[하루에 한 R] ComplexHeatmap 맛보기

2023년 2월 15일 수요일

[하루에 한 R] ComplexHeatmap 맛보기

내 위키 사이트에 별도로 작성해 두었던 ANI 매트릭스 자료 분석법 문서를 수정하여 ComplexHeatmap의 Heatmap() 함수를 다루는 방법을 추가하였다. 앞으로 특별한 일이 없다면 gplots의 heatmap.2() 함수를 쓸 일은 없을 것 같다.

R을 이용하여 ANI matrix 자료 다루기

아직까지는 Heatmap() 함수 기능의 아주 일부분을 체험해 본 것에 불과하다.

Heatmap의 색은 데이터 수치에 따라 파랑-하양-빨강으로 분포하게 되는데, 이를 하양-빨강의 단색 계열의 명암으로 나타낼 방법은 없을까? ComplexHeatmap Complete Reference의 7번 Legends 섹션을 계속 들여다 보았지만, 새로 추가하는 legend는 자유롭게 수정이 가능하지만 heatmap에서 자체적으로 생성되는 legend의 색을 바꾸는 방법이 보이지를 않았다.

이걸 사용자 입맛대로 바꾸지 못한다는 것은 말이 되지 않는다. 어디에 있을까... 아, 섹션 4의 A list of heatmaps를 둘러보니 하나의 플롯에 그려진 heatmap 두 개의 색상 체계가 다른 것을 발견하였다.

그림 출처 링크

가운데 heatmap을 그린 명령어를 확인해 보았다.

col_rnorm = colorRamp2(c(-3, 0, 3), c("green", "white", "red"))
col_runif = colorRamp2(c(0, 3), c("white", "orange"))
col_letters = c("a" = "pink", "b" = "purple", "c" = "blue")
ht1 = Heatmap(mat1, name = "rnorm", col = col_rnorm,
    row_title = "Heatmap 1", column_title = "Heatmap 1")
ht2 = Heatmap(mat2, name = "runif", col = col_runif,
    row_title = "Heatmap 2", column_title = "Heatmap 2")
ht3 = Heatmap(le, name = "letters", col = col_letters)
ht_list = ht1 + ht2 + ht3

두번째 줄이 유력한 용의자이다. colorRamp2() 함수는 circlize 패키지에서 제공하는데, 이는 ComplexHeatmap의 개발자인 "Bioinformagician" Zuguang Gu의 작품이기도 하다. 추앙하고 싶은 생명정보학자 리스트에 그의 이름을 올리겠다.

자, 그러면 흉내내기를 시작한다.

col_runif = colorRamp2(c(0.85, 1), c("white", "orange"))
Heatmap(as.matrix(ani), name = "ANI", row_labels = key.2[rownames(ani)], 
   row_names_gp = gpar(fontsize = 5), column_names_gp = gpar(fontsize = 5), 
   col = col_runif)