2022년 새해 두 번째 MinION Mk1B 시퀀싱 성공 - Guppy v6을 따로 설치하지 말고 MinKNOW에 포함된 것을 쓸 것!

생물자원센터(KCTC)에 근무하는 연구원께서 정확하게 문제를 짚어 주었다. MinKNOW와 같이 설치되는 guppy를 써야만 한다. 만약 다른 컴퓨터에서 guppy만을 따로 돌릴 것이라면 그렇게 해도 상관이 없을 것이다.

수백, 수천의 코어를 가진 컴퓨터를 곁에 두고 있지 않다면, 어떻게 해서든 Mk1C를 정상화 궤도에 올려서 시퀀싱과 동시에 high accuracy basecalling을 하는 것이 좋을 것이다. 아래 그림(MinION Mk1C user manual version MKC_2005_v1_revQ_27Nov2019 1쪽에서 발췌)에서 보인 256 core GPU라는 것이 바로 CUDA core라는 이름으로 표현되는 것과 동일한 것인가? 이 분야를 잘 모르니 답답할 따름이다. 회사에서 파견 근무를 하면서 나노포어 시퀀싱 용도로 맞추었던 컴퓨터에는 GeForce 1660 Ti 그래픽스 카드(1536 CUDA core, 6GB)가 장착되어 있었는데, 단순 계산으로 이것이 Mk1C보다 6배(1536/256) 많은 코어를 갖고 있는 것인가? 잘 모르겠다... 채굴 광풍이 불어서 그래픽스 카드를 구하기가 어려우니 참 별난 세상을 살고 있다. 

MinION Mk1C의 하드웨어.