옴니아 박물관을 차릴 것도 아닌데, 이번에는 처남이 쓰던 쇼옴니아(SPH-M8400)를 얻어 가지고 왔다. 아래 사진에서 왼쪽은 옴니아팝(SCH-M720, SKT), 그리고 오른쪽이 "쇼옴니아(SPH-M8400, KT)".
쇼옴니아라는 이름은 별칭이고, 한번도 이 이름으로 공식적으로 마케팅되지는 못했다고 한다. 옴니아팝은 기본적으로 옴니아2와 CPU가 동일하나, 화면과 기타 하드웨어에서는 엄청난 차이가 있다. 아몰레드 대화면인것은 물론이고 같은 감압식 터치의 느낌도 옴니아팝과는 비교가 되지 않는다.
KT 전용 단말기이지만 SKT 유심을 꽂아서 음성통화와 단문 메시지는 가능하다. APN(Access Point Name) 설정을 고치면 3G 데이터 통신까지는 가능하나 MMS는 불가능하다. 많은 단말기가 타사 USIM을 쓰더라도 설정 변경을 통해 3G 데이터 통신과 MMS 수발신이 가능한 것이 현실인데, KT 단말기를 SKT 통신망에서 쓰려면 기기에 따라 약간의 제한이 따른다. 비난의 화살은 SKT에게로...
APN 설정을 고치는 방법을 알아내느라 무척 애를 먹었다. 안드로이드 단말기에 대해서는 정보가 많이 나와 있지만 윈도우 모바일에 대해서는 그렇지가 않다. 다음의 사이트는 SKT 공식 블로그에서 제공하는 방법인데, 옴니아 계열과는 환경이 조금 달라서 큰 도움이 되지는 않았다.
[HTC HD2] 데이터 통신 및 MMS 세팅방법
검색에 검색을 거듭한 결과 네이버를 통해서 APN 설정을 변경하는 동영상이 발견하여 이를 참조하였다.
통신사에서 제공하는 기본 프로그램이 많이 설치되어 있으나 자사 통신망이나 와이브로가 아니면 쓸모가 없는 것이 많았다. 기껏 좋은 단말기를 만들어 놓고도 이렇게 폐쇄적인 정책을 쓰고 있다는 것이 안타까왔다. SKT에서는 MMS 수발신에서 보편적인 표준을 지키지 않음으로 인해 타사 단말기 사용 시 기능상 제한을 감수해야 하고, KT에서는 타사의 통신망을 이용하는 경우 무용지물인 전용 앱을 하나 가득 설치해 놓고...
MMS가 안되더라도 다른 측면에서는 옴니아팝에 비해 유리하기에 한번 써 볼까 했으나, 웹 브라우저를 통해 멜론을 접속했을 때 제대로 음악이 나오질 않았다. 타사 유심을 끼워 쓰려고 이 고생을 하느니 차라리 그냥 옴니아팝을 쓰리라.
[삼일이 지난 후]
만약 SKT에 유심변경이력을 관리하는 직원이 있다면, 대전에 왠 미친X이 하나 생겼다고 생각할지도 모르겠다 :) 하루에도 몇번씩 칩을 바꿔끼워 가면서 어느 단말기를 쓸까하고 고민하고 있으니까. 2009년 말에 제조가 되었으니 벌써 삼년이나 지난 스마트폰인 셈이다. 악명 높았던 옴니아 계열이지만, 바탕화면을 삼성 투데이에서 윈도우 기본값으로 해 두면 그런대로 수월하게 돌아간다. MMS와 멜론에서 아쉬움이 있지만, 오래된 KT 단말기에 SKT 유심을 꽂아서 이렇게라도 쓸 수 있다는게 어디인가?
[또 하루가 지난 후]
쇼옴니아가 좋은 점은 화면이 크고 카메라 작동이 즉각적이라는 점이다. 셔터를 누르면 실제 찍히는 순간까지의 랙이 그렇게 크지 않다. 옴니아팝은 상당히 뜸을 들인다. 이번 달에는 약정한 데이터를 거의 다 소진한 관계로 와이파이와 3G 환경에서의 인터넷 활용에 대한 테스트를 좀 더 과감하게 하지를 못하고 있다.
2012년 11월 25일 일요일
2012년 11월 21일 수요일
옴니아팝(WM 6.5)에 iPhoneToday 설치
박물관에 보내면 어울릴만한 구형 휴대폰이 재미난 장난감이 되고 말았다. 윈도우 모바일을 쓰는 재미 중 하나는 사용자 입맛에 맞게 커스터마이즈를 하기가 매우 용이하다는 것이다. 아니, WM을 쓰는 거의 유일한 보람이라고 해야 되려나? 아무튼 아이폰투데이라는 프로젝트가 있다는 것을 알게 되었고, 이를 옴니아팝에 맞게 적용한 사례가 있어서 설치를 한번 해 보았다.
옴니아팝을 위한 아이폰투데이 설정
WM 6.5가 마이크로소프트로부터 더 이상 공식 지원을 받지 않는 이상, 아이폰투데이의 공식 최종판도 1.5.4(2010년 8월)에 머물러 있는 상태이다. 아무런 금전적 보상도 없었을 것이 뻔한데, 개발자들의 열정에 늦게나마 박수를 보낸다! 앞으로는 티타늄 테마와 삼성 위젯플러스, 그리고 아이폰투데이 중에서 기분 내키는 대로 골라서 쓰면 되겠다.
아직도 티타늄 테마와 벌집 메뉴, 그리고 삼성 메뉴가 헛갈리는 나를 위해서 좋은 정보 링크를 하나 남겨 둔다.
Windows Mobile 6.5 - 티타늄 테마와 벌집 시작메뉴
그리고 유용 어플과 레지스트리 수정 팁에 관한 2009년도 뽐뿌 포스팅을 하나 소개한다.
웹을 뒤져 보니 SPB mobile shell이라는 탁월한 앱이 존재한다. 체험판을 받아서 잠시 써 보았는데 매우 괜찮다. 단, 15달러에 육박하는 가격이 문제다.
[아직까지 해결하지 못한 문제]
- 오페라 모바일 v.10을 새로 설치하였지만, 기존의 버전 v.9를 덮어쓰지 못하고 공존을 하고 있는 상황이다.
- 메뉴 편집의 어려움: 기본으로 나타나는 네 칸의 메뉴(나의 메뉴, 인터넷, 멀티미디어, 그리고 오피스)는 창의 이름을 바꿀 수 있고, 프로그램 아이콘을 지울 수 있지만, 이때 사라지는 프로그램은 단지 [더 보기] 카테고리로 내려갈 뿐이다. Resco 탐색기를 잘못 건드려서 Application Data의 shortcut이 생기고 말았는데 이것을 도대체 어떻게 제거해야 할지 모르겠다. 메뉴 설정 파일이 어딘가 숨어 있지 않을까? 한참을 뒤적거리다가 겨우 찾아냈다. 파일 탐색기에서 \Windows\시작 메뉴\프로그램\ 아래에 Application Data의 바로가기가 남아 있었다. 이를 지우니 OK.
