Conda의 업데이트를 시도하다가 다음과 같은 에러를 만났다.
$ conda update conda Collecting package metadata (repodata.json): failed CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/repodata.json> Elapsed: - An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL. HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way. u'https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64'
워낙 잘 알려진 에러라서 네이버나 구글을 치면 해결책이 나온다. '.condarc' 파일에 'ssl_verify" false'라고 한 줄만 써 넣으면 된다고 한다. 그런데... 위 화면에 나온 메시지는 이미 .condarc를 수정한 다음의 상태이다. OpenSSL을 써서 해당 사이트에 대한 CA bundle을 만들어서 공급해 보기도 하였으나 역시 마찬가지였다.
흠, 나의 CentOS 환경(항상 최신으로 업데이트를 해 왔지만)이 어딘가 꼬였단 말인가.
같은 전산망에 묶여 있는 다른 서버에서 이 문제가 재현되는지를 알아보기로 하였다. 이 서버에는 우분투 20.04가 설치된 상태이다. Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh를 다운로드하여 설치를 시작하였다. 아무런 문제가 없다. Conda base environment에 진입하여 'conda update conda'를 실행하였다. 역시 아무런 문제가 없다.
이번에는 의존성이 과도한 편에 속하는 응용프로그램인 tormes-1.2.1 환경을 설치해 보았다. 아무런 문제가 없다. QUAST 관련 DB와 utility를 설치하는 스크립트인 quast-download-gridss, quast-download-silva, quast-download-busco를 실행할 때에는 https:// 아래에 있는 일부 파일을 가져오지 못하는 문제가 있었다. 이것은 'wget --no-check-certificate'로 간단히 해결하였다. 설치 마지막 과정에서는 'tormes-setup'을 실행해야 하는데 이게 순탄하지는 않았다. 그 과정은 조금 시간을 두고 정리하고자 한다. 왜냐하면 raw sequencing read가 없이 오직 genome assembly만을 사용하여 tormes를 실행하면 결과가 좀 이상하게 나오기 때문이다. 분명히 4 개의 genome을 투입했는데 결과는 2 개만 나오고 있다. 개발자 사이트 쪽에서 실제 작동하는 샘플 파일을 메타데이터 파일과 같이 제공하면 참 좋을 것이다.
2021년 4월 28일 업데이트
$ echo quit | openssl s_client -showcerts -servername "cran.rstudio.com" -connect cran.rstudio.com:443 > cran.rstudio.com.ca-bundle depth=1 C = KR, O = SOOSAN INT, CN = ePrism SSL verify error:num=19:self signed certificate in certificate chain verify return:1 depth=1 C = KR, O = SOOSAN INT, CN = ePrism SSL verify return:1 depth=0 CN = cran.rstudio.com verify return:1 DONE $ echo quit | openssl s_client -showcerts -servername "bioconductor.org" -connect bioconductor.org:443 > bioconductor.org.ca-bundle depth=2 C = US, ST = Arizona, L = Scottsdale, O = "GoDaddy.com, Inc.", CN = Go Daddy Root Certificate Authority - G2 verify return:1 depth=1 C = US, ST = Arizona, L = Scottsdale, O = "GoDaddy.com, Inc.", OU = http://certs.godaddy.com/repository/, CN = Go Daddy Secure Certificate Authority - G2 verify return:1 depth=0 OU = Domain Control Validated, CN = *.bioconductor.org verify return:1 DONE $ cat cran.rstudio.com.ca-bundle bioconductor.org.ca-bundle > test.ca-bundle $ cp test.ca-bundle ~/.cert
$ cat ~/.Renviron CURL_CA_BUNDLE=.cert/test.ca-bundle
$ cat R_package_install.sh export TORMESDIR=/home/hyjeong/anaconda3/envs/tormes-1.2.1/bin export R_LIBS=$TORMESDIR/../lib/R/library/ Rscript -e 'library(BiocManager); BiocManager::install(version = "3.10", ask = FALSE, lib.loc="$TORMESDIR/../lib/R/library/")' Rscript -e 'library(BiocManager); BiocManager::install("ggtree", ask = FALSE, lib.loc="$TORMESDIR/../lib/R/library/")' Rscript -e 'library(BiocManager); BiocManager::install("treeio", ask = FALSE, lib.loc="$TORMESDIR/../lib/R/library/")'
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