요즘 TV 프로그램 유감

곳곳에 설치된 카메라가 연예인의 일상을 촬영한다. 몰래 설치한 카메라가 아니니 대본 없이 자연스런 행동이 나올 것을 기대하는 것은 무리이다. 더군다나 찍히는 대상은 연예인 아닌가? 이를 적절히 편집하고 요란한 효과음과 자막을 입힌다(1). 그 다음 촬영된 연예인의 가족과 같은 관계자가 (1)을 둘러보면서 한마디씩 거들면서 온갖 리액션을 한다(2). 최종적으로 방송되는 결과물은 (1)과 (2)가 적절히 뒤섞인 혼합물이다.

오늘은 이런 류의 프로그램을 보는 아내에게 제발 그런 것좀 보지 말라고 짜증을 냈다. 마치 연예인들의 자연스런 일상을 시청자들이 '엿보기'하는 것처럼 짜여진 프로그램이지만 과연 여기에 진실이 얼마나 숨어있을까? 도저히 일상 생활이라 보기 어려운 기행이 나날이 반복된다. 출연자가 작가 및 PD와 같이 모여서 이번 회에서는 어떤 새로운 모습을 영상으로 담을지 회의를 하지 않고서 도저히 저런 내용이 나오기 어렵다는 생각이 점점 더 많이 든다.

한술 더 떠서 이제는 연예인과 유명인들의 자제가 나오는 프로그램까지 등장하였다. 20대는 훌쩍 넘었을 출연자들이 네팔로 가서 예전 같으면 충분히 혼자서 감당할만한 일을 하지 못해 쩔쩔매고, 이를 본 부모는 아이들이 불쌍하다며 눈물이 글썽거릴 지경으로 안타까와한다. 연예인도 이제는 대물림하는 시대이다. 결국 연예인의 자녀 중 연예인 지망생들이 카메라에 잡힐 기회가 더 많은 것이다.

세트장이 아닌 집이나 여행지를 배경삼아 결국은 만들어진 행동, 팔릴만한 '연기'를 하고 있다고밖에는 말할 수 없다. 시청자들에게는 이를 진실로 믿게 만들면서.

유성 금호고속 버스 터미널에서 잠시 상념에 젖다

서울에 친구를 만나러 갔다가 돌아오는 아내를 맞으러 퇴근 후 유성 금호고속 터미널로 향했다. 버스 전용 차로의 위력인가? 금요일 퇴근 시간임에도 불구하고 정확히 두 시간이 걸려서 버스가 도착하였다. 오히려 직장에서 유성쪽으로 나가는 시내 교통이 더 복잡해서 아내의 도착시간에 맞추지 못할까 걱정을 했다. 이비가 짬뽕 본점에 들러 혼자 저녁을 먹고 터미널 주차장에 차를 세웠다. 차량 자동 인식 시스템이 갖추어지면서 주차 요금이 15분당 500원으로 올랐다. 서울에서 오후 6시 15분, 20분, 30분에 출발한 차들이 줄줄이 도착하고 있었다. 서울과 유성을 오가는 승객이 정말 많은 모양이다.

내가 고향인 서울을 떠나 대전에서 생활을 하게 된지도 이제 반평생 이상의 시간이 흘렀다. 대전은 '충청남도' 대전시에서 이제는 인구가 150만명을 넘는 어엿한 광역시로 승격을 하였고 현대적인 건물과 아파트가 도시 전역을 뒤덮게 되었지만 유성 5일장이 열리는 장대동 근처는 다른 지역과 비교하여 그다지 많이 변하지 않았다.

주말을 서울에서 보내고 다시 버스를 타고 일요일 저녁무렵 대전에 돌아올 때면 왜 그렇게 마음이 허전했는지... 1987년 당시에는 돈 3천원이면 서울 집에 갈 수 있었다. 30분 간격으로 다녔던 호남선 서울-유성 광주고속(현재 금호고속) 간 고속버스비는 2,270원, 그리고 강남 고속버스 터미널에서 이문동 집까지 가는 좌석버스비가 500원이었다. 유성에서 출발한 차가 도착을 해야 청소를 하고 다시 하행선 배차를 할텐데, 일요일 저녁이면 종종 길이 막혀서 차가 늦게 도착하고 덩달아서 유성으로 내려가는 버스의 출발도 늦어지고는 하였다. 결혼을 하고 대전을 본거지로 삼게 되면서 이 터미널을 이용할 일은 현저히 줄어들었다. 요즘은 서울 출장을 갈 때 주로 KTX를 이용하는 편이다.