[추가 사항]
삼성 모바일 홈페이지에서 사전 앱을 받아서 설치하였으며, 구글과 네이버의 지도 앱도 *.CAB file을 구해서 설치하였다.USIM 칩을 인식하지 못해서 재부팅을 하는 경우를 종종 보게 되는데, 이게 바로 윈도우 폰의 문제점인 것일까? 전화 통화를 하는 도중에 아직 낭패를 당한 적은 없지만...
2012년 11월 20일 화요일
옴니아팝, WM 6.5로 업그레이드를 하고 나서
좀 더 휴대전화기에 가까운 모습을 갖추게 되었다. 업그레이드 전에는 터치펜으로 꾹꾹 눌러야만 하는 '포켓PC'같은 느낌이 더 강하게 들었었다. 티타늄 테마로 설정을 바꾸니 그런대로 봐줄 만하다. 기본으로 설치된 많은 응용프로그램들이 더 이상 지원되지 않아 무용지물이 된 것은 매우 안타까운 일이다. 예를 들어 WM 6.5용 Marketplace나 Microsoft My Phone 등이 그러하다.
Opera 브라우저는 홈 페이지에 가서 최신의 Opera Mini와 Opera Mobile 10으로 바꾸었다. 티타늄 첫 화면에서 연결되는 브라우저는 새로 설치한 Opera Mobile로 바꾸지 못하는 것일까? 방법이 분명히 있을 것이다. Wi-Fi를 통한 인터넷 접속이 좀 느린데, 하드웨어 스펙 문제인지 아니면 사무실의 네트웍 환경 문제인지는 아직 모르겠다.
중고폰이라서 배터리가 그렇게 오래 가지 못하는 것은 어쩔 도리가 없다. 삼성 정품 배터리는 너무 비싸고, Coral이라는 상표의 호환 배터리가 있던데 평이 나쁘지 않은 듯.
아이패드와 안드로이드폰에서는 사진을 찍으면 구글플러스쪽으로 자동 업로드를 시킬 수 있었는데, 윈도우 모바일에서는 기대하기 어렵다. 리눅스 머신에 케이블을 연결했을 때 외장 메모리가 제대로 인식되는 정도로 감사할 일이다. ActiveSync로 메일이나 주소록, 스케쥴을 동기화하도록 설정해 두었지만 이는 무선 환경에 국한된 일이고, USB cable로 컴퓨터를 직접 연결할 시에는 용량이 큰 파일 전송만 되면 만족한다.
며칠 동안 사용을 해 보니 왜 감압식 터치화면이 결국 경쟁에서 밀리게 되었는지 이해가 된다^^ PDA나 휴대용 카드 결제기와 같이 세밀한 터치가 필요한 경우 감압식 터치펜으로 입력하는 것이 필요하지만, 휴대전화기는 조금 다르다. WQVGA(240x400)라는 3인치형 작은 화면에서는 어차피 손가락을 이용한 정전식 터치는 무리이다.
WM 6.5 업그레이드는 필수라는 생각이 든다. 단, 6.1에 비해 전력 소모가 조금 더 많을지도 모르겠지만 아직 확인은 하지 못하였다.
새로운 환경에 적응하기가 쉽지는 않았다... 대신 통화 품질은 그동안 사용해 온 어떤 휴대전화보다도 우수하다.
Opera 브라우저는 홈 페이지에 가서 최신의 Opera Mini와 Opera Mobile 10으로 바꾸었다. 티타늄 첫 화면에서 연결되는 브라우저는 새로 설치한 Opera Mobile로 바꾸지 못하는 것일까? 방법이 분명히 있을 것이다. Wi-Fi를 통한 인터넷 접속이 좀 느린데, 하드웨어 스펙 문제인지 아니면 사무실의 네트웍 환경 문제인지는 아직 모르겠다.
중고폰이라서 배터리가 그렇게 오래 가지 못하는 것은 어쩔 도리가 없다. 삼성 정품 배터리는 너무 비싸고, Coral이라는 상표의 호환 배터리가 있던데 평이 나쁘지 않은 듯.
아이패드와 안드로이드폰에서는 사진을 찍으면 구글플러스쪽으로 자동 업로드를 시킬 수 있었는데, 윈도우 모바일에서는 기대하기 어렵다. 리눅스 머신에 케이블을 연결했을 때 외장 메모리가 제대로 인식되는 정도로 감사할 일이다. ActiveSync로 메일이나 주소록, 스케쥴을 동기화하도록 설정해 두었지만 이는 무선 환경에 국한된 일이고, USB cable로 컴퓨터를 직접 연결할 시에는 용량이 큰 파일 전송만 되면 만족한다.
며칠 동안 사용을 해 보니 왜 감압식 터치화면이 결국 경쟁에서 밀리게 되었는지 이해가 된다^^ PDA나 휴대용 카드 결제기와 같이 세밀한 터치가 필요한 경우 감압식 터치펜으로 입력하는 것이 필요하지만, 휴대전화기는 조금 다르다. WQVGA(240x400)라는 3인치형 작은 화면에서는 어차피 손가락을 이용한 정전식 터치는 무리이다.
WM 6.5 업그레이드는 필수라는 생각이 든다. 단, 6.1에 비해 전력 소모가 조금 더 많을지도 모르겠지만 아직 확인은 하지 못하였다.
새로운 환경에 적응하기가 쉽지는 않았다... 대신 통화 품질은 그동안 사용해 온 어떤 휴대전화보다도 우수하다.
VirtualBox 4.2 설치
버전 4.1을 쓰고 있는데, 며칠 전부터 새 버전인 4.2가 나왔다는 창이 자꾸 뜨는 것이었다. 다운로드 링크를 클릭하여 패키지를 받은 뒤 설치를 시도하면 4.1과 충돌한다는 오류 메시지가 나타난다. 원래 알아서 업그레이드를 해 주어야 하는 것 아닌가? 시냅틱 패키지 관리자에서 이전 버전을 조심스럽게 지우고, 4.2를 설치하니 익스텐션 팩까지 알아서 업데이트를 해 주었다.
새 버전에서 가상머신(윈도우 7)을 실행하였다. 특별한 문제 없이 잘 실행이 되고 있다.
리눅스를 메인 데스크탑으로 쓰고 있기에, HWP로 첨부된 문서가 메일로 오면 정말 짜증이 난다. 이것 하나 때문에 가상머신을 켜야 하다니... 이러한 현실을 이해할 수 밖에 없는 것이, 대부분의 문서는 수신인이 이를 읽어보고 수정을 하길 바라는 의도로 보내지기 때문이다. PDF로는 편집이 쉽지 않으니까. ODT인가 하는 공개형 다큐먼트 포맷이 있는 것으로 아는데, 문서의 내용보다는 형식을 중요시하는 국내 사정에서는 아직 발을 붙이기 어려울 것이다. 여기에서 형식이란 서론-본론-결론과 같은 내용 구성의 형식이 아니라, 화면 혹은 종이에 인쇄했을 때 외형적으로 얼마나 그럴싸해 보이느냐(글꼴, 줄간격, 그림 배치 등)에 관한 것이다.
