치는 것을 게을리하여 오류가 난 코드를 고치는데 무척 애를 먹기도 한다. 변수명을 잘못 기입하면 오류의 원인을 찾기가 매우 어렵다.

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

이렇게 스크립트를 시작하는 것과,

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

이렇게 쓰는 것은 본질적으로 같(을 것이)다.

use strict 디렉티브를 사용하면, 모든 변수는 my()를 써서 선언해야 한다. 변수의 선언과 초기화는 다르다. 괄호를 언제 써야 하는가? 다음의 사례를 보라.

my $foo;  # 이것은 선언만 하는 것
my $foo = 123; # 선언과 초기화를 동시에
my ($foo, $bar); # 여러 변수를 한번에 선언

초기화하지 않은 변수가 갖는 값은 undef이다. 그러나 이는 $var eq undef 처럼 비교할 수 있는 것이 아니다. 그리고 undef는 엄연히 말하자면 null character 혹은 숫자로서의 0과는 다르다.

변수의 선언과 초기화가 다르다는 것을 다음의 스크립트에서 확인해 보자.


#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my $foo;

if (defined $foo) {
    print 'Var $foo is defined!', "\n";
} else {
    print 'Var $foo is not defined!', "\n";
}

2012년 7월 9일 월요일

Consed 23.0와 DISPLAY 문제

3개월만의 포스팅이다. 주로 네이버 블로그(http://jeong_0449.blog.me/)에 글을 올리고 있고, 최근에는 genoglobe.com 및 genoglobe.net이라는 도메인을 구입하여 여기에도 글을 쓰고 있으니 당연히 구글 블로거는 소홀해질 수 밖에...

올해에는 consed version 22.0과 23.0이 근소한 시간차를 두고 발표되었다. 대부분의 성능 개선은 version 22.0에서 이루어졌고, 사소한 bug의 수정과 BamView의 성능 개선이 있었다고 한다. 22.0부터는 installConsed.perl이라는 친절한 설치 스크립트까지 포함되었다. mktrace, phd2fasta 및 454 데이터 관련 바이너리를 알아서 컴파일하여 설치해 주는 것으로 보인다. Consed의 home은 여전히 /usr/local/genome이다.

만약 consed_linux64bit를 실행시키는데 libstdc++.so.5가 없다는 에러 메시지가 나오면, compat-libstdc++-33 패키지를 설치하면 된다.

consed 22.0 or later와는 직접 관계가 있는 일인지 혹은 아닌지 잘 모르겠지만, CentOS 6.2가 설치된 컴퓨터에 consed를 깔고 이를 다른 컴퓨터에서 접속하여 실행하려고 하면 꼭 다음과 같은 에러가 난다. 다른 리눅스 서버에서 ssh -X로 접속하든, 혹은 윈도우 컴퓨터에서 Xmanager로 접속하든 같은 문제가 발생한다.

 CentOS 5.x이나 우분투에서는 절대로 아무런 문제 없이 실행이 된다.


[hyjeong@proton edit_dir]$ consed
no ~/consedrc file so no user resources will be used--that's ok
no consedrc file so no project-specific resources--that's ok
couldn't open readOrder.txt--that's ok
_X11TransSocketINETConnect() can't get address for localhost:6015: Name or service not known
Error: Can't open display: localhost:15.0

처음에는 이것이 Xmanager의 문제인줄 알고 넷사랑 컴퓨터에 질문을 하기도 했었다. 오늘에서야 부분적인 답을 알게 되었다. 

export DISPLAY=127.0.0.1:15.0

이렇게 한 다음에 consed를 실행하면 된다. consed가 설치된 컴퓨터에서 localhost의 위치를 찾지 못해서 생기는 문제라고 하는데, 왜 이런 문제가 발생하는지는 도무지 알 길이 없다. 게다가 이래가지고는 consed를 한번 실행해서 접속시마다 바뀌는 스크린 번호를 에러 메시지와 함께 알기 전에는 DISPLAY 변수를 설정하지 못한다. 

/etc/hosts내에서 localhost가 잘못 정의된 것일까? CentOS 6.2를 설치한 직후의 상태는 다음과 같고, 다른 host를 추가한 것 이외에는 건드린 것이 없다.

127.0.0.1 localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4
::1 localhost localhost.localdomain localhost6 localhost6.localdomain6

어쩌면 consed 프로그램이 /etc/hosts 파일을 제대로 파악하지 못하는지도 모른다는 생각이 들었다. /etc/hosts를 다음과 같이 심플하게 변경해 보았다.

127.0.0.1   localhost

그랬더니... 잘 되네? 서버 컴퓨터의 OS를 CentOS 6.2로 업그레이드한 뒤 몇달간 골머리를 앓게 했던 문제를 이렇게 허무하게 해결하다니...