CMG-Biotools 활용을 위한 팁 정리하기

미생물 유전체 분석과 관련한 실무를 교육할 일이 생겨서 가상 머신으로 동작시킬 Genomics/Informatics용의 리눅스 배포판을 다시 검토하고 있다. Bio-Linux도 좋지만 가상 머신에 걸맞게 가벼운 리눅스를 찾는다면 Xubuntu 기반의 CMG-Biotools가 더 낫다. 특히 CMG-Biotools는 미생물 유전체의 비교 분석에 알맞게 특화되어 있어서 더 유리한 면이 있다.

CMG-Biotools, a free workbench for basic comparative microbial genomics. PLoS One
(2013)
Current download page: http://www.cbs.dtu.dk/~dave/CMGtools/

검색을 해 보니 DNALinux라는 것도 있다. 그런데 최신 뉴스는 2009년 것이다. 이래서는 곤란하다. 리눅스 배포판과는 상관이 없는 UGENE이라는 통합 환경도 있는데 이것은 도무지 익숙해지질 않는다. 설치만 몇 번 하고는 여러차례 써 보려 했으나 손이 잘 가지 않는다.

나는 별도의 서버가 있어서 CMG-Biotools를 설치만 해 두고 그동안 잘 쓰지 않았다. 오랜만에 재설치를 하면서 공식 매뉴얼에는 잘 드러나지 않은 팁을 정리해 두고자 한다.

• 기본 계정은 student이다. 웬만하면 그대로 두자.
• VirtualBox에서 공유 폴더의 이름(리눅스쪽; 예를 들어 vboxshare)를 설정한 뒤에는 /home/student 홈 디렉토리 안에 vboxshare 디렉토리를 만들어야 한다. 그러고 나서 sudo /etc/rc.local을 실행한 뒤 재부팅하라.
• vi 같은 것은 기본 설치되지 않는다. sudo apt-get install vim을 해야 된다. 다행히도 gedit는 기본으로 설치되어 있다.
• 가상머신 저장소가 허락한다면 꼭 필요하다고 생각되는 것들을 설치한다. 예를 들자면 emboss 같은 것.
• [계속 추가 예정...]