형식보다 내용을 중요시하는 시대가 되어야 하는데, 이제는 더욱 비주얼의 중요성을 강조하는 세상이 되어가고 있다. 논리적으로 잘 쓴 글보다는 그림을 곁들인 파워포인트 한 장이 더 호소력이 있는 세상이 되고 말았으니!
보고 자료와 이력서는 점점 두꺼워지는데, 사람들 간의 소통은 몇 십 바이트의 단문으로 매개되고 있다. 쓰잘데 없는 사이트의 포스팅에 달리는 의미없는 덧글들 'ㅋㅋㅋㅋㅋㅋㅋ' 'ㅎㅎㅎㅎㅎㅎㅎ'... 양극화는 바로 이런 사회적 현실을 일컫기에 매우 적절한 낱말이다.
[VirtualBox 4.2 업데이트 후기]
전에는 한/영 키를 누르면 언어 전환이 잘 되었는데, 업데이트 후에는 Shift+Space를 눌러야만 전환된다. 왜 이렇게 되었지?
새 버전에서 가상머신(윈도우 7)을 실행하였다. 특별한 문제 없이 잘 실행이 되고 있다.
리눅스를 메인 데스크탑으로 쓰고 있기에, HWP로 첨부된 문서가 메일로 오면 정말 짜증이 난다. 이것 하나 때문에 가상머신을 켜야 하다니... 이러한 현실을 이해할 수 밖에 없는 것이, 대부분의 문서는 수신인이 이를 읽어보고 수정을 하길 바라는 의도로 보내지기 때문이다. PDF로는 편집이 쉽지 않으니까. ODT인가 하는 공개형 다큐먼트 포맷이 있는 것으로 아는데, 문서의 내용보다는 형식을 중요시하는 국내 사정에서는 아직 발을 붙이기 어려울 것이다. 여기에서 형식이란 서론-본론-결론과 같은 내용 구성의 형식이 아니라, 화면 혹은 종이에 인쇄했을 때 외형적으로 얼마나 그럴싸해 보이느냐(글꼴, 줄간격, 그림 배치 등)에 관한 것이다.
형식보다 내용을 중요시하는 시대가 되어야 하는데, 이제는 더욱 비주얼의 중요성을 강조하는 세상이 되어가고 있다. 논리적으로 잘 쓴 글보다는 그림을 곁들인 파워포인트 한 장이 더 호소력이 있는 세상이 되고 말았으니!
보고 자료와 이력서는 점점 두꺼워지는데, 사람들 간의 소통은 몇 십 바이트의 단문으로 매개되고 있다. 쓰잘데 없는 사이트의 포스팅에 달리는 의미없는 덧글들 'ㅋㅋㅋㅋㅋㅋㅋ' 'ㅎㅎㅎㅎㅎㅎㅎ'... 양극화는 바로 이런 사회적 현실을 일컫기에 매우 적절한 낱말이다.
[VirtualBox 4.2 업데이트 후기]
전에는 한/영 키를 누르면 언어 전환이 잘 되었는데, 업데이트 후에는 Shift+Space를 눌러야만 전환된다. 왜 이렇게 되었지?
2012년 11월 17일 토요일
옴니아팝 하루 사용기
한달 정도 지나면 메모리 관리도 슬슬 필요하고 초기화도 종종 해 줘야 할지도 모른다. 이제 겨우 하루가 지났을 뿐이고, 아직까지는 별 문제는 없다. 윈도우 모바일이란 환경은 휴대폰이라기 보다는 작은 컴퓨터와 같은 느낌을 준다. 화려함과 편의성은 좀 떨어지지만(윈도우 8은 물론 훨씬 나아졌을 것이다) 좀 더 세밀한 곳에서 기기를 설정하는 잔재미가 있다. 그 대신 늘 손에 끼고서 웹질을 하기는 좀 불편하지만, 이는 오히려 내가 바라는 바다.
세밀한 터치가 필요한 인터페이스라서 정전식 손가락 터치가 어차피 어울리지 않는다. 삼성이 입혀놓은 인터페이스와 윈도우 모바일 자체의 인터페이스를 구별하는 것이 조금 힘들었다. 지금은 윈도우용 화면으로 바꾸어 놓은 상태이다.
최첨단 보일러를 다들 쓰는데 이제 나 혼자 장작을 때겠다고 고집하는 것으로 비유하면 될까? 어쨌든 재미는 있다.
2012년 11월 15일 목요일
중고 옴니아팝 구입기
스마트폰이 없어도 세상을 영리하게 사는데에는 큰 문제가 없을 것으로 생각했었다. 이러한 신념이 그다지 오래 가지 못하게 된 가장 큰 이유는 피처폰만으로는 34요금제를 알뜰하게 사용할 방법이 없기 때문이었다. 모토롤라 아트릭스를 딸아이에게 넘겼지만 24개월 약정 기간 동안 34요금제를 유지해야만 한다. 확정기변을 하고 맞번호 변경과 맞기기 변경 등 몇가지 복잡한 과정을 거치면 스마트폰을 쓰고 있는 다른 식구에게 34요금제를 떠넘기는 것이 가능하기는 하다. 그러나 이 과정이 너무 복잡해서 이해하기도 어렵고, 막상 출장을 가 보니 3G 데이터 통신을 이용한 이메일 확인이 매우 요긴하였다.
디지털 카메라, 자전거, 휴대폰 등 새로운 '장난감'을 살 일이 생길때마다 정보를 알아보고 고르는 과정은 너무나 힘들다. 성능과 가격을 놓고 수도 없이 저울질을 하고, 인터넷에서 사용기를 검색해 보면서 혹시 알려진 문제가 없는지 파악한다. 싸고 좋은 것은 없다고, 돈이나 많으면 충분한 성능에 만족하면서 오랫동안 사용 가능한 좋은 제품을 사겠지만, 현실은 그렇지가 못하다. 이런 핑계로 눈이 아프도록 검색창을 매달리게 된다. 솔직히 고백하건대, 이런 '연구'과정이 힘은 들면서도 사실 이를 즐기고 있는지도 모른다.
오늘 현재까지 나의 임시(?) 휴대폰은 노리폰이다. 작고 가볍다는 것이 휴대용 기기에서는 얼마나 큰 미덕인지를 알게 해 주었다. 아트릭스의 예에서도 그랬듯이, 한번 세팅을 해 놓은 다음에는 스마트폰에 대해 많은 공부를 하지 않았다. 전화와 문자 메시지, 이메일 푸쉬 알림 기능이 충실하면서 사용이 편리한 작은 중고 스마트폰을 찾게 된 것이다.
