Goodbye genome paper, hello genome report

이것은 2016년 6월 23일에 Brief Funct Genomics라는 학술지에 실린 리뷰의 제목 일부이다. 저자는 David Roy Smith.

Goodbye genome paper, hello genome report: the increasing popularity of 'genome announcements' and their impact on science. PMID: 27339634

인간 게놈 프로젝트가 가져다준 기술 혁신, 이어서 차세대 유전체 염기서열해독기술(NGS)의 등장으로 유전체 시퀀싱 데이터가 그야말로 쏟아지는 세상이 되었다. 이제는 유전체 시퀀싱 결과를 논문에 싣기도 어려운 상황이다. 그래서 500-1500 영단어 수준의 짧은 '논문'을 출판하는 것이 유행이 되었다. Peer review는 있기도 하고 없기도 하다. 기본적인 서열 데이터는 DDBJ/ENA/GenBank에 등록이 되지만, 연구의 목적이나 실험 방법 및 복잡한 유전체 구조를 다루려면 문서화된 정보, 즉 논문이 필요하다. Accession number 말고도 인용 가능한 문헌 자료가 필요하다는 뜻이다. 문제는 너무나 많은 사람이 너무나 쉽게 이런 일을 하게 되었다는 것이다. 그래서 announcement(발표 또는 공고 정도로 번역하자)류의 저널이 어쨌든 필요하게 되었고 또 인기를 끈다.

David R. Smith는 이에 대해서 몇 가지의 문제점과 대안을 다음과 같이 논하였다.

• 게재료가 너무 비싸다. $1-2/word라는 출판 비용은 이제 염기서열당 시퀀싱 비용을 훨씬 상회하고 있다.
• Peer review를 거치지 않는 것도 많다. 따라서 announcement류의 논문은 취업용(혹은 이직용) 이력서를 장식하거나 연구신청서를 쓰는데 도움이 되는 업적으로 취급받지는 못한다.
• Peer review가 꼭 필요한 것이 아니라면 open preprint server를 쓰는 것도 고려해봄직하다. 이에 대해서는 내 블로그에 두 건의 글을 올린 적이 있다(생명과학 분야의 프리프린트 학술지, 처음으로 bioRxiv에 논문을 제출하다).

연구 환경의 변화가 기술 혁신 및 상업주의와 적절히 어우려저 현재와 같은 상황이 되었다고 보는 것이 맞을 것이다. 확실하게 말할 수 있는 것은 시퀀싱은 이제 대단히 규모가 큰 시장이 되었다는 것인데, 그 성과물의 학술적 가치는 예전과는 매우 달리 낮아진 것이 현실이다. 앞으로 어떤 돌파구가 생길지는 아무도 모른다. 최소한 기술이 부족해서 하고 싶은 일을 하지 못하는 세상은 아니다. 그럼에도 불구하여 여전히 새로운 기술은 눈길을 끈다. 이번달 말에 Oxford Nanopore의 관계자가 방한하여 기술 세미나를 하게 되었다. Illumina와 PacBio의 기술도 따라잡기가 쉽지 않았는데 여기에 Nanopore까지 공부를 하지 않을 수없는 상황이 되고 말았다. 

참으로 빠르게 변하는 세상이다.