이제 유성 금호고속 터미널은 나에게는 더 이상 이별의 시작을 알리는 장소는 아니다. 과거의 비좁던 일반버스에 비해 지금은 훨씬 쾌적한(그러나 비싼) 우등 고속이 훨씬 많이 배차되고 있고, 터미널 건물도 신축되어서 이용객들에게 편의를 제공하고 있다. 그래도 어둠이 깔린 무렵 오랜만에 버스 터미널에 나와서 시간을 보내고 있으려니 잠시 외로운 마음이 밀려왔다. 이별이 아니라 만남을 위해 나간 것임에도 불구하고.

감동의 소프트웨어 circlator

이전 포스팅:  Circlator: 세균 유전체 서열을 원형으로 만들기

링크를 찾느라 다시 글을 읽는 도중 제목과 본문에서 잘못된 철자를 발견하였다. 이 프로그램의 이름은 순환을 시킨다는 뜻의 circulator가 아니라 원형을 만든다는 신조어인 circlator였다. 뒤늦게 원본 글을 수정하였지만 글의 주소 및 Google+에 자동 공유된 글 발췌본은 고칠 수가 없다.

Circlator의 주된 기능은 원형 replicon에서 유래한 contig로서 양 끝이 이미 중복되거나, 혹은 추가적인 assembly를 통해서 메워질 수 있는 약간의 gap을 해결하는 것이다. 그런데 다음 그림의 (C)에 해당하는 기능도 주목할만하다. read의 길이가 plasmid의 길이를 훨씬 상회하면서 결과적으로는 plasmid의 서열이 반복되는 비정상적인 길이의 contig가 만들어지는 일이 있는데, 이를 정확한 구조로 정리해 주는 것이다.

Genome Biology201516:294

DOI: 10.1186/s13059-015-0849-0 (그림 1)

CLC Genomics Workbench의 유료 플러그인 "Genome Finishing Module"에서 PacBio long read 데이터를 교정/조립/이를 이용한 contig 연결 등이 가능하므로 가끔 이 기능을 사용하고는 하였다. 그러나 circlator 수준으로 원형 contig의 말단 중복을 제거하고 심지어는 dnaA gene 위치를 기준으로 재조정까지 자동적으로 해 주지는 못한다. 설치와 사용법 역시 매우 간단하여 감탄에 감탄을 거듭하고 있다. 영국의 Sanger Institute가 제공하는 미생물 유전체 데이터 처리용 소프트웨어 중에서 Artemis와 더불어 어쩌면 가장 유용하게 쓸 프로그램의 하나가 될지도 모르겠다. 2015년에 나온 유용한 소프트웨어를 이제 접하게 된 것이 안타까울 따름이다.

시퀀싱 데이터는 과거의 일회적으로 만들어졌지만 새롭게 쏟아져 나오는 tool을 활용하여 분석하면 더 나은 결과를 얻는 일이 종종 벌어진다. 더욱 재미있는 현실은 내 데이터를 주무르다가 새롭고 유용한 도구를 발견하는 것이 아니라, 외부에서 의뢰한 데이터를 분석하면서 오히려 더욱 열심히 새 도구를 찾게 되고 이것이 오히려 발전의 기회가 된다는 것이다. 그러니 더욱 감사할 일이 아닌가?

[수정 사항]

Circlator가 하나로 만들지 못한 염색체를 CLC의 Genome Finishing Module에서 성공적으로 재구성하였다. PacBio long read correction 방법 및 연결 방법이 다르니 그럴 수 있다. 물론 마무리는 다시 circlator로 하였다. 상호 보완적으로 쓰일 수 있음을 염두에 두도록 하자.

