BioPerl script "bp_genbank2gff3.pl"은 어디로 갔나?

생성형 AI가 판을 치는 2023년 여름에 (Bio)Perl이라니... BioPerl의 최신 버전은 2021년 2월 2일 공개된 1.7.8이다. BioPython은 어떤가? 올해 2월에 공개된 1.81이 최신이다. 2년 동안이나 새로운 버전이 나오지 않는다는 것을 어떻게 해석하는 것이 옳을까? 나는 이미 충분히 완성도가 높아져서 별로 바꿀 것이 없어서 그렇다는 것으로 받아들이기로 했다.

BioPerl은 여전히 tarball을 다운로드하여 압축을 풀고 설치하는 고전적인 방법을 제공한다.

CPAN 모듈을 사용하여 'cpan>' 프롬프트에서 설치하는 방법은 이보다 조금 더 세련되어 보인다. 물론 배포판에서 BioPerl 패키지를 제공하고 있고, bioconda 채널로도 제공되므로 conda를 이용하여 설치해도 된다.업무용 PC의 Oracle VirtualBox에 Xubuntu를 설치해 놓고 여러가지 일을 하고 있다. 약 4년 전부터 작성해 온 미생물 생명정보 분석 매뉴얼을 위키 문서로 정리하면서 전체적인 점검을 겸하고 있는데, bp_genbank2gff3.pl 스크립트가 도대체 어디에 설치되어 있는지를 모르겠다. bioperl 및 bioperl-run 데비안 패키지가 설치되어 있고, 'perldoc Bio::SeqIO'가 잘 작동하므로 분명히 설치가 된 것은 맞는데...

$ bp_genbank2gff3.pl
bp_genbank2gff3.pl: command not found

이것이 무슨 조화인가? /usr/bin/과 같이 뻔한 위치에 설치된 것이 아니었나? 'dpkg -L bioperl'을 실행해 보면 분명히 매뉴얼 파일이 패키지에 포함되어 있다고 나오는데, 스크립트 실물이 없을 수가 있나?

'dbkg -L bioperl'의 출력물을 다시 위로 거슬러 올라가 보았다. 

스크립트 이름의 확장자('.pl')가 더 이상 보이지 않는다. 언제부터 이렇게 바뀌었을까? 'man bl_genbank2gff'를 입력했을 때 나오는 매뉴얼의 첫머리에는 여전히 다음과 같이 설명하고 있는데 말이다.

SYNOPSIS bp_genbank2gff3.pl [options] filename(s)

본질은 바뀐 것이 없는데 단지 세 글자를 더 키보드로 두드리는 것이 번거로워서 이렇게 이름을 바꾼 것인지, 또는 Perl script임을 보이기 싫어서 바꾼 것인지? 어차피 'bp_'라는 접두어가 BioPerl을 의미하는 것인데.