Consed가 좋은 점은...

디지털 카메라 시대에 웬 미놀타 X-700 같은 소리를 하는지 모르겠다. SACD, FLAC(단 한번도 구입해 보거나 들어보지 않았음) 시대에 왠 카세트 테이프 같은 소리인가?

그래도 Sanger sequencing data를 다룰 때 consed만큼 직관적이고도 편리한 도구가 없다. 비록 대용량의 NGS data를 다루기에 적합하지는 않지만(기능이 계속 추가되어 아예 불가능한 것은 아니다), 개별 read 위를 마우스로 긁어서 염기서열을 아주 쉽게 복사할 수 있으니. CLC Genomics Workbench에서는 contig 혹은 reference 서열 위에서는 가능하지만, read 레벨에서는 되지 않는다.

요즘 대장균 RR1의 유전체 서열 수정 작업을 진행 중이다. 오늘 받은 몇 개의 Sanger read를 어디에서 작업할까 잠시 고민하다가 역시 일하는 손맛이 있는 consed를 택했다. CLC Genomics Workbench에서는 아직 Sanger read를 다루는 일을 한번도 해보질 않았다.

그렇다. Consed는 시퀀싱 업계의 Leica M6와 같은 위치에 있는 도구인 것이다. Version 28.0(141216) 이후로 새로운 판이 나왔는지 아직 확인해보지 않았다.

Current Consed Features

스피커 유닛 교체는 결국 큰 성과를 내지 못하고...

자작 스피커 시스템의 유닛을 좀 더 큰 것으로 바꾼 이야기(링크)... 결말은 슬프게 끝난다.

거실의 오디오 앰프에 물렸을 때에는 조금 더 나아진 소리를 낸다고 믿었었는데, 막상 방으로 가져와서 나의 주력 오디오 기기인 진공관 초삼결 앰프에 물리니 여전히 빈약한 소리가 난다. 결국 스피커 '통'의 설계 미스인 것일까, 아니면 너무 저가형 유닛을 쓴 것이 문제일까.

이런 결론이 나올 가능성이 있어서 일부러 싼 유닛을 골라서 작업을 해 본 다음, 그래도 개선이 없으면 이제는 더 이상 스피커 시스템 자체의 자작을 접을 생각을 했었다. 몇 번 경험도 해 보지 않은 채로 중도에 그만 둔다니 부끄러운 마음이 들기도 한다. 유닛 구입 비용이 별로 들지 않았다는 점으로 자위해도 소용이 없는 것이, 구멍을 넗히느라 톱질을 하다가 허리와 손목의 상태가 너무 안좋아져서 병원을 며칠간 다녀야만 했다. 생각해보면 돈이 더 많이 들어간 셈이다.

다시 인켈 SH-950 스피커가 진공관 앰프와 짝을 맺었다. 다시 귀를 기울여 들어보니 그렇게 빈약하지도 않다. 오늘부터 알리익스프레스에서 구입한 부품들이 입수되는 중이니 앰프나 조금씩 고쳐나가야 되겠다.

그래도 스피커에 욕심이 생긴다면? 그때는 완성품을 구입해 보련다. 고려 대상은 Klipsch의 레퍼런스 시리즈 R-14M 혹은 R-15M, 아니면 엘탁스의 모니터 시리즈.

중국제 Nobsound 브랜드의 2-way 스피커들도 관심 대상이다. 이 물건들은 Qoo10 또는 ELS Korea 등지에서 비교적 좋은 조건으로 직구가 가능하다. 고려 대상 모델은 NS1900, NS2000, 또는 VF301 등이다.

10월 27일 대전시립교향악단 연주회 관람 후기

직장이 대전문화예술의전당 법인회원이라서 공연 관람 기회가 주어질 때마다 거의 거르지 않고 아내와 같이 참석을 한다. 생활 주변에서 누리는 작은 사치라고나 할까? 이제는 악장을 비롯하여 대전시향 멤버들의 얼굴이 익숙해질 수준이 되었다. 예를 들어 어제 접한 김필균 악장은 평소와 달리 약간은 차분한 헤어스타일이었다. 어제(2016년 10월 27일)에는 첼리스트 양성원의 엘가 첼로 협주곡과 말러의 교향곡 1번 <거인>의 연주회가 있었다.

연주회를 기다리면서 대전문화예술의전당 내에 있는 음반점에서 CD를 하나씩 구입하고는 한다. 이번에는 그냥 눈 앞에 보이는 앨범 를 골랐다. 잘 모르던 재즈 피아니스트 곽윤찬의 2005년도 앨범이다. 한국인 최초의 블루노트 레이블 소속이 되기도 한 저명한 중견 연주자를 아직도 모르고 있었다니... 피아니스트 송영주와 드러머 하비 메이슨(포플레이의 멤버로 잘 알려진)의 앨범을 하나씩 사서 들으면서 피아노와 어쿠스틱 베이스, 그리고 드럼으로 이루어진 재즈 트리오의 '미니멀'한 연주에 관심을 가지고 있었다.

