Tannerella forsynthia라는 생소한 이름의 미생물을 조사하다가 균주 자원 은행으로 잘 알려진 미국의 ATCC(American Type Culture Collection)에서 표준 균주(type strain)의 유전체 염기서열 자료를 제공하기 시작했다는 것을 알게 되었다. 웹 사이트의 이름은 ATCC Genome Portal이다. 유전체 정보는 으레 NCBI에서 검색하여 다운로드하는 것으로만 알고 있었는데, 결국 균주 자원 은행에서 이런 일을 하게 되다니 놀랍기만 하다. Technical document는 여기에서 열람할 수 있다.
모든 유전체 서열 정보가 NCBI에만 존재하는 것은 아니다. 요즘은 어떤지 모르겠으나 JGI의 IMG/M(Integrated Microbial Genomes and Microbiomes)에 로그인해야만 받을 수 있는 것들도 있었으니 말이다.
과거 연구가 덜 된 type strain 위주로 시퀀싱을 했던 GEBA(Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea)라는 프로젝트도 있었다. 지금은 phase III을 진행 중이라고 한다.
오늘 날짜 기준으로 ATCC Genome Portal에 'publish'된 유전체의 수는 858개이다. Short & long read를 이용한 표준적인 방법으로 표준 균주에 대한 유전체 정보를 생산하여 엄격한 QC를 통과한 것을 서비스하고 있으니 그 신뢰성이야 말해서 무엇하랴. 계정을 생성하기만 하면 쉽게 유전체 정보를 받을 수 있고, commercial email 주소를 쓰는 것을 제한하지도 않는다.
ATCC Genome Portal은 2019년 10월에 250개의 유전체를 가지고 시작했다는 뉴스 기사가 보인다.
ATCC launches first portal of whole-genome sequences based on authenticated biological standards
우리나라의 중추적 생물자원센터인 KCTC에서도 이러한 추세에 보조를 맞추어 나가야 할 것이다.
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