Geneious Pro R7 구입

아직까지는 사용자가 수고스럽게 소스 파일을 받아 빌드하여 사용하는 커맨드 라인 인터페이스의 생물정보분석용 프로그램이 널리 쓰이고 있다. 이러한 프로그램은 대부분 공개 소프트웨어라서 비용이 들지 않는다. 대신 개발자로부터 직접적인 지원을 받기는 어려운 상태이고, 커뮤니티 사이트에 질문을 올리면 자발적인 답변에 의해 지식을 확장해 나가는 방식으로 사용상의 어려움을 극복해 나가게 된다. 이를 위해 SEQanswers라는 탁월한 웹사이트가 운영되고 있다.

반면 상용 GUI tool들은 어떤가? 복잡한 리눅스 환경을 거치지 않고서 쉽게 이용할 수 있는 생물정보분석도구가 점차 많아지고 있다. 나는 CLC Genomics Cell을 여러해 동안 쓰면서 bacterial NGS data, 특히 de novo assembly 기능을 매우 만족스럽게 사용하고 있다. 물론 이 도구가 만능은 아니다. 부족한 기능을 서로 보충하기 위한 목적으로서 비교적 염가의 프로그램인 Geneious Pro R7을 구입해 보았다. 홈 페이지에서는 다음과 같이 특징을 나열해 놓았다.

• Visual sequence alignment and editing
• Sequence assembly with a clear graphical interface
• Comprehensive molecular cloning, made easy
• World class software for phylogenetic analysis

좀 더 상세한 특징은 홈페이지를 참조하면 된다. 일단은 데스크탑이 아니라 사양이 좋은 리눅스 컴퓨터(AMP Opteron 6176 48 코어, 256 GB 메모리)에 설치해 보았다. 1 유저 라이센스라서 동시에 두 유저가 구동을 하지는 못한다. 대신 CLC Genomics Workbench와 다른 점이 있다면, 일반 유전가 플러그인을 설치할 수 있다는 점이다. 풍부한 튜토리얼을 제공한다는 것도 눈에 뜨이는 특징이다.

가장 먼저 해 볼 것은 플러그인 기능으로 구현된 gene prediction(Glimmer)과 InterProScan이다. 얼마나 간편하게 실시할 수 있을지 궁금해진다.