연주회 평을 세심하게 할 수준은 못된다. 악기 편성도 평소보다 훨씬 많았지만, 좌우 배치가 뒤바뀌어서 더욱 신기했다. 항상 왼쪽에 있던 하프가 오른쪽에, 항상 왼쪽에 있던 첼로와 콘트라베이스가 오른쪽에! 팀파니 주자도 두명이나! 곡 자체가 대편성을 요구하는 것이라 그랬던 것 같다.

대전문화예술의전당에서 직접 만난 첼리스트 중 기억에 남는 사람은 송영훈, 이상 앤더스, 그리고 이번의 양성원이다. 엘가의 첼로 협주곡 e minor는 처음 듣는 곡이었는데, 장중함과 기교가 넘치는 카리스마를 보여주었다고 할까? 흔히 보는 연주회용 복장이 아니라 마치 두루마기를 연상시키는 연보라빛 겉옷을 연주 중간에 훌쩍! 뒤로 넘기는 모습이 멋있었다. 이 연주자가 보케리니의 첼로 협주곡을 연주한다면 어떤 해석을 할지 궁금하다.

날씨가 차가와져서인지 기침을 하는 관객이 너무나 많아서 다소 산만한 분위기였는데, 악단쪽에서도 예기치 않은 소리(악기를 내려놓으면서 부딛히는듯한)가 많이 나서 좀 아쉬웠다. 말러의 교향곡 1악장이 시작되고 얼마 되지 않아서 연주가 한참 진행 중인데 관악기 주자 너댓명이 발소리를 내면서 자리로 들어와 앉아서 정말 의아하게 생각했다. 이런 것이 악보에 표시되었을리는 없고... 합창이 포함된 관현악의 경우 악장과 악장 사이에 합창단이 입장하는 것을 본 일은 있지만 말이다. 워낙 유명하고 나에게도 익숙한 곡이라서 집중해서 듣기는 했지만, 연주도 어딘가 모르게 약~간은 산만하게 느껴져서 아쉬웠다. 단, 4악장 끝날 무렵에 호른 주자들이 일제히 일어나서 연주를 하는 것이 매우 이채로왔다. 이것도 악보에 표시가 된 것일까? 대전시립교향악단 여러분! 어제 너무 고생 많으셨는데 칭찬 일색으로 글을 쓰지 못해 미안합니다! 그래도 레퍼토리가 너무 좋아서 정말 즐거운 관람이었어요.. 늘 힘찬 박수로 응원합니다.

만약 스피커를 하나 또 만들게 된다면?

주말에 유닛 교체 작업을 하면서 육체적으로 많은 무리를 해서 오늘 출근 전에 한의원 신세를 져야만 했다. 원래 고질적인 문제가 있던 부분이 좋지 않은 자세로 목공 작업을 하면서 다시 드러난 것이다. 원래 일년에 한번 정도의 빈도로 문제를 일으키던 곳이니 그냥 그러려니 한다.

6.5인치 구내 방송용 유닛인 삼미 HA-165B60(이것이 과연 음악 감상에 적합할까? 실용주의자에게는 큰 문제가 되지 않는다)이 아직 에이징도 되기 전에 머릿속은 다음번의 자작을 기획하기 시작하였다. 만약 멀지 않은 미래에 이를 실현하게 된다면, 이번의 교체 작업을 통해 여분으로 남게된 다음의 두 가지 유닛을 사용하게 될지는 아직 미지수이다. 위의 것은 예전에 엘렉혼에서 팔던 저가형 트위터이고, 아래는 Toptone의 풀레인지 유닛인 F120U73-3이다.

하드보드지로 인클로저를 만들었던 경험까지 포함한다면 지금까지 2년 동안 총 세번의 스피커 자작을 한 셈이다. 인클로저를 고쳐서 스피커 유닛을 바꾼 것은 제외하자. 그렇다면 언젠가 착수하게 될 네번째의 스피커 자작에서는 조금 더 좋은 유닛을 쓰고 싶다. 그렇게 된다면 위의 사진에서 보인 스피커 두 조는 자작 커뮤니티에 적절한 수준에서 양도하는 것이 좋을 것이다.

평소에 사운드포럼의 3-4인치급 풀레인지 성향의 4만원 이하 유닛들을 눈여겨보고는 한다. 왜 계속 풀레인지인가? 일종의 환상이 아닐까? 그저 만들기 쉽다는 점에 이끌린다는 것이 솔직한 고백이다. 청취 환경은 책상 위를 지향한다.

