2018년 11월 13일 화요일

Microbial Resource Announcements에 논문 내기

미국 미생물학회(American Society for Microbiolgy, ASM)에서 출간하는 Genome Announcements라는 온라인 저널이 있었다. 원래 미생물학(정확히 말하면 세균학)의 유명한 학술지인 Journal of Bacteriology(JB - 안타깝게도 한국인이 죽자사자 매달리는 impact factor는 현재 그렇게 높지 않다)의 한 섹션으로 존재하다가 별도의 온라인 저널로 분리되어 운영되었고, 올해 여름에 Microbiology Resource Announcements라는 저널로 명칭이 바뀌었다.

유전체 시퀀싱이 아주 드물게 일어나던 시절에는 그 결과를 좋은 저널에 싣는 것이 지금보다는 용이했었다. 중요한 모델 생명체가 바로 연구 대상이 되었으니 사람들의 관심도 많았고, 다른 비교 대상을 찾아내어 일부러 comparative genomic analysis를 하거나 발견 또는 예측된 사실을 실험으로 검증할 필요도 별로 없었다. 지금은 왠만한 생명체는 유전체 해독이 이미 완료된 상태라서 아마도 화성에 가서 새로운 미생물을 찾아내어 시퀀싱하지 않는 이상 수준 높은 학술지에 싣기는 어려울 것이다. 그래도 간혹 미생물을 이용한 연구 결과가  Nature나 Science에 종종 실리는 것을 보면 아직 희망을 접기에는 이른 것 같다.

그러다가 next-generation sequencing이 급격히 발전하여 누구나 유전체 시퀀싱을 할 수 있는 시대가 되면서, 쏟아지는 연구 결과를 발표하는 것이 점점 힘들어졌다. GenBank에 유전체 정보를 올리는 것은 자유지만, 여기에 올리는 정보에는 왜 이러한 생물체를 택하여 연구를 했고 어떤 방법으로 라이브러리를 만들고 시퀀싱을 해서 조립을 했는지 기술하기가 어렵다. BioProject나 BioSample가 이런 정보를 담을 수 있는 공간을 제공하지만 매우 한정적이다.

그래서 공개된 유전체 서열 정보의 인용 가능한 최소한의 학술 정보 역할을 하고자 announcement류의 섹션 혹은 전문 저널이 생겨난 것이다. 여기에 투고를 하면 리뷰를 거치지 않고 편집인이 즉각 출판 여부를 결정하였다. 대신 500단어 이내라는 분량의 제한이 있고 지금도 이는 변함이 없다. 다시 말해서 미생물의 유전체를 시퀀싱하여 적절히 조립하여 GenBank에 올린 뒤 accession number를 받아서 500 단어짜리 announcements를 만들어서 투고하면 JB 논문 한 편을 낸 것과 같은 효과가 있었던 것이다. 이를 이용하여 연구 성과의 평가에 도움을 많이들 받았다. 나 역시 수혜를 입은 사람 중 하나였음을 부인하기는 어렵다. 이것을 이용하여 승진이나 이직에 도움을 받은 사람도 적지 않았을 것이다.

수치화된 연구 성과에 목을 매는 것은 한국이나 중국 마찬가지다. JB 내에서 특정 섹션에 너무 많은 투고와 출판이 이루어지다보니 저널측에서는 이를 별도의 학술지인 Genome Announcements로 분리하게 되었다. 당연히 JB의 일부로서 누리던 SCI 등재, IF 수치 등은 사라지고 말았다. 그래도 나는 여기에 꾸준히 논문을 내고 있다. 유전체 시퀀싱은 이제 누구나 할 수 있는 일이므로 모든 시퀀싱 결과에 값진 학술적 가치를 부여하여 좋은 수준의 peer review journal에 출판될 수는 없는 노릇이다. 정부에서 지원한 연구비, 즉 세금을 이용하여 생성된 연구 결과가 계속 연구자의 컴퓨터 안에서 잠자게 놔 둘 것이 아니라 빨리 공개하여 다른 사람이 이용할 수 있게 만드는 것이 중요하다.

