MicrobeDB

미생물 유전체를 늘 다루면서 GenBank file이나 tab-delimited file에서 필요한 정보를 추출하기 위해 매번 Perl 스크립트를 짜는 것을 번거롭게 생각하고 있었다. BioPerl을 같이 사용하기에 많은 수고를 덜 수는 있지만, 반복적인 일을 매번 새롭게 하는 것도 능률이 오르지 않는 노릇이다.

Bioinformatics 저널에 MicrobeDB라는 local database에 대한 논문이 실렸다. NCBI 또는 GenBank format의 사용자 데이터를 자동 다운로드하여 MySQL DB로 유지하고 이를 편하게 사용할 수 있는 API까지 포함되어 있다.

MicrobeDB: a locally maintainable database of microbial genomic sequences. Bioinformatics 2012 28:1947. 

논문에 나온 구절을 인용해 보자.

We propose a minimalistic system that is easy to set up, requires minimal administration for automatic update, focusing on a lab based setting where unpublished genomes can be easily added, and allowing individual users to work with an unchanging snapshot of genomes from a given download date.

다운로드는 다음 사이트에서.

https://github.com/mlangill/microbedb/

원래는 GBrowse의 데이터베이스를 조작해서 필요한 일을 해 볼까 하는 생각을 갖고 있었지만 막상 실행에 옮기지는 못하고 있었다. 내 용도에 딱 맞는 도구가 나와 준 것이 다행스럽다.