기내에서 본 영화 세 편

외국으로 떠나는 비행기 안에서 시간을 때우기에 가장 좋은 일은 영화를 보는 것이다. 특히 기내에서 잠을 잘 이루지 못하는 편인 나는 영화를 즐겨보고는 한다. 이번에 FEMS 2017 참석을 위해 인천-바르셀로나를 왕복하면서 총 세 편의 영화를 보았다. 귀국하는 비행기는 현지 시간으로 밤 늦게 출발하였기에 몇 번에 걸친 쪽잠을 자는데에는 성공하였다.

우연의 일치였지만 이번에 본 영화는 단순한 오락 영화가 아니라 전부 묵직한 메시지를 전하는 것들이었다. 내가 안고 있는 개인적인 고민 및 우리 사회가 처한 현실과도 잘 맞아떨어지는 그런 의미있는 영화를 본 셈이다.

첫번째 영화 히든 피겨스. 유색인종에 대한 인종차별이 극심하던 1960년대(게다가 여성에 대한 차별까지), NASA에서 근무한 세 명의 흑인 여성의 실화를 바탕으로 만든 영화이다. 각자가 처한 환경은 조금씩 달랐지만 저마다의 방법으로 차별을 극복하고 조직 내에서 꼭 필요한 과학기술자가 되기 위하여 노력하는 모습이 너무나 감동적이었다. 스스로의 운명을 단호하게 개척해 나간다면 면에서 그들은 진정한 리더였다. 나는 요즘 진정한 리더십이 무엇인가에 대한 고민을 많이 하고 있다. 직장 조직 내에서의 내 형편을 아는 사람은 나의 이러한 고민이 의아하게 느껴질지도 모른다. 그러나 반드시 부하 직원을 거느리고 상급자로서 무슨 직함을 갖고 있어야만 리더가 되는 것이 아니다. 큰 꿈을 가지고 어려움을 극복해 나가면서 능동적으로 삶을 개척해 나가고, 이러한 모습이 다른 사람에게 긍정적인 영향을 미친다면 그것이 곧 리더 아니겠는가? 

두번째 영화 파운더. 패스트푸드 프랜차이즈의 대명사로 여겨지는 맥도날드 왕국이 만들어지는 과정을 그려나간 영화이다. 1951년생인 마이클 키튼(현재 65세)이 52세의 세일즈맨 레이 크록 역할을 하는 것은 약간 아쉬웠다. 아무리 분장을 잘 했어도 세월의 흔적이 얼굴에서 느껴지니 말이다. 패스트푸드점의 핵심 아이디어를 낸 것은 맥도날드 형제였지만 그들은 몇 번의 시행착오 끝에 사업을 더욱 확장하지는 않기로 마음을 먹고 있었다. 그들은 잘 팔리는 음식으로 매뉴를 단순화하여 질 좋은 제품을 빠른 시간에 내놓는 것에만 집중하며 외길을 걸어온 것이다. 크록은 끈질긴 설득 끝에 기어코 프랜차이즈 사업권을 따냈으며 가맹점주로부터 수익금의 일정 비율(당시 1.5%)를 받는 것에 만족하지 않고 일종의 부동산 임대업으로 사업의 구조를 근본적으로 변화시켰다. 즉 본사에서 매장을 차릴 땅을 구입한 뒤 점주에게 임대함으로써 계약이 지속되는한 수익을 계속 발생시키는 것이었다. 이 영화에서 인간적인 면이나 도덕적인 면은 추구해야 할 가치에서 약간 벗어나 있는듯하다. 결국 맥도날드사의 '파운더'로 기억되는 것은 크록이지 맥도날드 형제가 아니었다. 성장하지 않는 기업은 결국 도태되어야만 할 것인가? 많은 것을 생각하게 하는 영화였다.