스피커를 5인치에서 6.5인치(삼미 HA-165B60)로 바꾸다

약 1년 반 동안 사용한 Toptone F120U73-3 스피커 유닛에 이제 작별을 고하게 되었다. 그동안 정말 수고가 많았다! 아직 이것을 어떻게 활용할 것인지는 결정하지 못하였다.

외형 치수 300 x 200 x 200 mm 짜리 인클로저(12T MDF)에 5인치급 유닛은 너무 작다는 것이 내가 내린 결론이었다. 내부에 나무토막을 채워서 용적을 줄여 보았으나 별 효과가 없었다. 이 통에 어울리는 적당한 가격의 유닛은 무엇일까? 차량용 동축 스피커? 차량용 콤포넌트 스피커?(우퍼와 트위터 한 조를 이렇게들 부른다) 하지만 쓸만한 차량용 스피커 유닛 세트도 몇 만원은 주어야 한다. 

'그래, 싼 물건을 써 보자!'

서울 출장 길에 장사동 아세아전자상가의 삼미전자 대리점에 들러서 6.5인치 유닛인 HA-165B60을 한 조 구입하였다. 다나와 최저가격은 5,500원이다. 대리점에 직접 가면 이보다 조금은 더 싸게 살 수 있다. 원래의 용도는 게임기, 앰프, 방송용 등으로 가정용 오디오 스피커로 쓸만한 물건은 아니다. 포터블 카세트 라디오에 들어갈 수도 있겠으나 그러기에는 직경이 너무 크다. 대표적인 특성은 정격 출력 10 와트, 재생 대역 100-16 Hz, sensitivity 88 dB SPL이다. 말하자면 이런 제품에 널리 쓰이는 유닛이다.

잠시 진공관 앰프에 물려서 소리를 들어보았다. 고급스럽지는 않지만 시원하게 소리가 난다.

기존에 사용하던 12T MDF 통에는 직경 107mm의 구멍이 뚫려있다. 이것을 145mm까지 넓혀야 한다. 구멍 크기가 작아서 실톱대는 들어가지를 않으니 쥐꼬리톱이 적당하다고 판단하여 철물점에서 3천원짜리 중국제 쥐꼬리톱을 하나 구입해 돌아왔다. 국산을 쓰고 싶었지만 가격이...

종이에 직경 145mm의 원을 그리고 칼로 도려낸 다음 인클로저 위에 놓고 네임펜으로 잘라낼 위치를 표시하였다.

톱질은 언제나 어렵다. 요즘 오른손목이 좋지 않은데 톱질까지 하다니... 첫번째 구멍을 뚫고 나니 요령이 좀 생겨서 두번째는 훨씬 수월하였다. 최종 마무리는 조각도와 사포를 이용하였다. 똑바른 원이 만들어지리라고는 애초에 기대하지 않았다. 만약 MDF판이 아니라 자작나무 합판이었더라면 얼마나 톱질이 힘들었을까?

작업을 밤 늦게 시작하는 바람에 나머지 구멍의 가공은 다음날 아침에 마쳤다. 선을 납땜한 뒤 바깥쪽에서 유닛을 장착했다. 40와트짜리 인두를 콘센트에서 빼지도 않은 상태에서 다 식은줄로만 알고 손으로 잡아서 화상까지 입었다.

흠... 이제야 통 크기와 스피커 유닛 크기가 잘 어울린다. 작업이 끝났으니 소리를 들어보자.

튜닝이 완료된 양산품 스피커 시스템과 비교한다면 당연히 밀도감은 떨어진다. 풀레인지로서의 한계도 당연히 남아있다(요즘 인터넷에서 자작용으로 팔리는 저가형 유닛에 '풀레인지'라는 말이 지나치게 남용된다. 휴대용 라디오에 손바닥만한 스피커 유닛이 하나 박혀있다고 해서 그것을 풀레인지라고 할 수는 없지 않은가? 그렇게 따지면 아파트 세대용 방송 스피커도 풀레인지라고 불러야 할 것이다. 사실 HA-165B60도 전문 음악재생용 유닛은 아니니 풀레인지 스피커라는 말은 어울리지 않는다). 약간 라디오스런 느낌이 없는 것은 아니나(실제로 에이징을 겸하여 튜너를 듣는 중) 이만한 가격에 만족할만한 소리는 난다. 오히려 통이 너무 고급인지도 모르겠다. 

자작에 대한 욕심은 항상 있지만, 앞선 두번의 경험이 전부 만족스럽지 않았기에 새로운 시도를 하기가 상당히 부담스럽다. 풀레인지에 대해 지나치게 큰 기대를 하는 것도 옳은 것 같지는 않다. 

스피커, 팔고 또 사고..