물망에 오른 것은 옴니아팝, 엑스페리아 X10 미니 프로, 그리고 갤럭시 에이스였다. 옴니아팝은 대충 3-6만원, 나머지는 개통 이력만 있는 사실상 신품이 12만원대이다. 어제 아침까지만 해도 개성이 넘치는 엑스페리아 X10 미니 프로로 거의 마음이 굳어져 가는 듯 했으나, 결국은 3만원짜리 옴니아팝으로 결정을 지었다. 이것 말고도 옥션에서 물건을 주문했다 취소를 하고, 네이버 중고장터에 올라온 물건을 사겠다고 연락을 했다가 취소하는 등 소심한 나는 몇번이나 판단을 내리지 못하고 우왕좌왕했었다. 용돈을 좀 모아놓은 것이 있었지만, 10만원이 넘는 돈을 쓴다는 것이 왜 이렇게 어려운지... 최종 결정을 내리게 된 옴니아팝은 워낙 가격이 싸기 때문에 만약 구입해서 실망을 한다 해도 식사 두어번 한 셈으로 생각하면 큰 무리가 없으리라 판단하였다. 윈도우 폰은 절대 쓰지 말라는 말을 듣기는 했지만, 며칠간 사용해 본 뒤 버려야 되겠다고 결심을 한다고 해도 구입에 들인 돈 때문에 크게 속이 쓰리지는 않을 것 같았다.
삼성전자 옴니아팝 공식 홈페이지
삼성 옴니아 시리즈에 얽힌 영욕의 역사를 찬찬히 찾아서 읽어 보았다. 한때 아이폰의 대항마를 자처하면 꽤 많은 사용자를 확보했지만, 삼성이 안드로이드를 주력 OS로 삼으면서 사후 지원에 성의를 보이지 않게 되고, 이에 따라 소비자들의 원성이 빗발쳤던 것으로 기억한다. 그러나 옴니아 시리즈의 보급형 모델인 옴니아팝에 대해서는 그렇게 나쁜 의견들은 의외로 별로 없다. 아마 사용자도 적고, 옴니아2와 CPU 등 주요 하드웨어는 같지만 겉으로 드러나는 부분이 일반 피처폰과 구별이 안될 정도로 소박하기에, 기능을 극한으로 밀어부치면서 쓰는 사람이 많지 않았었던 듯. "스마트폰인지 알아보는 사람이 없다"라는 간혹 보이는 푸념이 오히려 나에게는 재미있게 느껴진다. 화면도 작고, 감압식인데다가 3.5파이 이어폰 단자도 없고 게다가 윈도우 모바일이 OS인 휴대폰. 재미있게도 윈도우 모바일이 나의 호기심을 자극했다. 스타일러스 없이 쓰기가 어려운 기존 옴니아의 한계를 극복하기 위해 피처폰의 햅틱 UI를 탑재하고 있다는 것, 화면이 작은 대신 배터리가 오래 간다는 것, 외형이 작다는 것 등 얼리 어댑터들은 고개를 돌릴만한 특징들이 나를 자극하고 있는 것이다. 멜론 평생 무료라는 조건도 고려해볼 요소가 된다. 서랍 속에서 쉬고 있는 모토로이도 마찬가지 조건이지만, 한달에 한 번 유심을 바꾸어 끼워서 연장을 한다는 것은 번거로운 일이 아닐 수 없다.
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글을 작성하고 하루가 지났다. 3만원짜리 옴니아팝이 우체국 택배를 통해 배달되었다. 안드로이드와는 사뭇 다른 인터페이스가 매우 흥미로왔다. 딱 3만원의 가격 수준에 맞게 적당히 낡은 상태였고 전원이 꺼졌을 때 오른쪽 아래 귀퉁이의 액정 색이 약간 다른 것이 신경이 쓰였다. 유심을 끼우고 이것 저것을 만져보는 과정에서 문제의 귀퉁이가 터치입력이 되지 않는 것을 알았다! 천지인 키패드를 펼쳐 놓으면 백스페이스 위치를 아무리 눌러도 글자는 지워지지 않고 그 바로 곁은 줄바꿈이 입력된다. 메모장을 열어놓고 화면 전체를 색칠하듯 긁어 보았다. 역시 오른쪽 아래 모서리 영역은 입력이 되지 않는다. 허허... 역시 3만원짜리란 별 수 없구나. 다시 포장하여 반품 신청을 하였다.
그러면 처음부터 관심을 가졌던 엑스페리아 X10 미니 프로 혹은 갤럭시 에이스를 살 것인가? 구입을 결심하고 버추얼 박스로 실행하고 있는 윈도우 7에서 G마켓을 접속한 뒤 상품을 고르고 나서 아무리 결제를 하려도 해도 진행이 잘 되지 않는다(가끔 이런 오동작을 보인다). 돈을 많이 쓰지 말라는 신의 계시인가? 컴퓨터를 옮겨서라도 결제를 하려다가, 조금 더 생각을 해 보기로 했다.
비록 반품을 위해 다시 포장을 해 놓았지만, 옴니아팝의 첫인상은 신선했다. 감압식 터치 스크린도 나쁘지 않았다. 이를 한번 꼭 써 보고픈 생각이 머리를 떠나지 않는 것이다. 잘 뒤져보면 박스 신품 수준의 것도 팔리고 있지만, 이것도 10만원이 넘는다. 어떻게 할까? 최종 결론은, 구매자평이 조금 좋은 판매업자의 사이트로부터 무려 45,000원짜리(!) 옴니아팝을 주문하는 것.
과연 현명한 판단을 했는지는 내일 알 수 있다. 만일 이번에도 문제가 있는 기기가 온다면, 생각을 완전히 바꾸어야 되겠다. 돈이 좀 들더라도 신품에 가까운 물건을 사는 것이 나을지도...
디지털 카메라, 자전거, 휴대폰 등 새로운 '장난감'을 살 일이 생길때마다 정보를 알아보고 고르는 과정은 너무나 힘들다. 성능과 가격을 놓고 수도 없이 저울질을 하고, 인터넷에서 사용기를 검색해 보면서 혹시 알려진 문제가 없는지 파악한다. 싸고 좋은 것은 없다고, 돈이나 많으면 충분한 성능에 만족하면서 오랫동안 사용 가능한 좋은 제품을 사겠지만, 현실은 그렇지가 못하다. 이런 핑계로 눈이 아프도록 검색창을 매달리게 된다. 솔직히 고백하건대, 이런 '연구'과정이 힘은 들면서도 사실 이를 즐기고 있는지도 모른다.
오늘 현재까지 나의 임시(?) 휴대폰은 노리폰이다. 작고 가볍다는 것이 휴대용 기기에서는 얼마나 큰 미덕인지를 알게 해 주었다. 아트릭스의 예에서도 그랬듯이, 한번 세팅을 해 놓은 다음에는 스마트폰에 대해 많은 공부를 하지 않았다. 전화와 문자 메시지, 이메일 푸쉬 알림 기능이 충실하면서 사용이 편리한 작은 중고 스마트폰을 찾게 된 것이다.