세번째 영화 나, 다니엘 블레이크. 상영 시간은 100분에 불과한 짧은 영화지만 너무나 '능률화'된 영국 복지 시스템의 틈바구니에서 철저히 소외되어 급기야는 사회적 살인과 다를바없는 죽음을 맞는 서민의 힘겨운 삶을 그렸다. 이것이 2016년 현재 영국 사회의 모습이라니 충격을 금할 수 없었다. 한국 사회는 이것과 무엇이 다른가? 복지 시스템을 필요로 하는 사람들은 전부 노력이 부족하여 도태되어야만 하는 짐짝과 같은 사람들일까? 돈 많은 사람들이 낸 세금에 의존하는 비생산적인 사람들인가? 우리는 나 혼자만 잘 되면 되는 사회, 약자에 대한 배려나 연대라는 가치에는 도무지 관심이 없고 각자 알아서 생존하기 위해 발버둥치는 사회의 나락으로 점차 떨어지고 있는 것은 아닐까?

스페인 출장을 마치며(FEMS 2017)

7월 들어서는 도통 블로그에 글을 쓰지 못하였다. 스페인 발렌시아에서 열린 유럽 미생물학회연합(FEMS) 학회에 참석하느라 일주일 넘게 국외에 있었기 때문이다. 노트북 컴퓨터와 대여한 휴대용 와이파이기기를 가져왔으나 바르셀로나에서는 매우 원활히 인터넷 접속이 된 반면 학회 개최지인 발렌시아에서는 도무지 제대로 신호를 잡지 못하였다. 모든 일정을 마치고 바르셀로나로 돌아오니 다시 인터넷이 연결되었다. 오랜만에 컴퓨터를 꺼내어 글을 쓰는 중이다.

미국의 ASM에 비교할 바는 아니지만 FEMS 역시 상당히 규모가 큰 행사라서 예닐곱개의 학술 세션이 동시에 진행된다. 따라서 듣고 싶은 심포지엄이 동시에 열리면 어느 하나만을 골라야 하는 아쉬움이 따른다. 이번에는 내가 속한 센터의 중점 연구분야와 가장 관계가 깊은 antimicrobial resistance에 대한 발표를 중심으로 강연장을 찾아다녔다. 2년전 네덜란드 마스트리히트에서 열렸던 FEMS 학회와 마찬가지로 현대 미생물학은 host-microbe interaction, microbiome, antimicrobial resistance and persistence, metagenomics 등이 주류가 됨을 확실히 느낄 수 있었다. 물론 white biotechnology와 synthetic biology 역시 무시할 수 없다. 이번 학회에서는 요즘 대단히 관심을 불러일으키는 CRISPR-Cas9 기술에 대한 별도의 세션도 마련되었다.

다만 한가지 아쉬운 점은 한국사람들이 너무 많이 참석했다는 점이다. 참가국에 제한을 두고 있지 않다 하더라도 엄밀히 말하자면 FEMS Comgress는 "European microbioloist"의 학술행사인 것이다. 개최국인 스페인에서 가장 많이 참여한 것은 당연하다. 그런데 연구 수준이나 인구 규모를 감안하더라도 일본이나 중국에 비해서 월등히 많은 한국인이 참여한 것은 적절하지 못하다. 만약 단 몇명의 한국인이라도 공식으로 심포지움에 초청이 되어 구두발표를 했다면 이러한 부끄러움은 덜했을 것이다. 이렇게 많은 한국인들이 지구 반대편에서 열리는 유럽인들의 학술행사에 단지 포스터 발표만을 위해서 참석했다는 것은 이번 행사가 스페인이라는 유명 관광국가에서 열렸기 때문은 아니었을까?

나 역시 포스터를 전시를 겸하여 먼 출장길을 떠나온 사람으로서 같은 부끄러움을 느낀다. 그러나 학회 개막 강연부터 마지막날까지 어느 하다도 거르지 않고 꼼꼼하게 모든 강연을 듣고 메모와 사진촬영을 해 가면서 정말 알뜰하게 시간을 보내기 위해서 애를 썼다. 그나마 다행인 것은 제출된 포스터 초록 중 우수한 것을 선발하여 짧은 시간이나마 직접 발표를 하는 poster presenttion 시간을 제공하였는데, 이 중에 한국인이 몇 명은 포함되었다는 것이다. 

