러닝할 샘플은 많고, MinION Mk1C는 네트워크에 연결하지 않은 상태로 쓰려니 좀 불안한 구석이 있어서 기존의 컴퓨터에 다시 MinKNOW 소프트웨어를 설치해 보기로 하였다. 예전에 잠시 쓰던 맥북, 최근 구입한 Dell XPS 13 등. 최종적으로 선택한 것은 Ubuntu Studio를 설치하여 업무 보조 및 음악 작업용으로 쓰던 X8SAX 데스크탑이었다.
최신 Dell 노트북은 윈도우에 MinKNOW를 설치하려니 흔히 보던 메시지 - 재부팅이 필요하다는 - 의 무한 반복이었고, 우분투 쪽에서는 프로그램 패키지가 꼬여서 잘 되지 않았다. 나노포어 커뮤니티에서는 우분투 16과 18에 대한 설명까지만 존재한다. 이 노트북에는 우분투 20.04가 설치되어서 조금 까다로운가? 그렇다면 우분투 '스튜디오' 20.04가 깔린 X8SAX 데스크탑에 MinKNOW와 Guppy(CPU version)이 잘 설치된 것은 어떻게 이해해야 될까? GUI 데스크탑 환경이 Xfce인 것과 관련이 있을까?
2년 동안 파견 근무를 했던 기업에서는 우분투에서 MinKNOW를 설치하고 돌리는데 네트워크 보안을 해제하느라 애를 먹었던 기억이 난다. 이번에는 이와 관련한 문제가 발생하지는 않았다. 문제가 생겼던 원인을 이제는 더 많이 이해하고 있다고 생각하지만 완벽한 상태는 아니다. SSL 가시화 장비가 제공하는 SSL 인증서를 system-wide하게 설치하는 것이 해결책인 것으로 안다.
주말을 기하여 48시간 러닝으로 세팅하였으므로 월요일이면 시퀀싱 결과를 알 수 있을 것이다.
댓글 2개:
항상 bioinformatics 관련 검색할 때 자주 이용하는 블로그에 인사 남깁니다.
연구를 진행하고 있는 대학원생입니다.
몇가지 질문사항이 있는데 그 전에 약간의 제 현 상황을 알려드리고합니다.
Human cell을 갖고 bulk RNA seq을 많지는 않지만 몇차례 진행하였고 raw data를 processing하는 것에는 슬슬 손에 익고 있습니다.
기기가 있는 것이 아니라 항상 업체를 통해 library 제작 및 sequencing을 진행하는 데 가격과 시간이 많이 부담스럽습니다.
이번 포스팅을 보니 nanopore 또한 이용하시는 것 알게되었습니다.
Nanopore를 이용하는 것은 보통 long read를 읽기 위함으로 알고있습니다.
이를 통해 isoform 및 splicing 연구에 많이 쓰이기도 하는 걸로 알고 있구요.
물론 oxford nanopore 홈페이지에서 transcriptome 비교 분석을 위해 쓸 수 있다고 하나 아직 high profile journal들의 데이터에서 nanopore를 이용한 transcriptome 분석 데이터는 보지 못한 것 같습니다.
실례가 안된다면 MinION 세팅 및 구동할 때의 가격이 업체를 통해 illumina platform을 이용하는 가격보다 저렴한지 알 수 있을까요?
또한 60~85%의 raw read accuracy 밖에 안되는 부분이 나중 align 작업에 많은 영향을 끼칠까요? 물론 error를 갖고 align하는 데는 전혀 문제가 없을것 같습니다만 STAR나 kalisto salmon과 같은 pseudo-align에서 error를 안고 align하는지 궁금합니다.
항상 좋은 포스팅 감사드립니다.
피파님께
제 블로그에 관심을 가져 주셔서 감사합니다. 저희 연구팀에서는 미생물 유전체의 해독에만 MinION을 이용하고 있습니다. 일루미나와 비교했을 때 비용이 얼마나 저렴한가는 쉽게 판별하기가 어렵습니다. 구입하는 flow cell의 수에 따라서 가격이 차이가 심하고(많이 사면 싸다는 것은 진리입니다), 이를 구동하는 하드웨어도 몇 가지가 되기 때문입니다. 따라서 정확한 가격 견적은 제이씨바이오를 통해 알아보시는 것이 좋겠습니다. 단, throughput을 콘트롤하기가 쉽지 않은 점을 고려하셔야 합니다. 정량적인 분석에서는 약간 약점이 될 수도 있겠습니다.
Nanopore 기술의 또 다른 강점은 RNA를 cDNA로 전환하지 않고 직접 시퀀싱할 수 있다는 것입니다(저희 연구팀에서 써 보지는 않았습니다).
https://store.nanoporetech.com/direct-rna-sequencing-kit.html
비록 에러가 높지만 변이 발굴이 아니라 transcript abundance를 측정하기 위한 것이라면 nanopore가 좋은 대안이 될 수 있습니다. 저의 TNA-seq analysis 경험은 일루미나를 이용한 tophat-cufflinks 수준에 머물러 있습니다 :) STAR라든가 kallisto/salmon은 오늘 처음 들었습니다. 오히려 감사합니다^^
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