BioPerl을 찾아서...

근무 부서를 옮기고, 설치와 유지 보수 때문에 신경을 쓸 필요가 없는 고급(?) 컴퓨터에 계정을 개설하였다. Sun Grid Engine 환경에서 예전과는 비교할 수 없이 빠른 속도로 작업을 수행하게 되니 정말 놀랍기만 하다.

관리자와 일반 사용자가 엄격히 분리되어 있는 환경이라서, 직접 리눅스 컴퓨터를 관리하면서 관리자 권한으로 설치했던 Perl module이나 수많은 응용 프로그램들을 어떻게 다루어야 하는지 새롭게 공부를 해야만 하는 실정이다. 상당한 수의 생물정보학 응용 프로그램이 깔려 있기는 하지만 이것으로 내 수요가 다 충당되지는 않는다. 관리자가 아직 설 연휴에서 돌아오지 않아서 오늘 당장은 물어볼 수 있는 상황은 아니다.

먼저 이 시스템의 @INC 배열을 들여다 보았다.

$ perl -e 'print join "\n", @INC; print "\n"'
/usr/local/lib64/perl5
/usr/local/share/perl5
/usr/lib64/perl5/vendor_perl
/usr/share/perl5/vendor_perl
/usr/lib64/perl5
/usr/share/perl5
.

매우 상식적인 결과이다. perldoc Bio::Seq 실행에서 에러가 나는 것을 보면 BioPerl은 설치되어 있지 않은 것으로 보인다. 그런데 CPAN 자체도 설치가 되어 있지 않다. CPAN shell 자체를 띄울 수 없는 환경인 것이다. 일반 사용자 모드에서 CPAN-1.9800을 직접 설치하려고 하니 참으로 마땅치가 않다! CPAN.pm을 비롯하여 여러개의 모듈이 필요하고, 또 cpan 스크립트도 설치해야 한다.

내부 교육용 자료를 읽어 보면 perl-5.14.1.tar.gz 소스를 받아다가 설치하라고 되어 있다. 그렇다면 홈 디렉토리에 perl interpreter가 이중으로 설치되고 만다. .bash_profile에 홈 계정에 perl interpreter 디렉토리를 PATH로 지정해 놓는 것으로 해결이 될까?