챗GPT를 유료로 사용하게 되니 더 많은 일을 시킬 수 있다. 영어로 된 논문도 PDF로 다운로드하여 끌어 넣으면 전체 번역이 된다. 물론 한번에 되지는 않는다.
업로드된 문서의 번역 작업은 상당히 긴 분량과 기술적인 내용을 포함하므로 단계별로 처리해야 합니다. 우선 특정 섹션을 지정해 주시면 해당 부분을 번역해 드리겠습니다. 원하시는 부분(예: 서론, 특정 그룹 설명, 결론 등)을 말씀해 주세요.
유료 플랜에서는 무료에 비해서 더 많은 일을 시킬 수 있고, 작업 이력이 그대로 남아 있기 때문에 나중에 접속해서 과거의 기록을 다시 찾아 보는 것이 가능하다. 이러한 편리함이 얼마나 거대한 '탄소 발자국'을 남기는지에 관해서는 종종 생각해 봐야 한다. 지금 확인해 보니 올렸던 파일을 나중에 다운로드하는 것은 불가능하다. 챗GPT와 대화한 이력을 마치 작업장이나 자료 보관소처럼 사용하는 것은 바람직하지 않음을 명심하자.
파일을 그대로 밀어넣는 것이 가능하므로, 내 컴퓨터에만 있는 민감한 파일을 넣는 것이 문제가 될지도 모른다. 이에 대해서는 직접 물어 보았다. 프롬프트에 밀어넣는 파일이 자동적으로 챗GPT의 학습에도 쓰여서 모델을 개선하게 되는지, 다른 사용자에게 그 파일의 전체, 일부분 또는 요약 정보가 제공될 가능성이 있는지? 이에 대한 대답은 다음과 같다.
아니요, 사용자가 올리는 파일은 ChatGPT의 학습에 사용되지 않습니다. 올려주신 파일은 해당 대화 세션에서만 사용되며, 대화를 종료하면 더 이상 접근하거나 저장되지 않습니다. 또한 사용자가 제공한 정보는 다른 사용자와 공유되지 않습니다.
민감한 정보를 처리할 때는 여전히 주의가 필요하며, 개인정보나 기밀 정보를 올리는 것을 피하는 것이 좋습니다. 추가적인 질문이나 걱정이 있다면 언제든지 말씀해주세요.
추가적인 질문을 통해서 OpenAI는 사용자의 동의 없이 (업로드한) 파일이나 데이터를 학습 목적으로 사용하는 일은 없다고 한다. 일단은 안심을 해도 된다. 그러나 누군가가 OpenAI를 해킹하여 사용자의 대화 목록을 몰래 가져갈 가능성도 있다. 이러한 일이 실제로 벌어지거나, 또는 실제로 벌어지지 않았더라도 이에 대한 우려가 높아지면 국정원에 의해 공공기관은 챗GPT에 접속을 못하게 하는 일이 벌어질지도 모른다. 현재 구글 드라이브나 지메일/네이버 메일에 접속하는 것이 차단되는 것처럼 말이다. 기업에서도 널리 쓰는 서비스를 공공기관은 쓰지 못한다!
클로스트리디움 보툴리눔은 몇 개의 종(species)으로 세분하는 것이 원칙상 옳지만, 여러 사정으로 인하여 여전히 하나의 종으로 묶인 상태이다. 이 문제는 요즘 어떻게 다루어지고 있는지 궁금해서 최신 논문을 찾은 뒤 챗GPT의 힘을 빌려 빠르게 읽어 보았다.
Unintended consequences: Renaming botulinum neurotoxin-producing species of clostridium and related species. Toxicon 224 (2023)
챗GPT가 생성해 준 논문의 요약은 다음과 같다.
해당 논문은 보툴리눔 신경독소를 생산하는 클로스트리디움(Clostridium) 속 세균의 재분류가 가져올 수 있는 예상치 못한 결과를 논의합니다.