작년에 실험용으로 구입한 삼미 6.5인치 우퍼 드라이버를 철가방 공방 카페에서 처분하고, 오늘 서울 출장을 다녀오는 길에 아세아전자상가 삼미 대리점에 들러서 6.5인치 천장용 스피커 HA-165B60 2개를 구입하였다. 인터넷으로 사는 가격보다는 약간 더 싸다. 과연 이것이 여러모로 부족한 5인치 풀레인지 스피커보다 나은 성능을 보여줄 것인가? 우퍼와 트위터의 조합, 차량용 유닛 등 많은 고민을 하다가 내린 결론은 엉뚱하게도 PA용 스피커라니... 오늘 유닛 1조 구입에 든 비용은 점심값 정도에 지나지 않는다. 사이즈를 키웠으니 당연히 배플판의 구멍도 어떻게 해서든 넓혀야 한다. 만약 이렇게 유닛을 바꿔도 별 소용이 없으면? 그러면 짧은 자작 인생을 접고 좀 더 좋은 유닛을 사용한 주문제작 혹은 기성품 스피커 시스템으로 갈 생각이다. 풀레인지를 고집하고 싶으면 사운드포럼의 적당한 소구경 유닛을 쓰든지, 아니면 클립쉬 레퍼런스를 구입하든지...

돌이켜보니 지금까지 장난감 수준의 스피커를 만들면서 유닛 1조 가격에 1만원을 넘겨본 일이 없다. 삼미 6.5인치는 예외였지만, 결국 자작으로 이어지지는 않았으니까. 좀 너무하기는 했다.

처음으로 bioRxiv에 논문을 제출하다

bioRxiv.org는 생명과학 분야의 대표적인 preprint 서버이다. Preprint는 peer-review를 거치는 일반적인 학술논문 출판시스템의 한계점(예: 논문 공개에 너무 많은 시간과 비용이 소요)을 극복하고자 만들어진 것이다. 이에 대한 조금 자세한 설명은 꼭 일년 전에 올린 내 글에 기록해 두었다.

약 일년 동안 분석하고 다듬은 연구 결과를 처음으로  bioRxiv에 실었다.

Contamination as a major factor in poor Illumina assembly of microbial isolate genomes

Haeyoung Jeong, Jae-Goo Pan, Seung-Hwan Park
doi: http://dx.doi.org/10.1101/081885

왜 preprint로 발표하게 된 것인가? 생물학적 서열을 활용한 연구 논문의 경우 GenBank/DDBJ/ENA와 같은 공공 서열 데이터베이스에 이를 공개해야 한다. 이번 연구의 경우는 일루미나 기법을 이용한 미생물 genome assembly의 문제 '일부'를 해결하기 위한 것이었다. 그런데 시퀀싱 자료를 제공한 분들(전부 공저자는 아니다)이 서열 데이터의 공개를 원하지는 않았으므로 논문 출판에 대한 새로운 모험을 해 본 것이다. 임팩트 팩터니, SCOPUS 등재니 하는 것은 신경을 쓰지 않기로 했다. 더 늦어지기 전에 결과를 공개하는 것이 과학계를 위해서도 도움이 될 것이라고 판단한 것이다.

bioRxiv의 또 다른 특징은 코멘트를 달 수 있다는 것이다. 이를 참조하여 개정판을 올리는 것도 가능하다. 지난 3월 경, 이 내용을 가지고 학회 구두 발표를 준비하면서 이만하면 잘 구성이 되었다고 생각하였었다. 그러나 6개월 가까이 지속적으로 수정을 하게 되었고, 영문 교정을 거쳐서 bioRxiv에 제출하기 직전(바로 같은 날), discussion에서 가장 많은 수정이 이루어졌다. 그러니 bipRxiv에 공개한 뒤 독자들의 코멘트가 붙는다면 이것을 가지고 더 나아진 논문이 될 수도 있을 것이다.

스피커통 개조 계획

스피커 드라이버(유닛)의 구경을 키우면 내가 지금 겪고 있는 문제가 해결될 것만 같은 착각이 빠진 상태이다. 비싼 유닛을 쓸 생각은 별로 없다. 국산 삼미의 6.5인치급 중에서 골라 보련다. (1) PA 스피커로 구분되는 천장용 스피커 유닛인 HA-165B60과 (2) 음악용 우퍼인 CWR-165B50AT가 고려의 대상이다. 두 스피커의 SPL 곡선 특성을 비교해 보았다.

설계 개념, 가격, 자석의 무게(다른 중요한 파라미터는 잊어버리자) 등등을 고려하면 당연히 (2)가 더 좋은 선택이다. 그러나 이것은 진정한 우퍼이므로 트위터를 달아야 한다. 그럼에도 불구하고 (2)에 자꾸 눈길이 가는 것은 작년에 사다 놓은 놀고있는 유닛이 하나 있다는 것이고, 심각한 크로스오버 네트워크 없이 달랑 콘덴서 하나를 연결해 놓은 저가 트위터도 한 조를 이미 갖고 있다는 것이다.

