[EzBioCloud] 내가 등록한 Bacillus velezensis 표준 균주의 유전체는 어떤 상태인가?

KCTC 13012는 Bacillus velezensis의 표준 균주이다. StrainInfo에 의하면 다른 culture collection에서는 B-41569, CR-502, NRRL B-41580이라는 균주 번호로 불린다.

잠깐! 현재 KCTC 웹사이트에서는 KCTC 13012 균주가 검색되지 않는다. 어디로 갔나?

이 균주를 분양받아서 유전체 시퀀싱을 한 간단한 논문을 2015년에 발표하였고(PubMed) NCBI에도 잘 등록된 상태이다(GCF_001267695.1). 당시에는 KCTC가 제공한 정보에 근거하여 Bacillus amyliliquefaciens로 BioProject와 BioSample을 등록했었다. 이 기록은 현재도 남아있지만 NCBI에서 현재 통용되는 유전체명은 Bacillus velezensis이다. 큐레이터들이 수고를 많이 하였다.

이 균주가 type material에서 유래했음은 assembly_summary.txt 파일에 명시된 상태이다. 그러면 EzBioCloud에서도 이러한 자격을 여전히 유지하고 있는가?

안타깝게도 그렇지 못하다. 그러면 어느 균주의 유전체 정보가 type의 자격을 획득하고 있는가?

Bacillus velezensis라는 종명 아래에 등록된 133개 스트레인의 유전체 중 NRRL B-41580의 것이다. 이것이 KCTC 13012와 같은 것이지만 '(type)' 표지는 복수의 균주에게 주어지지 않았다. 아마도 assembly 수준이 조금 더 나은 것 하나를 선정하여 표시한 것이 아닐까 한다.

물론 NCBI의 assembly_summary.txt 파일에서는 두 유전체 정보 모두에서 assembly from type material이라는 꼬리표를 붙여 놓았다. 헤아려보니 모두 일곱 가지나 된다. 여러 culture collection에 기탁된 동일 type strain에 대하여 이렇게 제각각 유전체 해독을 한 결과를 등록하게 되니 NCBI에서도 이를 체계적으로 집계하기 위해 많은 고민을 할 것이고, EzBioCloud 역시 마찬가지일 것이다.

서로 다른 culture collection에서 유지된 type strain의 유전체 시퀀싱 결과를 정밀 비교하면 어떤 결과를 얻을 수 있을까? 라벨을 잘못 붙이는 등의 균주 관리에 따른 실수만 없었다면 제한된 폭의 변이가 존재할 것이고, 이를 연구해 보는 것도 흥미로운 일이 되리라 생각한다.

간혹 culture collection에서 균주를 분양받아서 유전체 해독을 해 보면 애초에 표기된 것과 전혀 다른 균주가 나오는 일이 있다. 품질관리에 좀 더 신경을 써야 할 것이다.