물망에 오른 것은 옴니아팝, 엑스페리아 X10 미니 프로, 그리고 갤럭시 에이스였다. 옴니아팝은 대충 3-6만원, 나머지는 개통 이력만 있는 사실상 신품이 12만원대이다. 어제 아침까지만 해도 개성이 넘치는 엑스페리아 X10 미니 프로로 거의 마음이 굳어져 가는 듯 했으나, 결국은 3만원짜리 옴니아팝으로 결정을 지었다. 이것 말고도 옥션에서 물건을 주문했다 취소를 하고, 네이버 중고장터에 올라온 물건을 사겠다고 연락을 했다가 취소하는 등 소심한 나는 몇번이나 판단을 내리지 못하고 우왕좌왕했었다. 용돈을 좀 모아놓은 것이 있었지만, 10만원이 넘는 돈을 쓴다는 것이 왜 이렇게 어려운지... 최종 결정을 내리게 된 옴니아팝은 워낙 가격이 싸기 때문에 만약 구입해서 실망을 한다 해도 식사 두어번 한 셈으로 생각하면 큰 무리가 없으리라 판단하였다. 윈도우 폰은 절대 쓰지 말라는 말을 듣기는 했지만, 며칠간 사용해 본 뒤 버려야 되겠다고 결심을 한다고 해도 구입에 들인 돈 때문에 크게 속이 쓰리지는 않을 것 같았다.
삼성전자 옴니아팝 공식 홈페이지
삼성 옴니아 시리즈에 얽힌 영욕의 역사를 찬찬히 찾아서 읽어 보았다. 한때 아이폰의 대항마를 자처하면 꽤 많은 사용자를 확보했지만, 삼성이 안드로이드를 주력 OS로 삼으면서 사후 지원에 성의를 보이지 않게 되고, 이에 따라 소비자들의 원성이 빗발쳤던 것으로 기억한다. 그러나 옴니아 시리즈의 보급형 모델인 옴니아팝에 대해서는 그렇게 나쁜 의견들은 의외로 별로 없다. 아마 사용자도 적고, 옴니아2와 CPU 등 주요 하드웨어는 같지만 겉으로 드러나는 부분이 일반 피처폰과 구별이 안될 정도로 소박하기에, 기능을 극한으로 밀어부치면서 쓰는 사람이 많지 않았었던 듯. "스마트폰인지 알아보는 사람이 없다"라는 간혹 보이는 푸념이 오히려 나에게는 재미있게 느껴진다. 화면도 작고, 감압식인데다가 3.5파이 이어폰 단자도 없고 게다가 윈도우 모바일이 OS인 휴대폰. 재미있게도 윈도우 모바일이 나의 호기심을 자극했다. 스타일러스 없이 쓰기가 어려운 기존 옴니아의 한계를 극복하기 위해 피처폰의 햅틱 UI를 탑재하고 있다는 것, 화면이 작은 대신 배터리가 오래 간다는 것, 외형이 작다는 것 등 얼리 어댑터들은 고개를 돌릴만한 특징들이 나를 자극하고 있는 것이다. 멜론 평생 무료라는 조건도 고려해볼 요소가 된다. 서랍 속에서 쉬고 있는 모토로이도 마찬가지 조건이지만, 한달에 한 번 유심을 바꾸어 끼워서 연장을 한다는 것은 번거로운 일이 아닐 수 없다.
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글을 작성하고 하루가 지났다. 3만원짜리 옴니아팝이 우체국 택배를 통해 배달되었다. 안드로이드와는 사뭇 다른 인터페이스가 매우 흥미로왔다. 딱 3만원의 가격 수준에 맞게 적당히 낡은 상태였고 전원이 꺼졌을 때 오른쪽 아래 귀퉁이의 액정 색이 약간 다른 것이 신경이 쓰였다. 유심을 끼우고 이것 저것을 만져보는 과정에서 문제의 귀퉁이가 터치입력이 되지 않는 것을 알았다! 천지인 키패드를 펼쳐 놓으면 백스페이스 위치를 아무리 눌러도 글자는 지워지지 않고 그 바로 곁은 줄바꿈이 입력된다. 메모장을 열어놓고 화면 전체를 색칠하듯 긁어 보았다. 역시 오른쪽 아래 모서리 영역은 입력이 되지 않는다. 허허... 역시 3만원짜리란 별 수 없구나. 다시 포장하여 반품 신청을 하였다.
그러면 처음부터 관심을 가졌던 엑스페리아 X10 미니 프로 혹은 갤럭시 에이스를 살 것인가? 구입을 결심하고 버추얼 박스로 실행하고 있는 윈도우 7에서 G마켓을 접속한 뒤 상품을 고르고 나서 아무리 결제를 하려도 해도 진행이 잘 되지 않는다(가끔 이런 오동작을 보인다). 돈을 많이 쓰지 말라는 신의 계시인가? 컴퓨터를 옮겨서라도 결제를 하려다가, 조금 더 생각을 해 보기로 했다.
비록 반품을 위해 다시 포장을 해 놓았지만, 옴니아팝의 첫인상은 신선했다. 감압식 터치 스크린도 나쁘지 않았다. 이를 한번 꼭 써 보고픈 생각이 머리를 떠나지 않는 것이다. 잘 뒤져보면 박스 신품 수준의 것도 팔리고 있지만, 이것도 10만원이 넘는다. 어떻게 할까? 최종 결론은, 구매자평이 조금 좋은 판매업자의 사이트로부터 무려 45,000원짜리(!) 옴니아팝을 주문하는 것.
과연 현명한 판단을 했는지는 내일 알 수 있다. 만일 이번에도 문제가 있는 기기가 온다면, 생각을 완전히 바꾸어야 되겠다. 돈이 좀 들더라도 신품에 가까운 물건을 사는 것이 나을지도...
2012년 11월 10일 토요일
여러 휴대폰을 전전하면서
잠시 노리폰을 쓰고 있는 상황에서 2박 3일간의 출장을 가게 되었다. 갤럭시탭 7인치에 블루투스 이어셋을 가지고 출장길에 올랐다. 학회장 안에서는 와이파이가 그런대로 잡히는 상황이라 아이패드를 무난히 쓸 수 있었고, 덩달아 가져간 넷북을 사용하여 VPN으로 필요한 업무를 처리하기도 했다. 그러나 이동 중에 이메일을 확인하거나, 숙소에서 무료한 시간을 보낼 때에는 갤럭시탭의 3G 통신이 매우 요긴하였다. 한달 동안 기본으로 쓸 수 있는 100 Mb 중에서 80 Mb를 3일만에 다 쓰고 말았다.