올해 여름부터 Genome Announcements는 Microbiology Resource Announcements로 명칭이 바뀌었다. 이제는 공표하는 연구 내용이 유전체 정보에 국한된 것이 아니라 미생물학과 관련된 모든 자원으로 그 한계가 넓어진 것이다. 하지만 원고 작성 요령은 그다지 변한 것이 없다. 단, review process가 추가되었다는 것이 가장 큰 차이점이다. 그래서 늘 하던 것과 같이 가벼운 마음으로 올해들어서 지금까지 총 네 편을 투고하였는데, 의외로 까다롭게 리뷰를 하는 것이었다. Sequence read의 트리밍 조건은 무엇인지, genome assembly를 하는 데 어떤 파라미터를 설정했는지, %Q30 수치는 어떠했는지 등 Genome Announcements 시절에는 그저 default parameter의 조건으로 했다고만 기술하면 아무런 문제 없이 지나갔던 문구를 하나하나 붙들고 더 상세히 적으라는 것이었다. 심지어 예전에는 요청하지 않던 raw sequencing read의 SRA accession number를 넣으라는 주문도 빠지지 않는다. 오늘 다운로드한 instructions to authors PDF 문서의 8쪽 왼쪽 컬럼을 보면 genome sequence의 availability를 쓰는 예문만 소개하고 있다. 가장 핵심이 되는 유전체 서열 정보의 accession number뿐만 아니라 BioProject/BioSample/SRA 정보를 적당히 섞은 모범적인 예문으로 바꾸는 것이 바람직하다.


Q30이라! raw data 중에서 phred score가 30 이상인 염기의 총 수 혹은 비율을 의미한다. 그런데 이걸 굳이 논문에 넣어야 하나? 지금까지 그렇게 많은 유전체 시퀀싱 관련 논문을 쓰면서도 이 결과를 요구하는 저널은 없었다. fastaQC의 html report나 CLC Genomics Workbench의 NGS Core Tools -> Create Sequencing QC Report에도 이런 정보는 주지 않는다. 혹시나 싶어서 fastQC가 zip 파일로 묶어서 제공하는 결과 파일 중 하나(fastqc_data.txt)를 열어보니 '>>Per sequence quality scores' 섹션에 Q 값에 대한 염기의 총 카운트가 나온다. Q30부터 시작하여 합산을 한 뒤 전체 염기로 나누어야 %Q30 수치를 계산할 수 있다. 보통 성가신 일이 아니다. 다행히도 시퀀싱 업체에서 제공한 QC 리포트를 들추어서 원하는 수치를 찾아내기는 했지만. 요구하는 것을 다 모아서 원고를 수정하니 500 단어 제한을 훌쩍 넘어간다.

리뷰어가 요청하는 상세 정보가 논문의 성격과 분량 측면에서 타당한지 편집국에서 판단하여 어느 정도의 기준선을 제안하면 좋을 터인데 아직은 그 수준이 아닌 것 같다. 어찌되었든 앞으로는 더 나아질 것이라 생각한다. 마침 내가 낸 논문이 오늘자 저널 웹사이트의 Latest Articles 바로 위에 나와서 기념삼아 스크린샷을 찍었다.




2018년 11월 11일 일요일

43번 오극관(43 power pentode) 싱글 앰프 프로젝트 - [10] 초단부 구성

지난 일주일 동안은 과제 보고서 작성에 집중하느라 새 글을 얼마 쓰지 못하였다. 금요일에급한 일은 거의 마무리가 되었다.

결국은 여기까지 오게 되었다. 반도체인 OP amp 회로를 이용하여 43번 오극관을 충실히 드라이브하여 왔는데, 기왕이면 모든 것을 진공관에게 맡기면 어떻겠는가? 전원부에 SMPS와 DC-DC 컨버터를 사용한 것은 새로운 시도라고 해 두자.

