FinePix 6000fd의 사진 가져오기(Windows 8)

MS Windows를 우리말로 가장 적절하게 옮긴 것은?

1) 윈도 2)윈도우즈

언론에서는 1)을 보편적으로 사용하는 것으로 보인다. 영어의 '오우'를 '오'로 표기하는 것은 이해할만하고, 단수형으로 표기하는 것도 괜찮다. 그렇지만 Windows는 사실상 고유명사 아닌가? '윈도 8이라고 표기하기에는 어딘가 어색하다.

오늘 쓰는 글의 주제는 이것이 아니니, 일단 영문으로 그대로 쓰기로 하자.

Windows 8로 넘어오면서 후지필름 파인픽스 S6000fd에서 사진을 꺼내오는 일이 불편하게 되었다. Windows 7까지는 카메라를 USB 케이블로 연결하여 재생 모드로 전원을 넣으면 마치 USB 드라이브를 새로 꽂은 것과 동일하게 진행이 쉽게 되었었다. 하지만 Windows 8에서는 오류가 난 USB 장치로 표시가 되고, FinePix Viewer도 잘 설치가 되지 않는다. 좀 더 자세히 설명하자면, CD-ROM 매체를 넣어서 FinePix Viwere를 설치해 보아도 카메라 연결 시 아무런 일이 벌어지지 않는다. 후지필름 홈페이지에서 FinePix Viewer Updater를 받아서 설치한 뒤 안내에 따라 재부팅을 하면, 프로그램 자체가 아예 사라져버린다!

다시 웹을 검색해 보았다. Picture Transfer Protocol Driver라는 것이 있다. 오류가 난 USB 장비처럼 표시되는 메시지를 클릭해 보면 PTP 장비라는 글이 나온다. 그러면 PTP = Picture Transfer Protocol이 아니겠는가? 이를 설치해 보았다. 드라이버이므로 실행 아이콘 같은 것은 생기지 않는다. 다시 카메라를 연결하고 전원을 넣으니, 비로소 제대로 인식이 된다.

내가 주력으로 쓰는 카메라는 전부 CF 카드(올림퍼스 E-620)와 XD picture card(올림퍼스 E-620 및 파인픽스 S6000fd)라서, 카드 리더기를 경휴하지 않고서는 메모리 카드를 빼서 컴퓨터에 직접 연결을 할 수도 없다. 전자기기의 수명이 점점 짧아지는 추세라서 구입한지 이미 6년이 다 되어가는(2007년 11월) 파인픽스 S6000fd를 알뜰하게 활용하기가 쉽지 않다. 카드 오류도 가끔 나고 있고... 그래도 컬러 밸런스는 올림퍼스 DSLR보다 나아 보인다. 올림퍼스는 특유의 붉은 기가 도는데, 파인픽스는 포토스케이프에서 자동레벨을 주었을 때 노출 말고는 거의 변화가 없다.

이 디지털 카메라를 앞으로 얼마나 더 쓰게 될까? 다행히도 이번 국외 출장에 오르기 전, 새로운 디카를 사고 싶은 욕심을 잠재워 준 효자다. 욕심과 호기심에 기울어지지 말자.

R: Two-color microarray의 분석: control spot의 처리

Control spot이 포함되어 있는 spotted microarray에서 나온 아름다운(?) 이미지이다. 이 microarray의 GEO platform ID는 대장균용으로 설계된 GPL7395이다.

Microarray 실험에서 control spot은 실험 조건에 따른 발현량을 미리 알고 있는 유전자에 해당한다고 보면 된다. 물론 발현량이 일정하다고 알려진 유전자라 해도 어떤 실험 조건에서는 차이가 있다는 것을 새로 발견하게 되는 경우도 있겠다. 위 그림에서 맨 오른쪽에 있는 violet 색깔의 점들을 보라. 발현량(A)는 높지만 발현비율(M)은 0에 가깝다. 바로 16S rRNA gene에 해당한다.

이 플랫폼에서는 control spot이 워낙 여러번 찍혀 있으므로, 표준화(normalization) 과정에서는 제거하는 것이 옳을 것이다. 위 그림과 같이 각 spot의 성격을 규정해 주는 것은 SpotTypes.txt라는 파일이다. 여기의 첫번째 컬럼(SpotType)의 값이 다음 R code를 통해서 RGList 데이터 오브젝트의 $genes$Status 항목으로 들어간다.

문제점: 이 블로그 페이지에서 '>'가 포함된 R code를 제대로 표기하기가 어렵다. 도움말을 잘 찾아서 읽어보면 해결이 되겠지만...

