2019년 10월 22일 화요일

우분투 가상머신에 아나콘다 최신판을 설치하기가 왜 이렇게 힘이 들까?

11월에 한국바이오협회에서 주관하는 유전체분야 맞춤의료 기술인력 양성 교육에 강사로 참여하게 되었다. 지난 2016년에 KOBIC 주관 교육에서 강의를 한지 꼭 3년만의 일이다. 마이크로바이옴 시대가 활짝 열리면서 단일 미생물 유전체의 해독과 분석 교육에 대한 수요는 많이 줄어든 느낌이다. 왜냐하면 요즘은 시퀀싱 업체에 미생물 유전체 시퀀싱을 맡기면 genome assembly와 annotation까지를 다 해 주기 때문이다. 물론 약간의 추가 서비스 요금은 받게 될 것이다.

'맡기면 누군가 해 주는 것'의 시대가 되니 기본 원리를 이해하려고 애쓸 필요가 별로 없어진 것이 현실이다. 그래도 기본 개념과 역사에 대해서 어느 정도는 알아야 한다는 것이 나의 철학이다. 시퀀싱 서비스 업체에 전화를 걸어서 소비자로서 원하는 것을 얻고 궁금증을 해소하기 위해 다그치는 것에만 익숙해졌을 뿐이다. 비유하자면 최소한 파워포인트의 '슬라이드'라는 말이 어디에서 기원했는지는 알아야 할 것 아니겠는가? 슬라이드 환등기나 오버헤드 프로젝터, 타자기를 실제로 본 적이 없는 사람이 점점 많아지듯 말이다.

실습을 위한 서버의 테스트 및 사전 설정은 다음주부터 진행하기로 하였으므로, 당장은 노트북에 VirtualBox로 CentOS 7.6을 가상머신으로 설치하여 원하는 환경이 잘 만들어지는지 점검하기로 하였다. 설치 후 yum update를 하니 release 7.7이 되었다. 이제 남은 작업을 해 볼까? 이렇게 고생이 시작되었다...

VirtualBox guest additions의 설치가 안된다

Kernel module build 과정에서 자꾸 에러가 난다. 모든 패키지를 업데이트하고 커널 빌드에 필요한 것도 다 갖추어진 상태인지 거듭 확인을 해 보아도 소용이 없었다. VirtualBox의 버전을 6.x로 올려서 겨우 해결이 되었다. CentOS 7에서는 기본적으로 네트워크 인터페이스가 부팅 시 꺼진 상태이기 때문에 설정을 다시 찾아서 연결하는 번거로움이 있다. 게스트 OS에 잡힌 마우스 포인터를 해제하는 키는 뭐로 설정을 해야 되는가? 노트북 컴퓨터용 키보드는 101/104 키와 관계가 있던가?

최신 anaconda 배포본(anaconda3 2019.10)이 설치되지 않는다

설치용 파일(.sh)을 다운로드하여 bash로 실행하면 파일 압축 해제를 시작하는가 싶더니 전혀 진행이 되지 않았다. 무엇이 문제일까? Anaconda installer archive에서 작년 12월 버전부터 하나씩 배포판을 받아서 설치를 해 보았다. 2019.07까지는 문제가 없는데 유독 2019.10만 설치가 되지를 않았다. 이것을 확인하는데 꽤 많은 시간이 걸렸다. 정말 황당무계한 것은 이 문제는 윈도우 10 호스트에 VirtualBox로 설치한 CentOS 7에서만 벌어진다는 것이다. 온전히 CentOS가 설치된 서버에서는 어떤 배포판 버전을 쓰든 잘 설치가 된다.

리눅스 생활이 벌써 몇십년째인데 설치는 여전히 어렵다! 과거의 경험(겨우 두어달 전에 진행했던 일이라 해도)이 현재의 문제를 해결하는데 큰 도움이 되지 않는 일이 종종 발생한다.

이러한 어려움 속에서도 bioconda가 나를 살렸다는 결론에는 변함이 없다. 관리자 권한을 얻을 필요 없이 필요한 환경을 전부 구축할 수 있다는 것이 놀랍기만 하다.

댓글 1개:

권은희 :
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