마침 12AU7이 쓰인 프리 겸 헤드폰 앰프가 망가져서 여분의 진공관을 갖게 되었다. 인터넷과 제이앨범의 자료를 근거로 플레이트 전압 150 볼트 부근에서 작동하는 회로를 구상하여 제작에 돌입하였다. 필요한 부품은 일주일쯤 전에 구입해 놓은 상태였다. 손으로 그린 회로도를 아래에 소개한다. 43번 오극관의 스크린 그리드에 연결되는 고압 직류에(그라운드 기준 155 V의 전압을 470R 저항으로 한 번 낮춘 것 수준이라 그렇게 높지는 않다) 47K 저항을 연결한 뒤 12AU7의 플레이트에 접속하였다. 12AU7의 캐소드에 바이패스 캐패시터를 달지는 않았다. 진공관의 특성 곡선을 기초로 계산을 하거나 측정을 하지는 않았다.

12AU7 + 43 single ended amplifier schematic.
페놀 만능기판에 실톱으로 직경 19 mm 정도의 구멍을 뚫어 9핀 소켓을 고정하였다. 방열을 위해 진공관을 섀시 외부로 노출시키는 경우 기판의 동박 패턴, 즉 아랫쪽으로 진공관을 향하게 하는 것이 일반적이다. 그래야 기판을 섀시 안쪽면과 최대한 가깝게 고정할 수 있다. 물론 접촉을 하면 안되지만. 그런데 이렇게 회로를 꾸미면 기판 윗쪽에서 소켓과 나머지 부품을 연결하는 일이 좀 어색해진다.


43번 5극관 전력증폭회로 입력부의 커플링 캐패시터와 그리드 리크 저항은 원래 별도의 기판에 붙여 놓았는데, 이번에 만든 초단증폭회로용 기판에 전부 수용하였다. 12AU7의 히터 는 4번과 5번 핀에 12 V 직류를 공급하여 점화하였다.

워낙 간단한 회로라서 실수는 하지 않았다. 소리를 들어보니 약간의 험이 들렸다. 12 V 및 24 V 직류 어댑터의 음극을 서로 연결하니 험이 사라졌다.



알루미늄 판 조각을 이용하여 전면 패널로 삼았다. 이전보다 훨씬 깔끔해 보인다. 소리도 매우 마음에 든다. OP amp를 사용한 드라이브 회로와 비교하면 약간 더 정갈한 것 같기도 하고... 플라시보 효과일지도 모른다.


어제 저녁에 완성을 하고 계속하여 음악을 들어보고 있다. 아직까지는 특별히 개선을 할 점이 나타나지 않았다. 이제는 섀시를 꾸며서 부품들을 수납할 아이디어가 필요하다.

전기 설비 공사에 쓰이는 '풀박스'라는 금속제 상자가 있다. 단면은 정사각형이면서 높이는 용도에 따라서 다르다. 직사각형 모양이 아니라서 앰프의 섀시로는 어울리지 않겠지만 R-core 출력트랜스(사진에서 보였듯이 받침틀 위에 한 쌍을 다 올려둔 것)의 케이스로는 쓸 수 있을 것 같다. 가로x세로x높이가 100 mm인 것이 이 용도로는 딱 적당할 것이다.


'고전관'을 이용한 매우 즐거운 제작 경험이 이제 대단원의 막을 내리려 한다.

2018년 11월 4일 일요일

대청호와 신탄진 장 구경

멀리 가지 않아도 가슴이 시원하도록 탁 트인 곳에서 가을 단풍을 즐길만한 곳이 있으니 그곳은 바로 대청호다. 대전 시민에게 계룡산과 더불어서 탁월한 경관을 제공하는 곳 중의 하나이다. 비록 댐이나 방조제가 갖는 부정적 의미에 대해서도 이제 관심을 가져야 할 시대가 되었지만 말이다.

