작년 여름(혹은 가을 무렵)에 우분투 18 기반의 데스크탑 컴퓨터에서 마지막 시퀀싱을 한 뒤 바로 어제, guppy를 최신 버전(6.x)으로 업데이트한 뒤 2022년 첫 시퀀싱을 실시하였다. 하드웨어와 flow cell 체크까지 마친 뒤 라이브러리를 로딩하고 시퀀싱을 개시하는 순간, 러닝에 실패하였으니 'contact support'하라는 메시지와 함께 중단되었다. 무엇이 잘못되었다는 메시지는 전혀 나오지 않았다.
두 대의 컴퓨터를 번갈아 가면서 계속 재시도를 해 보았지만 결과는 같았다.
부랴부랴 다른 연구팀의 MinION Mk1C(Mk1B 아님)를 빌려다가 flow cell을 갈아 끼우고 러닝을 재개하였다. 우리 연구팀에서 갖고 있던 Mk1C는 고장이 나서 수리를 의뢰한지 꽤 되었다.
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| 열심히 근무 중인 MinION Mk1C. |
일반 컴퓨터에서 MinION Mk1B를 구동하면서 방화벽 설정 등으로 인해 꽤 애를 먹었다. 지난 2년 동안 회사에서 파견 근무를 할 때에는 전산팀과 실제 이를 관리하는 외부 협력업체를 두 단계를 거쳐 연락하면서 MinION을 연결한 컴퓨터에 대한 모든 네트워크 관련 보안을 풀어달라고 하였었는데, 사실 이는 그렇게 바람직한 상황은 아니다.
MinION Mk1B IT requirement(PDF file)
이 문서에서 요구하는 네트워크 접근 권한을 다시 한번 알아보자.
- HTTPS/port 443 TCP access to AWS-eu-west-1 IP ranges. 이것은 Telemetry feedback와 EPI2ME 분석을 위한 것이다. 근무지에서는 외부 상용 클라우드 접속이 불가하다. Telemetry와 EPI2ME는 쓰지 않으니 이를 활성화하지 않아도 상관이 없지 않을까?
- HTTPS/port 443 and HTTP/port 80 for software update (178.79.175.200과 96.126.99.215에 접속이 가능해야 함). 이것 역시 마음에 들지 않는 상황이다. Flow cell의 pore 수 체크까지 다 마친다음에 소프트웨어 업데이트를 확인하지 못하여 시퀀싱을 개시하자마자 멈춘다는 것은 이해가 가지 않는다.
위의 두 요구 사항을 충족하기 위해 특별히 한 일은 아직 없다. 이러한 상태에서 작년에는 분명히 성공적인 러닝을 했었다는 점이 중요하다. 그 후에 연구소의 네트워크 보안 정책이 강화되었는지는 알 수 없다.
Telemetry는 말 그대로 원격 측정을 뜻한다. 이 문서에 따르면, "원격 측정(telemetry) 정보는 실험 성능을 모니터링하고 문제 해결 사례를 지원하기 위해 이용 약관에 따라 MinKNOW 시퀀싱 실행에 의해 수집됩니다. 이 정보 중 일부는 자유 형식 텍스트 입력 필드에서 가져오기 때문에 개인 식별 정보를 포함해서는 안 됩니다. 시퀀스 데이터는 수집되지 않습니다."라고 하였다. Telemetry를 위해서는 아마존 AWS-eu-west-1 리전에 있는 IP 주소에 접근 가능해야 되는데, 이는 여기에 나온다. 실제 IP 주소 대역 정보는 별도의 json 파일에 수록되어 있는데, eu-west-1에 해당하는 라인은 무려 822개이다.
만약 어제의 실패가 IT requirement에서 요구하는 외부 네트워크 접근 차단에 의한 것이 맞다면, 전산 보안 관리자에게 이를 전부 풀어달라고 해야 되는데 이것 역시 여간 성가신 일이 아닐 것이다. 아마 컴퓨터와 MinION Mk1B를 집에 들고 가서 시퀀싱을 하면 될 것만 같다. 흠, 그러면 고정자산 무단 반출에 해당한다.
컴퓨터 설정이 너무 번거로워서 인터넷에 물리지 않고도 작동 가능한 MkIC를 갖추게 된 것인데, 하필이면 고장이 날 것이 뭐람?
여기까지 쓴 뒤 '게시' 버튼을 클릭하는 것을 깜빡 잊고서 연구소의 다른 MinION 사용자와 의견을 주고받았다. 연구소의 방화벽 정책은 outbound에 대해서는 허용을 하므로 외부 서버와의 접속 차단 문제는 아닌 것 같고, 대신 Guppy의 최신 버전이 Mk1B용 MinKNOW software와 호환이 되지 않을 수도 있다는 힌트를 얻었다. Guppy v6 릴리즈와 관련한 공식 문서(링크 - Nanopore community 로그인 필요)에서 이를 명시적으로 나타내지는 않았지만, 여기에 이어지는 질문과 답을 보니 나와 비슷한 문제에 직면한 사람들이 있었고, 이에 대하여 MinKNOW(Mk1B 구동용)는 자체 포함된 guppy하고만 호환이 된다는 글이 달려 있었다. 이 문제는 다음번 버전의 MinKNOW가 나올 때 해결이 될 것이라는 뜻이다.
Bacillus velezensis GB03의 유전체 염기서열을 등록하여 공개하고 보니 오타가 보인다(링크). 아니 이런... Sequencing technology: Oxford Nanopore MiniION이라니... 이 유전체 정보는 2년 전에 제출하고 공개를 기다리던 것인데 무슨 이유인지 NCBI에서 처리를 해 주지 않았다. 신년이 되어 이메일로 공개를 촉구하였더니 즉시 반영이 되었다.
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