다음의 글에서 힌트를 얻었다.
[SOLVED] One of the configured repositories failed (Unknown)
/etc/yum.repos.d/epel.repo 파일을 열어서 baseurl= 앞의 '#'를 제거하고, metalink= 줄은 주석 처리를 하였다. 아마도 metalink 주소에 문제가 있는 것 같다. epel-repo 파일을 수정한 다음 yum install R을 실행하니 245개나 되는 패키지를 시원스럽게 다운로드하여 설치가 완료되었다.
[epel] name=Extra Packages for Enterprise Linux 7 - $basearch baseurl=http://download.fedoraproject.org/pub/epel/7/$basearch #metalink=https://mirrors.fedoraproject.org/metalink?repo=epel-7&arch=$basearch failovermethod=priority enabled=1 gpgcheck=1 gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-EPEL-7
의존성이 있는 프로그램을 한방에 설치해 주는 데에는 conda만한 것이 없다. Qiime 2 정도가 되면 bioconda의 힘을 빌리지 않고 설치하는 것은 정말 고통스러울 것이다(실제로 공식 문서 사이트에서는 소개하고 있지도 않다). 그러나 구체적인 애플리케이션에 대하여 너무 개별적으로 환경을 만들어 주는 것은 그렇게 바람직하다고 생각하지 않는다. 가능하다면 다소 수고스럽더라도 의존성을 해결해 가면서 하나씩 해결을 하려는 노력을 아끼지 않는 것이 중요하다고 본다. Prokka나 Roary 정도라면 직접 설치를 할만하다. 그리고 bioconda라고 해서 의존성 있는 프로그램/라이브러리를 전부 자동으로 설치해 주는 것은 아님에 유의해야 한다. 따라서 설치법 문서를 주의 깊게 읽어야 한다.
그럼에도 불구하고 Sanger Institute의 Artemis는 bioconda를 이용하여 설치하였다. 왜냐하면 수작업으로 설치할 때 필요한 Apache Maven을 아직 잘 이해하지 못했기 때문이다.
어제는 집에서 사용하는 노트북 컴퓨터에 자바 런타임을 설치하려고 다운로드 사이트에 갔더니 오라클에 유저 등록을 하라는 메시지를 접하게 되었다. 예전에는 라이선스에 동의하는 것만으로도 설치 파일을 내려받을 수 있었는데... 돈이 드는 것은 아니지만 그동안 편리하게 사용한 것에 대해 이 정도의 수고는 감수해야 할 것이다.
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