 



전혀 의도하지 않았으나 우리 부부의 얼굴 사이에 하트 모양의 조형물이 자리잡았다. 그런데 가까이 가서 보면 결코 낭만적이지는 않은 문구가 적혀있다. 내용에 대해서는 상상에 맡긴다.
호수 건너편인 북쪽 약간 높은 곳을 바라보면 팔각정 휴게소가 있다. 그쪽은 지대가 높아서 아마 호수를 바라보는 경치는 더 아름다우리라. 시선을 약간 왼쪽으로 옮기면 가파른 산비탈에 절집이 하나 보인다. 이름은 현암사. 기회가 되면 한번 가 보고 싶다. 계단이 많아서 평소에 등산으로 다져진 체질이 아닌 우리 부부는 마음의 준비를 해야 하리라.

마침 나들이를 나섰던 어제는 신탄진 장날이었다. 큰 도롯가에서 파는 단감을 사려다가 아예 본격적으로 장을 보기로 하였다. 유성장(4일/9일)은 꽤 여러 차례 다녀 보았지만 신탄진장(3일/8일)은 처음이었다. 김치가 다 떨어져서 깍두기 거리를 사기로 했다. 장이 서는 골목은 유성장보다는 약간 넓어서 다니기는 수월하였다. 작정을 하고 장을 보러 간 것이 아니라서 발품을 팔면서 어디에서 무엇을 파는지를 파악하려고 애쓰지는 않았다. 유성장은 워낙 많이 다니다보니 골목 입구에서 얼마를 들어가면 모시 송편을 팔고 어느 골목을 돌면 돼지 껍데기 무침과 닭강정이 있는지를 아는 정도는 된다.

잔치국수와 김밥을 곁들여서 약간 늦은 점심을 먹고 길을 나섰다. 무, 쪽파, 생강, 오이, 양파, 양념닭발, 고춧가루, 그리고 홍시를 샀다. 닭발과 돼지껍데기 무침은 집에서 먹은 적이 없는데 딸아이는 그 맛을 알아서 너무나 좋아한다.

광역시에서 열리는 정겨운 장터는 사람들의 사는 내음이 흠씬 풍겨나는 곳이다. 검정 플라스틱 봉지의 사용을 조금만 더 줄일 수 있다면 더욱 좋을 것이다.

독서 기록 - [전환의 시대] 외 네 권


전환의 시대

  • 박노자 지음
선생님이 학생에게 존댓말을 하는 사회, 입시가 사라지고 명문대학도 사라져서 모두가 무상으로 양질의 교육을 받는 사회, 군대가 모병제가 되는 사회, 아프면 무상으로 치료받고 집이 필요하면 공공 영구임대아파트에 입주하는 사회, '여자 같은 남자'라는 말이 남성에게 최고의 칭찬이 되는 사회, 그리고 주말에 바람 쐬라 평양에 다녀오는 사회.

놀 줄 아는 그들의 반격

  • "꾸준한 딴짓으로 기회를 만드는 세대"
  • 오바라 가즈히로 지음|장은주 옮김

나쁜 뉴스의 나라

  • "우리는 왜 뉴스를 믿지 못하게 되었나"
  • 조윤호 지음

생명의 설계도 게놈 편집의 세계

  • "게놈 편집은 우리와 생명의 미래를 어떻게 바꿀 것인가"
  • NHK 게놈 편집 취재반 지음|이형석 옮김
게으른 생물학자는 논문 대신 이 책을 읽음으로써 CRISPR-Cas9 시스템 개발의 역사와 현황 및 의미를 파악하고자 하였다.

스워브(Swerve) ★★★

  • "나를 계속 넓히며 일하는 사람들의 6가지 비밀"
  • 닉 러브그로브 지음|이지연 옮김
전문가들에게 어떤 분야에 대한 질문을 하면 '그건 제 분야가 아닌데요'하면서 한 발 물러서는 경우를 많이 본다. 나 자신도 그런 경향이 없다고는 말하기 어렵다. 마치 공돌리기를 하듯 소관부처가 아니니 책임을 지기 싫다는 뜻도 되겠다. 평생 직업도, 평생 직장도 없는 시대에 한 우물만 파다가는 하나밖에 모르는 바보가 되기 일쑤이다. 말콤 글래드웰이 주장한 '1만 시간의 법칙'은 어떻게 하느냐고? 단순 계산으로도 평생 예닐곱 차례의 전문가가 될 기회가 충분히 있다. 폭넓은 경험과 도전을 하라.