풀레인지 스피커에 고음을 보충하기 위한 트위터를 콘덴서 하나만 이용한 네트워크로 연결하는 경우는 종종 있다. 그런데 우퍼에 트위터를 달아서 2-way를 만들 때에도 이렇게 해도 괜찮을까? 사실 나도 자신은 없다. 하지만 10만원 내외 혹은 그 이하에서 팔리는 2-way 스피커는 십중팔구 이러한 구성인 것으로 알고 있다.

스피커통의 전면 배플 구멍은 실톱으로 더 크게 도려내면 된다. 대신 스피커 유닛은 바깥쪽에서 고정해야 보기에 좋을 것이다. CNC를 이용하여 배플면을 턱이 지게 가공하여 스피커를 매립하면 얼마나 좋을까? 이미 상자의 형태가 다 짜여진 상황이니 꿈과 같은 소리이다. 

집에서 사용하는 TDA7265 앰프의 볼륨 폿(동네 부품점에서 파는 개당 500원짜리 B형)이 말썽이라서 알리익스프레스에서 몇 개를 주문하였다. 미니 4각 A형 제품으로 PCB가 같이 달린 것이다. 손쉬운 연결을 위해 JST-XH 3P 커넥터가 달린 케이블과 RCA 단자도 몇 개 주문하였다. 비록 스테레오 실드선이 연결된 것은 아니나 실용상 큰 문제는 없을 것이다.

자작 스피커의 흡음재 튜닝은 무위로 돌아가다

스폰지까지 구입하여 자작 스피커통 내부에 바르는 수고를 하였지만 역시 크게 달라진 것은 없다. 어딘가 치밀하지 못한 소리, 그리고 '동굴 속'에서 울려나오는 듯한 소리... 첼로나 피아노 소나타 정도를 듣는다면 그 나름대로 귀를 즐겁게하는 통울림으로 참을 만하겠지만, 일반적인 용도의 음악 감상에는 영 적합하지 못하다.

고민 끝에 스피커를 바꾸어 버렸다. 거실에 있던 아이와 마이크로콤포넌트 오디오의 스피커를 방으로 들고 와서 연결하였다. 임피던스가 6옴이라서 진공관 앰프의 4옴과 8옴 출력 단자 어디든 연결 가능하다. 8옴에 연결하는 것이 좀 더 차분하고 단정한 소리를 낸다.

적당히 통을 만들어서 스피커 유닛을 넣는 것은 누구나 할 수 있다. 보급형 오디오에 딸려오는 스피커 시스템의 유닛보다 훨씬 좋은 제품을 쓰는 것도 가능하다. 그러나 결국은 좋은 소리를 내기 위한 최종 튜닝이 문제다. 왜 나의 '풀레인지' 자작 스피커는 좋은 소리를 내지 못하는 것일까? 유닛 자체가 아이와 스피커 시스템보다 못하다고는 생각하지 않는다. 최적화를 끝내 이루지 못한 가장 큰 변수는 통의 체적이라고 생각한다. 5인치급의 유닛을 달기에는 너무 큰 통이 아닐까?

자작 스피커를 치워버리고 깡그리 잊어버리느냐, 아니면 조금 더 큰 구경의 유닛을 가지고 계속 도전을 계속하느냐, 그것이 문제이다.

Upgrade plugin을 이용한 도쿠위키의 손쉬운 업그레이드

도쿠위키를 쓰다보면 새 버전이 나왔다는 메시지를 가끔 만나게 된다. 호스팅 서버에서 지금 돌리고 있는 도쿠위키 버전은 Detrirus(2015-08-10a)인데 지난 6월에 Elenor of Tsort가 나왔고 뒤이어서 hotfix release 버전이 등장하였다.

도쿠위키 공식 문서에 나온 업그레이드 방법은 shell 환경을 쓰는 것을 전제로 한다. 내가 사용하는 호스팅 서버는 웹브라우저에서 돌아가는 FTP기능만을 제공하므로 업그레이드를 하려면 약간의 트릭을 써야 될 것 같았다. 좀 더 쉬운 방법이 없을까? 도쿠위키 문서를 뒤지니 upgrade plugin을 쓰면 된다고 하였다.

Admin 메뉴로 들어가면 Extension Manager가 있다. 여기를 클릭한다.

Search and install 탭을 선택하고 검색창에 upgrade를 입력한다.

그러면 upgrade plugin이 나타날 것이다.

Install 버튼을 클릭하여 설치를 진행한다. 다시 Admin 메뉴로 돌아오면 Additional Plugins라는 새로운 메뉴가 생기고 그 하위에 Start upgrade가 보일 것이다. 