갤럭시탭은 휴대폰으로 기능이 특별히 뒤떨어지지는 않지만, 휴대가 불편하다는 것이 가장 큰 단점이다. 블루투스 이어셋을 끼고 있다가 왜 보청기를 끼고 있느냐는 오해를 받기도 했고... 모토롤라 아트릭스를 구입하기 전, 잠시 갤럭시탭을 휴대전화로 쓴 적이 있었다. 그러나 가방을 따로 챙기기도 불편하고, 늘 갖고 다니기도 불편하였다.
과연 노리폰이 대안이 될 수 있을까? 이 단말기로 한번도 와이파이를 통한 인터넷 접속에 성공한 일이 없다. 신호는 잘 잡히지만, 메뉴에서 웹서핑을 실행하면 오페라 웹 브라우저가 뜨다 말고는 3G로 연결이 되는 것이다. 오늘은 이 문제를 해결해 보고자 삼성전자 서비스 센터를 가 보았다. 해결책은 의외로 간단했는데, **7955 + NATE를 눌러서 전용 모바일 브라우저를 다운받으면 된다는 것이다. 작년 중반쯤 오페라 브라우저와 무슨 계약이 만료되었는지는 모르겠지만.
노리폰에서 와이파이로 인터넷 접속이 되면서 신세계가 열렸는가? 그건 아니었다. 접속을 할때마다 인증을 거쳐야 하고(가끔 인증에 실패하기도 한다), 생각보다 매우 느리다. 그리고 가장 활용성이 높은 지메일을 원활하게 쓸 만한 상황이 아니다. 화면 조작도 불편하다.
다시 고민에 빠지게 되었다. 스마트폰이 없어도 살 수 있다고 호기롭게 피처폰에 유심을 꽂았지만, 약정으로 묶인 34 요금을 소화하려면 피처폰으로는 소용이 없는 것이다. 스마트폰을 쓰는 식구에게 요금제를 넘기는 것이 가능은 하지만 상당히 번거롭다. 어느새 나는 중고 스마트폰 사이트를 뒤지고 있었다...
저렴한 중고 공기계는 옴니아팝이 전부이다. 말도 많고 탈도 많았던 윈도우 모바일 폰이다. 심지어 옴레기라고까지 불리던... 새로운 OS로서 호기심은 가지만, 아직은 잘 모르겠다. 잘하면 쇼옴니아를 하나 구할 수도 있을 것 같다. 타사의 유심을 꽂아서 사용이 가능한데, MMS는 원칙적으로 안되는 것으로 알고 있다. 구글을 뒤져보니 이를 가능하게 만드는 방법이 있다고도 하고, 심지어는 안드로이드를 설치할 수도 있단다.
http://konatamoe.tistory.com/447
어휴 골치야... 왜 이런 걸로 시간을 낭비하고 있어야 하는거지?
갤럭시탭은 휴대폰으로 기능이 특별히 뒤떨어지지는 않지만, 휴대가 불편하다는 것이 가장 큰 단점이다. 블루투스 이어셋을 끼고 있다가 왜 보청기를 끼고 있느냐는 오해를 받기도 했고... 모토롤라 아트릭스를 구입하기 전, 잠시 갤럭시탭을 휴대전화로 쓴 적이 있었다. 그러나 가방을 따로 챙기기도 불편하고, 늘 갖고 다니기도 불편하였다.
과연 노리폰이 대안이 될 수 있을까? 이 단말기로 한번도 와이파이를 통한 인터넷 접속에 성공한 일이 없다. 신호는 잘 잡히지만, 메뉴에서 웹서핑을 실행하면 오페라 웹 브라우저가 뜨다 말고는 3G로 연결이 되는 것이다. 오늘은 이 문제를 해결해 보고자 삼성전자 서비스 센터를 가 보았다. 해결책은 의외로 간단했는데, **7955 + NATE를 눌러서 전용 모바일 브라우저를 다운받으면 된다는 것이다. 작년 중반쯤 오페라 브라우저와 무슨 계약이 만료되었는지는 모르겠지만.
노리폰에서 와이파이로 인터넷 접속이 되면서 신세계가 열렸는가? 그건 아니었다. 접속을 할때마다 인증을 거쳐야 하고(가끔 인증에 실패하기도 한다), 생각보다 매우 느리다. 그리고 가장 활용성이 높은 지메일을 원활하게 쓸 만한 상황이 아니다. 화면 조작도 불편하다.
다시 고민에 빠지게 되었다. 스마트폰이 없어도 살 수 있다고 호기롭게 피처폰에 유심을 꽂았지만, 약정으로 묶인 34 요금을 소화하려면 피처폰으로는 소용이 없는 것이다. 스마트폰을 쓰는 식구에게 요금제를 넘기는 것이 가능은 하지만 상당히 번거롭다. 어느새 나는 중고 스마트폰 사이트를 뒤지고 있었다...
저렴한 중고 공기계는 옴니아팝이 전부이다. 말도 많고 탈도 많았던 윈도우 모바일 폰이다. 심지어 옴레기라고까지 불리던... 새로운 OS로서 호기심은 가지만, 아직은 잘 모르겠다. 잘하면 쇼옴니아를 하나 구할 수도 있을 것 같다. 타사의 유심을 꽂아서 사용이 가능한데, MMS는 원칙적으로 안되는 것으로 알고 있다. 구글을 뒤져보니 이를 가능하게 만드는 방법이 있다고도 하고, 심지어는 안드로이드를 설치할 수도 있단다.
http://konatamoe.tistory.com/447
어휴 골치야... 왜 이런 걸로 시간을 낭비하고 있어야 하는거지?
2012년 11월 1일 목요일
HP mini 5101 넷북의 귀환
수리를 위해 오랫동안 나를 떠나 있었던 HP mini 5101이 드디어 돌아왔다. 윈도우7으로는 너무 느려서 xubuntu를 곁들여 설치해 보았다. 아이패드와 나란히 켜 보니 화면 해상도가 너무 떨어진다.
2012년도 다 지나가고 있는 지금, 이 넷북의 활용도가 얼마나 높을지 낙관하기 어렵다. 아이패드와 비교하여 나은 점이 있다면 윈도우가 돌아가고 있다는 것, 그리고 물리적인 키보드가 있다는 것 정도이다. 출시된 것은 2009년 여름이고 실제 구입한 것은 아마 그해 겨울이나 혹은 다음해 초였을 것이다. 처음 구입 당시에는 오픈수세가 설치되었었다(관련 링크). 4셀 배터리는 너무 빨리 소모모되어서 나중에 추가로 6셀 배터리를 장착한 상태이다.
윈도우7의 기본 설정으로는 너무 글씨가 작아서 약간 키워 놓았다. 오히려 리눅스로 부팅해 놓으니 글씨가 눈에 더 잘 들어온다. 아이패드도 사용 경험이 꽤 쌓이다 보니 화면 터치 키보드도 과히 불편하지 않다. 다만 특수 문자를 입력하거나, 글자 단위로 커서를 옮기는 것이 나쁠 뿐. 화살표 키가 없는 것에 대해 불만을 토로하는 글을 적지 않게 보았다.
