2019년 4월 23일 화요일

회사 프록시 서버는 R 라이브러리 패키지 설치도 어렵게 한다

epel 저장소 정보 파일의 주소 정보(baseurl) 라인을 활성화하여 CentOS 7에서 R rpm 패키지가 설치되도록 만들고 나서 일반 사용자 권한으로 필요한 R 라이브러리를 설치하려 하였더니 또 SSL 인증서와 관련한 에러가 발생하였다. 이젠 정말 지긋지긋하다!

> install.packages("BiocManager")
‘/home/hyjeong/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.5’의 위치에 패키지(들)을 설치합니다.
(왜냐하면 ‘lib’가 지정되지 않았기 때문입니다)
--- 현재 세션에서 사용할 CRAN 미러를 선택해 주세요 ---
경고: failed to download mirrors file (URL 'https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv'를 열 수 없습니다); using local file '/usr/share/doc/R-3.5.2/CRAN_mirrors.csv'
경고: 저장소 https://cran.ism.ac.jp/src/contrib에 대한 인덱스에 접근할 수 없습니다:
  URL 'https://cran.ism.ac.jp/src/contrib/PACKAGES'를 열 수 없습니다
경고메시지(들): 
1: In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) :
  URL 'https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv': status was 'Peer certificate cannot be authenticated with given CA certificates'
2: 패키지 ‘BiocManager’(들)이 사용가능하지 않습니다 (그 이유는 for R version 3.5.2 입니다) 

Somansa의 Root 인증서 위치를 지정하는 옵션이 어딘가에 있을 것이라 생각하고 구글을 검색해 보았다. 홈 디렉토리의 .Renviron 파일에 이를 넣으면 된다고 한다. 힌트는 [StackOverflow] R Server: install.packages() certificate error에서 얻었다.

$ cat .Renviron 
CURL_CA_BUNDLE=.cert/Somansa_ROOT_CA.cer

다음은 bioconductor를 설치한 뒤의 모습이다.

> library(BiocManager)
Bioconductor version 3.8 (BiocManager 1.30.4), ?BiocManager::install for help

Somansa가 가로채기(?)를 하여 만들어 놓은 '자체 인증서' 문제는 앞으로 또 무슨 프로그램의 설치 작업에서 불거져 나올지 자못 궁금하다.

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