2022년 2월 11일 금요일

숙원사업 - 드디어 GPU가 장착된 컴퓨터를 구입하여 나노포어 시퀀싱 준비를 완료하다

이제는 다른 연구팀의 장비를 빌리거나 CPU에서 극도로 느린 guppy basecalling을 하면서 며칠이고 기다릴 필요가 없게 되었다. NVIDIA GeForce RTX 3090이 장착된 데스크탑 컴퓨터를 구매하였기 때문이다. 메모리는 64 기가바이트로 맞추어서 주문하였다. 우분투 20.04의 설치용 USB 매체를 늘 갖고 다니기 때문에 아주 쉽게 리눅스부터 설치를 하였다. 

모니터 뒤편에는 같은 케이스에 만들어진 AMD Ryzen 5950X가 놓였다. AMD 머신에 비하면 말할 수 없이 조용하다! 

무슨 유흥업소 간판도 아니고 이렇게 요란하게 그래픽 카드를 만들다니...

NVIDIA 드라이버와 CUDA toolkit을 수동으로 설치하려다가 이상하게 꼬여서 고생을 하였다. 우분투를 싹 새로 설치한 다음, ubuntu-drivers devices 명령이 제안하는 드라이버를 찾아서 설치하니 아주 쉽게 CUDA까지 해결이 되었다.

$ ubuntu-drivers devices
== /sys/devices/pci0000:00/0000:00:01.0/0000:01:00.0 ==
modalias : pci:v000010DEd00002204sv00001458sd00004043bc03sc00i00
vendor   : NVIDIA Corporation
driver   : nvidia-driver-470 - distro non-free
driver   : nvidia-driver-510 - distro non-free recommended
driver   : nvidia-driver-470-server - distro non-free
driver   : xserver-xorg-video-nouveau - distro free builtin
$ sudo ubuntu-drivers autoinstall
# or sudo apt install nvidia-driver-510
$ sudo shutdown -h reboot

설치 상태를 확인해 보았다. "NVIDIA GeForce RTX 3090"이라는 명칭이 잘 보인다.

$ nvidia-smi  --query | grep "Product Name"
    Product Name                          : NVIDIA GeForce RTX 3090
hyjeong@ionic:~$ nvidia-smi
Sat Feb 12 20:50:46 2022       
+-----------------------------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 510.47.03    Driver Version: 510.47.03    CUDA Version: 11.6     |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| GPU  Name        Persistence-M| Bus-Id        Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan  Temp  Perf  Pwr:Usage/Cap|         Memory-Usage | GPU-Util  Compute M. |
|                               |                      |               MIG M. |
|===============================+======================+======================|
|   0  NVIDIA GeForce ...  Off  | 00000000:01:00.0 Off |                  N/A |
|  0%   32C    P8    15W / 370W |     68MiB / 24576MiB |      0%      Default |
|                               |                      |                  N/A |
+-------------------------------+----------------------+----------------------+
                                                                               
+-----------------------------------------------------------------------------+
| Processes:                                                                  |
|  GPU   GI   CI        PID   Type   Process name                  GPU Memory |
|        ID   ID                                                   Usage      |
|=============================================================================|
|    0   N/A  N/A      1098      G   /usr/lib/xorg/Xorg                 56MiB |
|    0   N/A  N/A      1240      G   /usr/bin/gnome-shell                9MiB |
+-----------------------------------------------------------------------------+

다음으로는 나노포어 커뮤니티 사이트에 접속하여 MinKNOW와 Guppy GPU 버전을 설치하였다. 오랜만에 커뮤니티 사이트를 들어갔더니 Firefox(리눅스)와 Chrome(윈도우)에서 보이는 창이 달라서 소프트웨어 다운로드 위치를 찾느라 애를 먹었다. 더욱 혼동스러웠던 것은 'MinION Software' - 'MinIT Software' - 'MinKNOW Stand Alone GUI'라고 표현되어 있다는 점이다. 셋 중에서 가장 앞에 있는 것이 MinION Mk1B를 위한 것인데, 내 기억으로 전에는 분명히 MinKNOW라고 되어 있어서 어느 것을 골라야 하는지 주저할 필요가 없었다.

MinION Mk1B를 연결하여 인식이 됨을 확인하였다.

다음주에는 작년에 fast basecall로 생산해 둔 시퀀싱 결과를 guppy GPU version으로 다시 처리할 수 있을 것이다. 연구비에 여유가 있어서 이렇게 장비를 마련하게 된 것을 감사히 생각하며...

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