2018년 1월 12일 금요일

새로운 유전체 분석 서비스, GoSeqIt Tools

이틀 전, 낯선 곳으로부터 이메일이 왔다.

New web-platform for WGS-based bacterial characterisation

생명과학 연구를 위한 각종 키트나 서비스에 대한 광고성 메일을 종종 받지만, 내가 평소에 하는 업무와 관련하여 이렇게 매우 구체적인 안내 메일이 온 것은 매우 드문 일이다. 웹 주소(http://www.goseqit.com/)를 보면 전형적인 회사이다. 클릭을 하여 보았다. 덴마크 공과대학교(DTU)의 Center for Genomic Epidemiology(CGE)에서 매우 최근에 창업한 기업이었다. CGE에서는 20 가지 이상의 분석 도구를 보유하고 있는데, 이를 좀 더 사용자 친화적 및 안정적으로 제공하기 위하여 기업화를 한 것으로 보인다.

GoSeqIt에서 현재 서비스하는 분석 도구는 전부 peer-review journal을 통하여 발표된 것으로 다음과 같다.

  1. Species identification
  2. Multilocus sequence typing (MLST)
  3. Identification of acquired antibiotic resistance genes and point mutations in chromosomal genes causing antimicrobial resistance
  4. Identification of virulence factors for Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Enterococcus, and Listeria
  5. Identification of plasmids for Enterbacteriaceae and gram-positive bacteria
  6. Plasmid multilocus sequence typing, pMLST, for plasmids of the type IncN, IncHI1, IncHI2, IncF, and IncA/C
  7. Identification of serotype for E. coli
  8. Identification of FimH type for E. coli
GoSeqIt에서 사용하는 데이터베이스는 CGE의 것보다 더 빨리 업데이트가 된다고 한다. 또한 아마존 클라우드 안에서 돌아가므로 매우 빠르고 안정적이라고 자랑을 하였다. 유튜브에서는 등록 및 사용 방법에 대한 동영상이 올라와 있다.
새로 등록한 사용자에게는 100개의 무료 CoSeqIt "coin"을 지급한다고 하였다. 등록을 하니 application을 돌릴 때마다 비용이 나가는 것처럼 보였다. 등록 후 첫 화면에서  "내 지갑"을 가 보았다.


코인의 최소 구입 단위는 200(125 달러)이다. 파일은 웹 브라우저 내에 drop을 하여 제출한다. 새로운 파이프라인의 가격은 1~4 코인 수준이고, ContigAnalyzer는 무료이다. 9개 도구 중에서 원하는 것을 골라서 파이프라인을 만들고, 새 프로젝트를 설정한 다음, 파일을 업로드하여 분석을 진행하면 되는 구조이다. 샘플 파일에 비례하여 비용이 올라가는 것 같지는 않다. 왜냐하면 코인 지불은 파이프라인 생성 단계에서 하기 때문이다. 업로드 가능한 샘플 파일은 high-throughput sequencing raw data는 안되고 오직 contig/genome level의 파일인 것으로 파악된다. 

ContigAnalyzer tool 하나만으로 구성된 파이프라인을 만든 다음 어제 NCBI에 등록하느라 사용했던 박테리아 genome assembly 두 개를 올려보았다. 리포트는 웹 브라우저에서 볼 수도 있고 PDF 파일로 다운받을 수도 있다.

유료라는 것이 아쉽지만 매우 신선한 발상의 서비스가 아닌가? 여러개의 샘플 파일을 올린 경우 하나로 통합된 리포트가 나온다면 더 좋을 것이다. 앞으로 관심을 갖고 활용해 보련다.


 
작성자: 시간:
라벨:

댓글 없음:

댓글 쓰기

피드 구독하기: 댓글 (Atom)