클로스트리디움 보툴리눔(Clostridium botulinum)은 보툴리눔 신경독소(Botulinum neurotoxin, BoNT)를 생산하는 그람 양성, 혐기성, 아포 형성 세균입니다. 이 세균은 독소의 혈청형과 대사 특성에 따라 네 개의 그룹으로 나뉘며, 각 그룹은 서로 다른 생리학적 특성을 보입니다. 예를 들어, 그룹 I은 프로테아제 활성이 있으며, 그룹 II는 비프로테아제 활성을 보입니다. 또한, 보툴리눔 신경독소를 생산하지 않는 클로스트리디움 스포로제네스(Clostridium sporogenes)와 같은 종은 보툴리눔 신경독소를 생산하는 균주와 유전적으로 밀접한 관련이 있습니다.
최근의 유전체 분석 연구는 이러한 그룹 간의 유전적 유사성을 밝혀내어, 기존의 분류 체계에 대한 재검토를 촉발했습니다. 일부 연구자들은 보툴리눔 신경독소 생산 여부와 유전적 특성을 기반으로 새로운 종명을 제안하고 있습니다. 예를 들어, 그룹 I과 관련된 균주를 'Clostridium parabotulinum'으로 명명하자는 제안이 있습니다.
그러나 이러한 재분류는 의료 및 공중보건 분야에서 혼란을 초래할 수 있습니다. 특히, 보툴리눔 독소와 관련된 질병의 진단, 치료, 그리고 생물학적 방어 측면에서 명명법의 변화는 혼선을 야기할 수 있습니다. 따라서, 저자들은 보툴리눔 신경독소를 생산하는 클로스트리디움 속 세균의 재분류에 신중을 기할 것을 제안하며, 명명법의 변경이 가져올 수 있는 잠재적인 부작용을 강조하고 있습니다.
저자들은 혼동을 초래하게 되니 재분류하지 말고 그대로 두자고 하였다. 나도 이에 수긍한다. Clostridium botulinum이라는 이름으로 NCBI에 등록된 유전체를 전부 내려받아서(2021년에 작업한 것이 마지막이니 꽤 오래되었다) 분석을 했던 경험으로는 지나치게 95~96%의 ANI를 경계로 해야 한다고 집착했던 것 같다. 그렇게 따지면 15개 가까운 종으로 나누어야 하고, PCOP(percentage of conserved protein)으로 분석하면 genus조차 다른 것으로 나누어야 한다고 생각했었다. 지금은 이 입장을 다소 완화하고 싶다. 저자게 제시한 highlights를 원문 그대로 인용해 본다.
Highlights
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Botulinum neurotoxin-producing clostridia are highly diverse, and their reclassification has been proposed several times.
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Botulinum neurotoxin-producing clostridia could be divided into eleven distinct phylogenetic clades.
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Reclassification of botulinum neurotoxin-producing clostridia will not improve clinical or public health measures.
오늘 소개한 Toxicon 논문에서도 분석에 사용된 균주를 클러스터링하였을 때, 그 내부의 pairwise ANI 평균값은 일반적으로 단일종으로 분류되는 값보다 낮다고 하였다.
ANI나 PCOP와 관련한 최신 동향을 이제는 파악하지 못한다! 마지막으로 제대로 일을 했던 것이 벌써 2~3년 전이니 말이다. Genomicist는 모든 것을 유전체에서 계산된 숫자로 파악하려는 경향이 있다. 이는 미생물의 phenotype을 고려하지 못하는 사려깊지 못함과 때때로 연결되기도 한다.
미생물 유전체 자료를 다운로드하여 나름대로 분석하고 글을 쓰던(꼭 논문이었던 것은 아님) 몇 년 전의 일상으로 다시 돌아갈 수 있을까? 지금은 더 중요하고 큰 일을 하고 있다고 믿는 것이 과연 옳은가?