한국인 연구자들이 학회에 참석하여 제대로 일정에 집중하지 않는다는 것은 어제 오늘의 일이 아니다. 더구나 학회가 열리는 곳이 유명 관광지라면 이 문제는 더욱 심하다. 만약 내가 여기에서 보고 느낀 것을 정말 솔직하게 글로 기록한다면 앞으로 국외 학술대회는 최소한 구두발표를 하는 것으로 초청되어야만 출장이 허용되는 것으로 강화되는 근거가 될까봐 더 이상 자세하게는 쓰지 못하였다. 하지만 우리 모두가 진지하게 고민하고 반성을 해야 할 것이다.  

발렌시아 소로야 역. 바르셀로나까지는 Euromed로 3시간 정도 걸린다.

많은 고민거리와 도전과제를 남긴 출장도 이렇게 끝이 나고 있다. 출장 보고서를 쓰려면 또 고생을 해야 할 것 같다. 메모한 자료를 언제 다 정리한담...

Dell PowerVault MD1200에 파일 옮기기

올해 야심차게 구입한 Dell PowerVault MD1200 DAS(Direct Attached Storage)에 파일들을 입주(?)시키는 중이다. rsync 명령어를 사용하여 매우 게으른 파일 전송을 하고 있다. 벌써 며칠째 복사를 하는지 모르겠다. 이것도 병렬로 진행하면 조금 빠르게 복사되었을지도 모른다. 파일 소스와 DAS가 서로 다른 건물에 떨어져 있어서 그런 것인지... 비록 낡은 장비이지만 Dell PowerEdge R910 서버도 이제 DAS라는 제대로 된 식구를 만난듯하다.

출처: http://www.dell.com/ae/business/p/powervault-md1200/pd (MD1200)

시놀로지 NAS에 이어서 이제 DAS를 처음으로 경험해 본다. 파일 전송이 끝나면 NAS의 HDD는 6 TB짜리로 교체할 예정이다. NAS는 이더넷에 물려서 사용하는 대용량 저장장치라고 한다면, DAS는 특정 서버에 인터페이스 카드를 통해서 직접적으로 접속하여(=direct attached) 종속적으로 사용하는 대용량 저장장치다. 따라서 직접 연결된 서버 입장에서는 매우 빠른 속도로 파일 접근이 가능하다. 외부의 서버에서는 NFS를 통해서 접근을 하면 된다. NAS는 웹 브라우저를 통해서 관리를 하면 된다.

서버 전원을 내리고 켤 때 특별히 해 줄 일도 없다.

나의 짧은 경험으로는 SGI 서버의 외양이 가장 아름다왔다. Dell은 단순하면서도 현대적인 이미지를 풍긴다. 반면 HP는... 마치 벽지를 바르지 않은 방, 페인트를 칠하지 않은 집과 같은 느낌이다. 서버를 겉모습으로 평가한다니 정말 우스운 일이지만. 게대가 항상 서버실에 두고 사용하니 아무리 모습이 미려해도 자주 만날 기회가 없지 않은가?

대학원때 잠시 접했던 SGI Indy 워크스테이션이 생각나는 저녁이다. 추억의 컴퓨터가 하나 둘 생각난다. 더미 터미널로 접속하여 유닉스 시스템을 처음으로 배웠던 MicroVAX, 그리고 SSM-16.

에스에스엠 식스틴! 이걸 기억하는 사람이 있을까? 지금은 관련 자료를 거의 찾을 수 없고 1983년에 국내 학회에서 발간한 강좌 자료집에 실렸던 글만이 보인다(SSM-16 Computer의 구조와 특징). PDF 파일을 다운로드해 보았다. 타자기로 친 인간적인 글자를 얼마만에 보는 것인가? 16비트 프로세서 중 가장 '강력한' 모토롤라사의  MC 68000 마이크로프로세서(그러나 실습을 할 때면 늘 느렸다), 최대 8 M Byte의 주기억용량... 그렇다. 당시에 PC의 메모리를 1 M로 늘리기 위해서 얼마나 많은 비용을 들여야 했던가. 파일의 일부를 캡쳐하여 소개한다.