출시 당시에는 나름대로 프리미엄급(?) 비즈니스 넷북을 표방했던 제품이다. 이미 3년이 지나버린 지금은 아톰 CPU로 돌아가는 느리고 불편한 저급 노트북이 되어 버렸다. 아마 최신 스마트폰보다 못한 두뇌를 갖고 있는지도... 그렇지만 아직 퇴역을 시키기에는 아까운 물건이다. 합리적인 활용 방안을 찾아 보도록 하자.
노리폰의 변신
마이크로SD 카드를 끼우고 케이스를 입혔다. 공교롭게도 아이패드의 커버와 같은 하늘색 계열이다. 모토로이는 멜론 평생무료용으로 사용할 생각이다. 모토로이에 들어있던 외장 메모리에 에러가 발생하여 더 이상 쓰기 곤란한 상태라 약간 용량이 작은 마이크로 SD 카드를 하나 더 구입한다는 것이 실수로 그만 표준 크기의 SD 카드를 사고 말았다. 환불을 요청할까 하다가 그냥 쓰기로 하고, 승용차의 네비게이션을 업데이트하는데 활용하였다. 요즘 컴퓨터는 메모리 카드를 꽂는 슬롯이 보편적으로 갖추어져 있으므로, 외장 메모리로서 활용하는데 문제가 없다.
크기가 매우 작은 편이라서 휴대하기가 매우 편하다. Wi-Fi 신호가 잡히기는 하는데 웹 연결은 아직까지 성공하지 못하였다. 이 부분은 왜 그런지 아직도 이해가 가지 않는다. 전화를 끊은 직후 화면을 잘못 건드려 영상통화를 걸어버리는 실수를 몇 번 하였다.
스마트폰에 자리를 내어 주기에는 아직 아까운 단말기이다.
FASTQ file QC 및 전처리기
제12차 KOBIC 차세대 생명정보학 교육의 내용을 되새기기 위해 FASTQ file QC 및 전처리기에 대한 지식을 정리해 보기로 한다. 2일차 강의인 de novo assembly를 열심히 진행해 준 정원형 박사께 감사를...
나는 거의 모든 작업을 CLC Genomics Workbench에서 실시하고 있으므로, 어쩌면 공개형 소프트웨어를 일부러 찾아서 시험해 볼 필요성이 별로 없는지도 모르겠다. 그러나 상호 비교를 통해 부족한 점을 찾아내고 각 프로그램의 특성을 이해하는 것도 바람직하다고 생각한다.
QC용 프로그램은 말 그대로 시퀀싱 결과물이 얼마나 양호한지에 대한 그림이나 보고서를 생성해 주는 역할을 한다. 예전에는 염기 서열 위치에 따른 quality의 box plot을 보여 주는 정도였는데, 요즘은 매우 다양한 수치를 제공한다. 이에 따른 용어도 매우 세련되어졌다. 'per base sequence quality', 'per sequence quality scores', 'per base GC content' 등...
전처리(preprocessing) 프로그램은 de novo assembler나 reference mapping program에 바로 투입할 수 있는 양질의 read를 선별하거나(filtering) 혹은 low-quality/adapter sequence를 제거해 주는(trimming or clipping) 기능을 한다.
내가 가장 먼저 접한 프로그램은 FASTX-Toolkit이다. 설치는 약간 까다로운 편이고(libgtextutils를 미리 설치해야 한다거나), quality encoding을 자동적으로 검출하여 해결해주지 않는다. QC와 관련한 가장 핵심적인 프로그램은 fastx_quality_stat인데, FASTQ file을 입력물로 받아서 텍스트 형태의 리포트를 만든다. 이를 재료로 이용하여 quality box plot을 그리면 된다.
문제는 phred 33으로 인코딩된 최근의 Illumina fastq file을 입력하면 에러가 난다는 것.
$ fastx_quality_stats -i 2962_1.fastq -o report.txt
fastx_quality_stats: Invalid quality score value (char '/' ord 47 quality value -17) on line 4
에혀~ 무진장 느리다. 결과가 나온뒤 게시를 하려 했으나, 성급한 나는 미리 게시부터 한다! -b option 없이 기본 트리밍 조건으로 하면 훨씬 빨리 끝난다. 아무튼 두 개의 paired end sequence file로부터 .trim이라는 확장자가 달린 새로운 파일이 생긴다. 이 파일을 열어 보면 서열의 길이가 제각각이고, 또 어떤 것은 헤더만 남고 염기 서열이 전혀 없는 것도 있다. 이제 LengthSort.pl을 사용하여 일정 길이 이상의 것만 필터링하되, pair가 깨진 것과 그렇지 않은 것을 따로 추려내 보자.
perl LengthSort.pl K-BC_1.fastq.trimmed K-BC_2.fastq.trimmed -l 51
(샘플로 사용한 파일이 바뀌었음을 유의할 것. 이 글을 쓰는 현재 -b option으로 시작한 DynamicTrim이 아직도 끝나지 않았기 때문이다)
결과는? XYZ.trimmed.paired1, XYZ.trimmed.paired2, XYZ.trimmed.single, XYZ.trimmed.discard의 4개 파일이 새로 만들어진다. 설명은 필요가 없을 것이다.
나는 거의 모든 작업을 CLC Genomics Workbench에서 실시하고 있으므로, 어쩌면 공개형 소프트웨어를 일부러 찾아서 시험해 볼 필요성이 별로 없는지도 모르겠다. 그러나 상호 비교를 통해 부족한 점을 찾아내고 각 프로그램의 특성을 이해하는 것도 바람직하다고 생각한다.
QC용 프로그램은 말 그대로 시퀀싱 결과물이 얼마나 양호한지에 대한 그림이나 보고서를 생성해 주는 역할을 한다. 예전에는 염기 서열 위치에 따른 quality의 box plot을 보여 주는 정도였는데, 요즘은 매우 다양한 수치를 제공한다. 이에 따른 용어도 매우 세련되어졌다. 'per base sequence quality', 'per sequence quality scores', 'per base GC content' 등...
전처리(preprocessing) 프로그램은 de novo assembler나 reference mapping program에 바로 투입할 수 있는 양질의 read를 선별하거나(filtering) 혹은 low-quality/adapter sequence를 제거해 주는(trimming or clipping) 기능을 한다.
내가 가장 먼저 접한 프로그램은 FASTX-Toolkit이다. 설치는 약간 까다로운 편이고(libgtextutils를 미리 설치해야 한다거나), quality encoding을 자동적으로 검출하여 해결해주지 않는다. QC와 관련한 가장 핵심적인 프로그램은 fastx_quality_stat인데, FASTQ file을 입력물로 받아서 텍스트 형태의 리포트를 만든다. 이를 재료로 이용하여 quality box plot을 그리면 된다.
