FEMS Microbiology Congress 2015를 다녀와서 건진 것들

자전거와 관광객으로 번잡한, 그러나 따사로움이 있는 물길의 도시 암스테르담. 그리고 고풍스럽고 조용한 도시 마스트리히트.

네덜란드는 Miffy의 고향이다.

학회가 열린 MECC Maastricht.

마스트리히트 기차역 앞에서.

그리고 미생물 유전체학(metagenomics 포함)을 위해 필요한 최신 소프트웨어에 대한 정보를 얻어서 돌아왔다. 학회는 끝났지만 웹사이트에서 초록집 등 많은 정보를 얻을 수 있다. 다음에 나열된 것은 물론 이 학회를 통해서 처음 공개된 것들은 아니다.

• Placenet: NGS 시대를 맞아서 미생물 유전체 정보는 넘쳐나지만 플라스미드 정보는 제대로 클로징이 되지 않은 채 방황하고 있다. Placnet은 Plasmid Constellation Network project의 약자로서, NGS data가 품고있는 플라스미드 정보를 Cytoscape로 열 수 있는 네트웍 형태로 전환해 준자. Plasmid "constellation"이라니 멋있지 않은가?
• Resfams; 내가 Harvard Medical School의 Church lab에 두어달 머무는 동안 G. Dantas를 알게 되었다. 그도 여전히 나를 기억할지는 모르겠다^^ Dantas는 워싱턴 대학(세인트루이스)의 교수로 현재 근무하고 있는데, genomics에 기반한 미생물의 생태와 엔지니어링 및 중개 연구에 힘을 쏟고 있다. Resfams는 항생제 내성 기능이 있는 것으로 확인된 단백질 패밀리 및 그에 부가된 HMM의 데이터베이스이다.
• pubMLST: MLST는 1998년 세균의 clonal relation을 동정하기 위해 개발된 방법이었다. Whole-genome sequencing이 일상화된 요즈음, 세균의 카탈로그는 '도메인'에서 '스트레인'으로 세분화되는 중이다. 이제 다시 조명을 받고 있는 MLST에 대해 관심을 가져보자. 참고할 문헌은 MLST revisited: the gene-by-gene approach to bacterial genomcis(Nat Rev Microbiol 2013, 11:728)이다. pubMLST는 MLST 데이터베이스와 소프트웨어의 포탈인 셈이다.
• BaseClear의 소프트웨어들: BaseClear는 네덜란드에 근거한 기업으로 SSPACE와 GapFiller 등을 공급하며 시퀀싱 서비스도 제동한다. 
• BioNumerics: Applied Maths사에서 제공하는 "The universal platform for databasing and analysis of biological data".
• wgMSLT and wgSNP: an integrated platform for high-throughput whole genome MLST and whole genome SNP analysis.
• antiSMASH: antibiotics and secondary metabolite analysis shell. 분석 결과물은 한달 뒤에 삭제되니 적당한 시점에 알아서 다운로드할 것.

이외에도 resistome과 bacterial persistence에 대한 개념을 잡는데 많은 도움이 된 출장이었다. 맨날 노는 것도 아닌데 왜 이렇게 읽을 거리는 많은지...