제조 당시의 모습 그대로 작동이 되는 컴퓨터를 전시하는 박물관이 있으면 참 좋겠다는 생각이 든다. 과거의 OS 또는 게임 등을 가상머신 혹은 에뮬레이터를 통해 구동하는 것은 흔히 볼 수 있는데 반하여 오래된 하드웨어를 재가동하는 것은 그러나 매우 어려운 일일 것이다. 70년대 생산된 포니 승용차를 굴리는 것과 비슷한 일이니까 말이다.

Circlator: 세균 유전체 서열을 원형으로 만들기

세균의 염색체는 원형 구조를 이루고 있다. 간단히 말하자면 목걸이, 훌라후프, 도우넛... 그런 것을 연상하면 된다. 둥근 지구에 끝과 시작이 없듯이 세균의 염색체 역시 그러하다. 다만 편의상 복제 원점(oriC, 보통은 chromosome replication initiation protein인 DnaA의 유전자의 upstream 영역)을 시작 위치로 정한다.

대장균 K-12 MG1655의 유전체 서열은 그러나 이러한 기준을 따르지 않는다. 왜냐하면 Hfr strain(donor)에 의한 conjugation 과정에서 recipient cell로 넘어가는 염색체 부분을 genetic map에서의 시작점(그래서 단위가 분, 즉 시간이다)으로 삼았기 때문이다. 그래서 NCBI에 등록된 대장균 K-12 MG1655(NC_000913.3)의 첫번째 유전자는 dnaA가 아니라 thrL이다. 각 Hfr strain은 F factor가 삽입된 위치가 다르므로 conjugation으로 전달되기 시작하는 위치는 서로 다르다.

엄밀히 따지자면 야생형 대장균 K-12에서 MG1655까지 이르는 계보 상에는 Hfr strain이 존재한 적이 없다. 이미 고인이 된 Barbara J. Bachmann의 대장균 족보(PDF 원본)에서 8번 챠트를 살짝 빌려왔다.

역사적인 conjugation 실험을 통해서 초보적인 수준의 유전체 지도를 얻었던 당시, donor로 사용한 strain이 수용체 세포로 밀어넣기 시작하는 염색체 부분에 바로 threonine 생합성 오페론이 있었을 뿐이다. 이때 사용한 균주가 MG1655의 직계 조상은 아니었던 것이다. 정확하지는 않지만 아마도 HfrH(Hayes) strain이 아닌가 한다. 이를 확인하려면 1953년에 나온 논문을 뒤져야 하는데... 다음 그림을 보면 HfrH가 염색체를 어디부터 transfer하는지를 잘 보이고 있다.




어찌되었든 아무리 최신의 long read를 사용한 genome sequencing 방법을 동원한다 하여도 얻어지는 contig는 하나의 긴 선형 구조를 할 수밖에 없다. 이것이 원형의 염색체에서 유래했다면 선형 서열의 시작과 끝 부분에는 당연히 중복이 존재할 것이다. 이를 조금이라도 성의있게 다듬어서 논문으로 보고하자면 최소한 시작이나 끝 부분 어느 하나의 겹치는 염기서열을 제거해야 할 것이고, 더 정성을 들이자면 dnaA 유전자가 첫번째 유전자로 위치하도록 서열을 조정하는 일이 필요하다.

예전에는 sequence alignment tools을 적당히 사용하여 contig 말단의 겹침을 확인하고 수작업으로 최종 정리를 하였었다. 말단의 겹침을 시각적으로 나타내는 도구(Gepard)가 있는가하면, 이러한 후작업 요령이 친절하게 웹문서로 나오기도 하였다(동영상 튜토리얼; Circularizing and trimming). 상당한 뒷북이지만 2015년 Genome Biology에는 아예 circularization을 자동으로 수행하는 도구인 Circlator라는 소프트웨어를 소개하는 논문이 나오기도 하였다.

'이러한 도구가 있으면 편리하지 않을까?'

대부분의 것들은 이미 누군가에 의해서 해결이 된 상태이다. 나는 검색을 통해서 이를 잘 찾아내어 쓰기만 하면 된다. 세상은 참 고맙고 편리하다. 그러면 '나'라는 연구자는 도대체 여기에 무엇을 기여해야 한단 말인가?