이제 업그레이드를 위한 모든 준비가 끝났다. 이제 클릭만 반복적으로 하면 자동으로 도쿠위키의 업그레이드가 간편하게 이루어진다. 약간의 시간이 흐른 뒤 도쿠위키의 첫 화면으로 돌아왔다. 이제는 성가신 새 버전 업그레이드 알림이 더 이상 보이지 않는다. 이렇게 간단하게 업그레이드가 될줄은 정말 몰랐다. 매번 남이 만들어놓은 서비스만 이용하면서 이렇게 경이로움을 느낀다.

genoglobe.kr 도메인 만료 기한이 다가오다

오늘은 한글날이다. 요즘 망가지는 국어의 실태를 보고 있노라면 정말 가슴이 아프다.

점심시간이 되어 자주 찾아가던 식당을 일부로 찾아갔는데 낯선 이름의 가게로 업종이 바껴 있었다. 이젠 밥 먹으로 어딜 가지?

요즘 매우 흔히 보이는 잘못된 맞춤법이다. 심지어 뉴스 기사에서도 이렇게 잘못된 맞춤법을 종종 보게된다. 글씨를 틀리게 쓰는 것 말고도 표현법 자체도 번역투를 따라서 많이 변질되었다. 생각해보니 나도 문장 자체를 블로그의 제목으로 쓰는 경우가 제법 많다. 이는 영어 문화권의 논문 제목에서 대단히 흔하게 나타나고, 또 그렇게 쓰기를 권장한다. 인터넷 매체에서는 허핑턴포스트코리아가 대표적이다. 이것을 번역투 문체의 침투로 보아야 하는지는 좀 더 고민해 보아야 되겠지만, 전통적인 우리말의 표현법과는 거리가 있다. 그래서 오늘의 제목도 평소의 버릇대로 문장체인 "genoglobe.kr 도메인 만료 기한이 다가오다"로 정하였다.

'~로부터 자유롭지 못하다'는 표현도 왠지 보기 좋지 않다. 마치 영어의 be free from(of)를 그대로 번역한듯한 어투이다. '~가 전혀 없다' 또는 '~로부터 벗어날 수 없다' 정도가 더욱 자연스럽지 않을까?

나는 개인적인 용도로 사용하기 위해서 genoglobe.com과 genoglobe.kr의 두 개 도메인을 운용하고 있다. 무료 웹사이트 호스팅을 표방하는 외국의 서비스 업체를 통해서 DokuWiki를 설치한 메인 페이지를 돌리는데, 사이트 남용을 이유로 종종 차단되는 일이 생긴다. 많은 트래픽을 유발하지도 않고 정보 업데이트를 위해서 하루에 몇차례 접속을 할뿐인데 어째서 이것이 사이트 남용이라는 것인지... 궁극적인 해결 방법은 유료 서비스로 전환하는 것이었다.

도메인 유지 비용도 부담이 되어서 좀 더 싼 기관으로 옮겨보려고 알아보는 중이다. 어쩌면 일년쯤 후에는 두 개 도메인 중 하나는 해지할지도 모른다. .kr을 살릴 것인가, .com을 살릴 것인가? 만약 genoglobe.kr만을 살리게 되면 이 블로그의 주소도 blog.genoglobe.com에서 blog.genoglobe.kr로 바뀔 것이다.

인터넷 기술 덕분에 개인 저작물을 세상에 널리 알리는 것은 정말 쉬워졌다. 하지만 나는 정말 쓸모가 있는 저작물을 체계적으로 만들고 있는가? 두 개의 도메인으로 나뉘어진 몇 개의 사이트가 정말 잘 돌아가고 있는가? 일부 사이트는 이미 부실해지고 있지 않은가? 2015년이 끝나기 전에 좀더 체계적인 운용 계획을 세운 뒤 필요하다면 정비를 해야 되겠다.

2년째로 접어드는 자작 스피커의 튜닝 - 내부 흡음재 바꾸기

나무로 적당히 상자를 짜서 스피커 유닛을 고정하고 단자를 연결했다고해서 스피커의 제작이 다 끝나는 것이 아니다. 풀레인지 성향의 단일 유닛을 사용했기에 네트워크 튜닝이라는 대단히 어려운 과정을 생략할 수 있었지만 이제는 흡음재 튜닝이라는 고비가 남아 있다.

중음이 다소 과장되고, 마치 동굴 속에서 울려나오는듯한 소리를 흡음재로 잡을 수 있다고 생각해왔다. 설계 자체가 잘못되었는지도 모르지만 말이다. 그동안 다양한 재료를 흡음재로 사용해 보았다. 합성 솜, 헌 옷, 낡은 라텍스 베겟속... 심지어는 인클로저의 내부 용적이 너무 큰 것일지도 모른다는 생각에 부피를 줄여보고자 나무토막을 넣기도 했다.

