새삼스럽게 왜 TIGR assembler인가? 사실 나도 AMOS 작업을 하기 전에는 거의 관심을 두지 않았었다. 그러나 조금 느리기는 해도 나름대로 탄탄하고 정확한 결과를 만들어 주는 것 같다. Methods in Molecular Biology(2004년)에 상세한 활용 방법이 나와 있다.
TIGR assembler는 더 이상 JCVI(구 TIGR) 홈페이지의 소프트웨어 목록에 나와있지 않다. 대신 다음의 FTP site를 이용하여 다운로드할 수 있다.
맨 위의 표는 M. Pop, S. L. Salzberg, 그리고 M. Shumway가 2003년도에 쓴 Genome sequence assembly: algorithms and issue에 실린 것이다. 재미나지 않은가?
TIGR assembler가 유용한 점은 소위 'jumpstarting'이 가능하다는 것이다. 이것은 기존의 assembly 정보를 흩뜨리지 않으면서 새로운 서열 단편을 넣어 합체하는 작업을 의미한다. Consed에서 Add New Reads를 실행하는 것과 비슷하지만 더 유리한 점이 많다.
아무 생각 없이 기계적으로 컴퓨터 자판을 두드려서 assembly를 하기에는 phredPhrap만한 것이 없다. 이건 사실이다! 하지만 손이 조금 더 많이 가는만큼 더 정확한 결과물을 얻게 된다는 것도 사실이다. TIGR assembler가 귀찮은 점은 서열 전처리 작업(clear range 구하기)이다. 그러나 EST 혹은 genome survey sequencing 결과의 등록과 같이 말단 부분이 깨끗하게 제거된 서열이 필요하다면, TIGR assembler에 적용되는 전처리 과정(preTA: AMOS 패키지에 포함)을 사용하는 것도 좋겠다.
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