2018년 11월 2일 금요일

43번 오극관(43 power pentode) 싱글 앰프 프로젝트 - [9] 전원 트랜스 추방

진공관 앰프를 만든다고 해서 반도체 부품을 일절 쓰지 말라는 법은 없다. 진공관 앰프의 특성 혹은 본질에 해당하는 부분을 유지하고 있다면 - 즉 출력관과 출력 트랜스 - 나머지는 현대적인 부품으로 구성을 해도 큰 문제가 없으리라는 것이 나의 철학이다. 이에 대해서 반대하는 사람도 있을 것이다. 진공관 앰프 특유의 소리는 초단관에 기인하는 것이라고. 그래서 진공관으로 프리를 구성하고 반도체로 출력단을 만드는 앰프도 종종 보인다. 그러나 Lenard Audio Institute에 다음과 같은 글이 있다(링크).
The heart of a valve amplifier is the output valves and output transformer.   Only the output valves and output transformer contribute to the unique sound character that makes it distinctly different from a solid-state amp.
그래서 나는 이를 믿기로 했다. 중요한 것은 출력단과 출력 트랜스라는 것.

갖고 있던 전원 트랜스를 이용하여 B+ 전원과 히터 전원까지 감당을 하려니 트랜스를 두 개나 써야 하고 덩달아 배전압 정류회로까지 만들어야 하는 불편함이 있었다. 초단/드라이브단에 OP amp 회로를 쓰기로 결정하고 나니 기왕 이렇게 된 것, DC-DC 스텝 업 부스터 모듈을 적극적으로 활용하기로 했다. 그래서 다음 그림과 같은 엽기적인 구성의 앰프가 되고 말았다. SMPS 기반의 어댑터와 부스터가 만들어내는 높은 주파수의 노이즈가 범벅인 상태일지도 모르겠지만 가청 주파수 범위가 아니라면 무슨 문제가 있겠는가?

MT3608을 사용한 부스트 모듈은 바로 어제 국내에서 구입하였다. 주문에서 배송 완료까지 24 시간이 걸리지 않았고, 가격은 하나에 1,100원이었다. 이번 전원부 개조작업의 핵심 역할을 한 고전압 부스트 모듈을 eBay에서 구입하였는데 주문에서 배송까지 무려 45일 가까이 걸렸다. 이렇게까지 긴 시간을 기다리면서까지 취미 제작을 해야 하는가 하는 회의감이 들기도 했다.

LF353 OP amp를 이용한 증폭회로는 원래 +/- 15 V 정도(최대 18 V)의 양전원을 공급해야 한다. 그러나 이는 매우 번거로운 일이므로 단전원 어댑터를 이용하되 저항과 캐패시터로 이를 반으로 나누어서 간이 양전원을 공급하고 있다.

OP amp를 이용한 전압증폭회로에서는 저항의 비율을 이용하여 수백배 이상의 이득을 얻을 수 있다. 하지만 당연하게도 전원전압을 넘어갈 수는 없다. 제이앨범 매니저의 설계에 의하면 43 오극관 싱글 회로를 적정 출력으로 구동하려면 40 V 가까운 범위를 스윙해야 하는데, 내가 마련한 OP amp 회로에서는 출력이 약간 부족할 수밖에 없다. 이에 따라서 제이앨범의 힌트에 따라서 오디오용 트랜스포머를 사용해 본 것이다. 신호의 크기를 가감없이 전달하려면 600 Ω : 600 Ω 트랜스포머를 쓰는 것이 정석이겠으나, 조금이라도 증폭을 하기 위해서 IPT-14라는 것을 뒤집어서 사용하였다. 원리적으로 주파수 특성, 특히 저음부의 전달에서 손실이 있을지는 모르겠으나 귀로 듣기에는 아주 만족스럽다. 출력단을 위한 12 V 어댑터로 OP amp 드라이브단까지 전원을 공급하고, 권선비가 더 높은 트랜스포머를 쓰면 더욱 간단하게 마무리를 할 수 있을지도 모른다.