이론에 바탕한 체계적인 접근은 하나도 없었다. 흡음재를 넣는다는 것은 스피커 인클로저의 실효 용적을 키우는 효과가 있다고 한다. 그런데 용적을 줄이자고 나무토막을 넣고 흡음재를 같이 넣는 것은 말이 되지 않는다.

인터넷으로 자료를 찾아보니 인클로저 내벽에 붙이는 흡음재와 내부에 뭉텅이 솜을 넣는 방식의 흡음재로 나누어서 생각해야 한다는 정보가 있었다. 용적이 작은 인클로저는 내벽에 붙이는 흡음재를 생략하기도 한다는 것이다. 과연 나의 어설픈 풀레인지 스피커통에 어울리는 흡음재 재료와 설치 방식은 무엇일까?

일단은 인클로저 내벽에 일정한 두께의 흡음재를 붙여보기로 하였다. 선택한 재료는 두께 10 mm의 마블 스폰지이다. 이름이 좋아서 마블 스폰지이지 자투리 스폰지를 잘라서 압축하여 붙인 것이다. 가격이 저렴하고 강도가 좋아서 주로 업소 등에 들어가는 소파의 쿠션으로 쓰인다. 아마도 이것을 가지고 스피커 인클로저의 흡음재로 쓰는 사람은 별로 없을 것이다. 단일 재료로 마들어진 판재 모양의 스폰지와 계란판 형태의 스폰지 등 여러가지 형태를 놓고 고민하다가 이것을 택한 것이다.

가위로 재단하여 인클로저 내벽에 고루 붙였다. 접착제로는 목공용 본드에 약간 물을 타서 묽게 만든 것을 사용하였다. 배플면 쪽에는 붙이지 않았다. 

하룻밤 동안 두어서 본드를 말린 뒤 단자를 연결하였다. 사진에는 보이지 않았지만 뒷뚜껑을 닫기 전에 마블 스폰지를 70~80 cm 정도 잘라서 스피커 주변을 감싸듯이 큰 원형으로 둘둘 말아서 넣었다.

자, 그럼 소리는? 약간 좋아진 느낌이 들지만 이것이 흡음재 튜닝 때문인지 혹은 플라시보 효과 때문인지는 모르겠다. 이제 이 자작 스피커 시스템에 대해서 더 이상 정성을 들일 필요가 없다고 생각한다. 만약 귀가 약간 더 고급이 되어 이 스피커가 불만스럽다면, 이제는 기성 제품을 구입하는 것이 나으리라고 본다.

CD 플레이어의 반복 재생 기능을 활용해 보기

베토벤 피아노 협주곡 5번 "황제"의 3악장 중 악 1분 정도의 특정 구간이 반복적으로 재생되는 모습이다. 약 20분 넘게 이 짓을 하고 있었다.

픽업을 직접 교체한지 얼마 되지 않은 CD 플레이어가 CD의 특정 부분(65분쯤)에서만 높은 빈도로 튀는 현상 때문에 늘 고민을 하고 있었다. 이제는 정녕 CD 플레이어를 새로 장만해야 할 것인가? 그런데 이 현상을 반복적으로 관찰해보니 튀는 위치가 1초의 오차도 없이 똑같다. CD 자체는 아무리 눈으로 들여다 보아도 긁히거나 오물이 묻은 흔적이 없다.

그래서 내가 내린 가정은 이러하다. CD의 픽업이 레일을 따라 이동하면서 평소에는 잘 가지 않는 부분, 즉 재생시간이 긴 CD의 끝부분에 이르렀을때 뭔가 움직임이 원활하지 않게 된 이유가 있을 것이다. 만약 기기의 노후로 인하여 픽업의 이동을 제어하는 회로나 메카니즘 자체에 문제가 생겼다면 CD에 상처가 생기지 않고서는 매번 정확히 동일한 위치에서 1초도 틀리지 않고 튄다는 것은 상상하기 어렵다. 어쩌면 픽업이 왕복하는 레일에 미세하게 무엇인가가 들러붙어서 운동을 방해하는 것은 아닐까? 그렇다면 그 부분에서 반복 재생을 하면 들러붙은 그 무엇인가를 제거할 수 있지 않을까?

그래서 반복 재생을 실시하게 된 것이다. 처음 한 두번은 튀더니 그 이후로는 매끄럽게 재생이 되었다. 아침에 출근을 준비하면서 문제의 부분을 다시 들어보았다. 전혀 튐이 없다. 아직은 섣부른 결론일지도 모르나 이렇게 하여 문제를 해결했다고 자화자찬하는 중이다.

나의 낡은 CD 플레이어는 롯데 LCD-7500이다. 아마 1990년대 초반에 제조되었을 것이다.