문제는 phred 33으로 인코딩된 최근의 Illumina fastq file을 입력하면 에러가 난다는 것.
$ fastx_quality_stats -i 2962_1.fastq -o report.txt
fastx_quality_stats: Invalid quality score value (char '/' ord 47 quality value -17) on line 4
최신 버전인 0.0.13을 기준으로 보면 소스코드(src/libfastx/fastx_args.c)에서 fastq_ascii_quality_offset의 값을 64에서 33으로 수정하면 된다. 하지만 이렇게 하면 phred 64로 인코딩된 옛날 데이터 파일을 다루지 못하게 된다. 구글링을 통해 알아낸 바에 의하면 fastx_quality_stats 실행 시 -Q 33 혹은 -Q 64 옵션으로 quality encoding을 바꿀 수 있다고 한다. 불행한 현실은 이러한 노하우가 매뉴얼에는 나와있지 않다는 것. 최근의 프로그램들은 인코딩을 자동으로 검출해 주는데 말이다.
KOBIC 강좌를 통해 알게 된 첫번째 프로그램은 FastQC이다. 다양한 플롯을 제공하고, 처리 속도도 빠르며, quality encoding도 자동으로 검출해 준다. 단, 전처리 기능은 없는 것으로 보인다.
KOBIC 강좌를 통해 알게 된 두번째 프로그램은 prinseq이다. html file로 매우 훌륭한 리포트를 만들어 준다. 그러나 사전에 설치해야 할 Perl module이 많고, 더욱 치명적인 현실은 실행 속도가 느려도 너무 느리다는 것.
마지막으로 소개할 것은 내가 가끔 사용하고 있고, 또 작년 5-6차 교육에서 내가 미생물유전체해독 강의를 하면서 실습용으로도 사용한 바 있었던 SolexaQA이다(기억을 더듬어 보니 Fastx-Toolkit도 소개했었다). 이 프로그램은 입력 파일을 포맷을 자동으로 인지하며, DynamicTrim.pl과 LengthSort.pl 스크립트를 통해서 트리밍된 서열을 출력하게 된다. 리포트 생성을 하려면 R과 matrix2png가 설치되어 있어야 한다.
그러면 SolexaQA를 활용하여 paired end read의 trimming을 실시하는 예를 들어 보겠다. (SolexaQA의 진정한 가치는 tile에 따른 quality를 보여준다는 것인데, 이는 Illumina 장비를 직접 다루는 사람이 아니라면 크게 관심을 보일 내용이 아니므로 여기에서는 건너뛰기로 한다). 안타깝게도 quality trimming 전략에 대해서는 좋은 자료가 매우 적다. quality score라는 것은 마치 언덕을 올라갔다 내려오듯 nucleotide position에 따라 평탄하게 변하는 것이 아니므로, phred score(or quality value) 얼마를 기준으로 자른다고 쉽게 이야기할 수 있는 것이 아니다. 가장 합리적인 quality trimming 전략은 modified Mott algorithm인데, phred documentation에 실린 글이 거의 원전인 것으로 생각된다. 왜냐하면 이보다 더 오래된 문서를 발견하지 못했으므로.
The modified Mott trimming algorithm, which is used to calculate the trimming information for the '-trim_alt' option and the phd files, uses base error probabilities calculated from the phred quality values. For each base it subtracts the base error probability from an error probability cutoff value (0.05 by default, and changed using the '-trim_cutoff' option) to form the base score. Then it finds the highest scoring segment of the sequence where the segment score is the sum of the segment base scores (the score can have non-negative values only). The algorithm requires a minimum segment length, which is set to 20 bases.
간단히 설명하자면 이러하다. 기준 error(보통 5%, 즉, 0.05)에서 각 염기의 basecalling error를 뺀 뒤 이를 주변부와 더해 나간다. quality가 좋은 영역에서는 error의 합이 주변으로 확장할수록 커지겠지만, quality가 떨어지면 합산한 수치가 점차 줄어든다. 이 값이 최대가 되는 subsequence의 위치를 trimming position으로 삼는다는 것이다. DynamicTrim.pl에서 BWA (-b option) trimming 방법이라고 설명한 것은 바로 이것과 동등한 것이라고 생각된다. 매우 빠른 read aligner인 BWA에서 구현한 trimming algorithm이기에 이렇게 부르는 것 같다.
perl DynamicTrim.pl -b K-BC_1.fastq K-BC_2.fastq
Info: Using default quality cutoff of P = 0.05 (change with -p or -h flag)
Automatic format detection: Sanger FASTQ format
Info: K-BC_1.fastq.trimmed: mean segment length = 96.0, median segment length = 101
Automatic format detection: Sanger FASTQ format
Info: K-BC_2.fastq.trimmed: mean segment length = 94.0, median segment length = 101
Info: K-BC_1.fastq.trimmed: mean segment length = 96.0, median segment length = 101
Automatic format detection: Sanger FASTQ format
Info: K-BC_2.fastq.trimmed: mean segment length = 94.0, median segment length = 101
에혀~ 무진장 느리다. 결과가 나온뒤 게시를 하려 했으나, 성급한 나는 미리 게시부터 한다! -b option 없이 기본 트리밍 조건으로 하면 훨씬 빨리 끝난다. 아무튼 두 개의 paired end sequence file로부터 .trim이라는 확장자가 달린 새로운 파일이 생긴다. 이 파일을 열어 보면 서열의 길이가 제각각이고, 또 어떤 것은 헤더만 남고 염기 서열이 전혀 없는 것도 있다. 이제 LengthSort.pl을 사용하여 일정 길이 이상의 것만 필터링하되, pair가 깨진 것과 그렇지 않은 것을 따로 추려내 보자.
perl LengthSort.pl K-BC_1.fastq.trimmed K-BC_2.fastq.trimmed -l 51
(샘플로 사용한 파일이 바뀌었음을 유의할 것. 이 글을 쓰는 현재 -b option으로 시작한 DynamicTrim이 아직도 끝나지 않았기 때문이다)
결과는? XYZ.trimmed.paired1, XYZ.trimmed.paired2, XYZ.trimmed.single, XYZ.trimmed.discard의 4개 파일이 새로 만들어진다. 설명은 필요가 없을 것이다.
<종합 평가>
- 간편한 QC report의 생성은? FastQC
- FASTQ/FASTA 서열의 다양한 조작을 하려면? Fastx-Toolkit
- Trimming
- 그러나 뭐니뭐니해도 CLC Genomics Workbench만큼 간편하고 빠른 솔루션이 없다. 돈만 있으면... 이것이 진리다! FastQC를 제외하면 나머지 프로그램들은 CPU를 달랑 하나만 사용하여 작업을 한다. 그러다 보니 시간이 매우 오래 걸린다. CLC는 올해 업데이트된 버전에서는 graphical QC reporting 기능이 매우 화려해졌다.
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