국내의 웹사이트에서 IPT(input transformer)와 OPT(output transformer)라는 것을 찾으면 두어 가지 종류의 것이 나온다(예: IC114). 그런데 그 용도를 도대체 모르겠다. 전자회로 실습용으로 만드는 전자새 키트 혹은 라디오 키트 말고는 이 부품들이 쓰이는 곳이 보이질 않는다. 권선비와 임피던스비도 잘 이해가 가지 않는다. 이에 대해서는 추후에 좀 더 조사를 해 볼 예정이다.

어찌되었든 오늘은 그림에서 소개한 다이어그램대로 구성을 마쳤고, 무난한 성능을 보였다. 25 V를 만드는 부스터 모듈이 다소 뜨겁기는 한데 55도를 넘을 것 같지는 않다. 며칠동안 테스트를 하여 문제가 발생하지 않는지 확인한 다음 적절한 섀시를 꾸며보도록 하자.



11월 4일에 추가한 글

MT3068 모듈을 잘못 건드려서 두 개를 망가뜨렸다. 12 V 어댑터의 자체 보호 기능이 있어서 망가진 모듈이 단락 상태가 되었지만 자동으로 전원이 차단되어서 더 큰 사고를 예방할 수 있었다. 만약 내가 만든 SMPS를 사용했다면? 아무런 보호 기능이 없어서 어디선가 연기가 나기 시작했을 것이다. 반도체 소자는 무엇인가 잘못되어 파괴되면 도통 상태가 되어버린다는 것이 문제이다.

별도의 24 V 1.5 A어댑터를 사용하여 프리앰프와 진공관의 히터를 연결해 두었다.

용량이 큰 24 V 어댑터가 있다면 히터와 프리앰프에는 직접 전원 공급을 하고, 부스터를 이용하여 고전압을 제공할 수 있을 것이라는 생각을 하지 않았던 것은 아니다. 며칠 전 모니터용 24 V 어댑터를 구해서 이러한 구상대로 연결을 해 보았지만 '웅-'하는 심한 잡음이 발생하였다. 이미 갖고 있던 전원 트랜스와 정류회로를 조합하여 직류를 만들어 보았지만 이것 역시 만족스럽지 않았다. 대용량 캐패시터를 아무리 덧대어 보아도 소용이 없었다.

앰프 전체를 하나의 어댑터로 구동하려면 프리앰프의 출력은 IPT로 아이솔레이션해야 된다. 왜냐하면 OP amp에 공급되는 양전원은 제대로 만들어진 것이 아니라 단전원을 분할한 것이기 때문이다. 따라서 공급전압의 1/2에 해당하는 곳을 그라운드로 삼아서 움직이게 된다. 고전압을 만들어내는 부스터는 입력전압쪽과 분리되어있지 않다. 따라서 진공관 전력증폭회로의 그라운드는 전원의 음극 및 OP amp로 공급되는 직류의 그라운드(신호의 그라운드가 아니라)와 연결된 상태이다. 상황이 이러하니 OP amp 출력의 그라운드를 메인 회로에 연결하는 것은 옳지 않다. 그러나 IPT를 중간에 넣으면 이러한 문제가 해결된다.

12 V 5 A 어댑터와 부스터로 155 V를 만들고 히터(24 V)는 다른 어댑터로 점화하는 것이 현재까지의 최선이다. 전체 구성도는 다음 그림과 같이 바뀌었다.

프리앰프보드를 너무 만지작거리다가 그라운드 신호선의 납땜이 떨어져서 스피커가 부서질듯 '두두두두...'하고 울리는 소음을 접하기도 했다. 출력단자에 거의 전원전압 그대로가 검출되어서 처음에는 OP amp가 망가진 줄로만 알았다. 자작 취미를 하면서 일어날 수 있는 나쁜 모든 일은 모두 다 경험하는 것 같다.