Roary와 더불어 배운 것

새로운 프로그램의 이름에는 대개 그런 이름을 붙인 이유가 있다. 가장 흔한 것은 acronym이다. 예를 들어 BLAST는 Basic Local Alignment Search Tool에서 각 단어의 앞글자를 딴 것이다. 요즘 내가 감염균의 pan genome 분석을 하면서 아주 많이 빚을 지고 있는 Roary: rapid large-scale prokaryote pan genome analysis(웹사이트)는 어떻게 해서 이런 이름을 갖게 되었을까? 논문이나 웹사이트에는 별다른 설명이 없다. 구글에서 Roary를 치면 가장 위에 나오는 것은 Roary The Racing Car라는 영국에서 제작된 어린이용 애니메이션이 나온다. 실행 속도가 빠르다는 의미에서 재미로 이런 이름을 프로그램에 붙인 것이 아닐까 추축해 본다. 등장 차량(등장 인물?) 중에서 Roary는 영국을 대표한다. Roary 프로그램은 Sanger Institute에서 개발한 것이니 더욱 그럴만도 하겠다.

위키피디아에서 가져온 그림.

올해 중반까지 내가 몰두하고 있었던 것은 (meta)genome 분석용 소프트웨어인 MetAMOS였다. 가장 핵심적인 개발 환경(GCC)와 파이썬 버전이 모두 낮은 CentOS 6.7에서 설치를 하려니 보통 고역이 아니었다. 그러다가 Roary를 알게 되면서 필연적으로 거쳐가야하는 Linuxbrew가 내 리눅스 활용 역사를 발칵 뒤집어 놓았다 해도 과언이 아니다.

만약 내가 CentOS 7.x이나 우분투 16.04를 선택했다면 이 모든 수고가 필요없는 일이 되었을까? 그건 잘 모르겠지만, 아직은 사용자 지원이 이루어지고 있는 리눅스 배포판에 집착하는 것이 더 많은 도전과 공부 기회를 제공하는 것이 분명한 사실이다. 사실 어제 아침(개천절 아침; 출근하여 일을 했다는 이야기)까지는 사용 중인 20 core짜리 리눅스 머신을 우분투로 바꾸는 것을 심각하게 고민하고 있었다. 그러나 한번만 더 삽질을 하자는 신념으로 Roary 재설치 및 실행에 성공하였다. Linuxbrew가 매력적인 이유는 사용자 계정을 하나 더 만들면 아예 처음부터 새로운 환경에서 테스트를 할 수 있다는 것이다. 다만 한가지 주의할 것은 시스템 환경이 복잡해진다는 것. 펄 모듈만 하더라도 시스템 라이브러리 공간에 설치한 것과 사용자 공간에 설치한 것이 뒤죽박죽이 된 상태에서 Linuxbrew까지 한 식구로 들어오게 되어 기억과 기록을 잘 더듬어야 한다는 것이다. R 패키지를 하나 내려받아서 설치하는 일만 예를 들어도 선택 가능한 GCC가 이제는 세 가지나 된다. CentOS 6.x에 원래 있는 것(4.4.7), devtoolset으로 설치한 것, 그리고 linuxbrew가 제공하는 5.3.0까지 있으니 말이다.

Perl의 환경은 어떻게 되는 것일까

brew install perl로 5.10 버전이던 Perl을 업그레이드하면, 설치 맨 마지막 단계에 다음과 같은 메시지가 나온다.

By default non-brewed cpan modules are installed to the Cellar. If you wishfor your modules to persist across updates we recommend using `local::lib`.
You can set that up like this:PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=$HOME/perl5" cpan local::libecho 'eval "$(perl -I$HOME/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib)"' >> ~/.bash_profile

local::lib은 사용자 홈 디렉토리 하의 공간에 펄 모듈을 설치하고 쓰게 해 주는 것으로 알고있다. 그러면 예전에 관리자 권한으로 설치한 모듈들은 계속해서 사용할 수 있는 것인지? 이제는 펄 인터프리터 바이너리가 ~/.linuxbrew/bin/perl라는 이름으로 존재하는데, 앞으로 만들어질 펄 스크립트 첫줄에는 뭐라고 써야 되는지? 아마도 #!/usr/bin/env perl라고 적는 것이 맞을 것이다. 그러나 여전히 궁금한 것 투성이이다. bp_genbank2gff3.pl를 실행하면 펄 모듈들을 전혀 찾지 못하는 것으로 보아서 Linuxbrew에서 펄을 설치하면 일단은 새로 시작하는 것으로 생각해야 될 것 같다. 펄 자체의 버전이 달라진 상태이니 모듈도 새로 설치하는 것이 맞겠다. 어쩌면 linuxbrew를 이용한 펄 업그레이드는 매우 신중하게 해야 될지도 모르겠다.