 > spottypes <- br="" readspottypes="">

> RG$genes$Status <- controlstatus="" p="" rg="" spottypes="">

이걸 그대로 표준화를 하면 control spot까지 그대로 반영될 것이다. 이를 막기 위해서는 가중치(weight)를 사용하는 것이 좋을 것이다. 보통 GPR raw data file에 설정된 flag를 이용하여 0, 혹은 1의 가중치를 주는 경우가 많은데, spot type에 따라서 가중치를 주려면 어떻게 해야 될까?

위에서 사용한 SpotTypes 파일은 예쁜 그림을 그리기 위해 control spot에 대해 각각의 유전자 명칭을 제공했었다. 이제 이들에게 zero weight를 주려면, 별도의 SpotTypes file을 만들어서 control spot은 진짜 "control"임을 명시하면 된다.

표준화 과정에서 제거한다는 것은 어떤 의미인가? 다른 spot들의 표준화에 이들 control spot은 영향을 미치지 않는다는 뜻이다. 그러나 가중치가 0인 spot이라 하여도 기본 조건에서는 표준화를 '당하기'는 할 것이다.

SRA에 NGS raw data file 등록하기

미생물 genome assembly data는 NCBI에 수도 없이 등록해 보았지만, SRA(sequence read archive 또는 short read archive)에 FASTQ 파일을 올리는 것은 처음이다. NGS를 통한 유전체 정보 생산이 빈번해지면서, 마무리되지 않은 assembly 결과만을 등록하는 일이 잦아지는 것은 사실이다(심지어 annotation 정보도 부가하지 않는다). 최종적인 validation을 거치지 못한 assembly이기 때문에, 원본 데이터를 같이 등록하는 것은 매우 의미있는 일이 된다. 의무 사항은 아니지만, WGS 섹션에 genome assembly를 등록하게 되면 SRA에 raw data를 올려달라는 권고를 항상 받게 된다.

이번에는 WGS 등록도 매우 순조로왔다. 작년 여름-가을 쯤에는 몇 주씩 기다리고는 했었는데.

UCSC의 조나단 아이센이 NCBI SRA의 효용성에 대해 비판의 글을 자기 블로그 "The Tree of Life"에 올렸던 것을 본 일이 있다. 사실 그 글은 본 것은 이삼일 전인데, 포스팅 날짜는 2011년이니 그렇게 오래 지난 것도 아니다.

Though I generally love NCBI, the Sequence/Short Read Archive (SRA) seems to have issues; what do others think?

2011년에 NCBI에서 SRA 서비스를 중단한다고 공식(?) 발표를 했던 적이 있었다고 한다. 위 글이 작성된지 일주일 뒤에 올라온 글이다. 그런데 나는 2013년 5월 중순 현재 별 문제 없이 HiSeq 2000 유래의 파일 두 개를 등록했는데?

End of Sequence Read Archive (SRA) - some quick notes


SRA에 시퀀스 파일을 등록하려면 BioProject뿐 아니라 BioSample까지도 등록을 미리 해야 한다. NCBI에서 받은 SRA 서열 등록 안내 메일을 인용해 본다.

In order to complete an SRA submission you will need to: 

1)Go to the SRA Homepage and click on the “submit” tab:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi?view=submissions

and login. Then click the “create new submission” button.

2) Next, as a part of your SRA submission, create an Experiment for each sequencing library you will be uploading data for, and link each Experiment to your BioProject and the corresponding BioSample (these should be the same ones used for your WGS submission) by entering the accessions (they look like PRJNA# and SAMN# respectively) in the text box provided for each during creation of your Experiment.

3) Create at least 1 run for each Experiment, during the creation of the runs you will give us information about the files you will upload to us such as file name, md5sum, etc. so we can verify we have received them error-free and can properly link them to your submission.

Please take a look at our quick start guide as it contains useful information for completing each of these steps: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47529/

Once you have finished entering this metadata for your submission, you can upload your files to us, the FTP information is displayed when you create a Run.
리눅스에서 ftp command로 5기가 조금 넘는 파일을 올리는데까지 성공했다. 30분 정도 걸린 듯.

GenBank만 해도 적지 않은 용량인데, SRA는 어떻게 유지하는 것일까?

출장길에 가져갈 카메라

국외 출장을 앞두고 항상 어떤 카메라를 가져갈 것인지 고민을 하게 된다. 예전에는 어딜 가든지 항상 SLR과 렌즈 몇 개를 챙겨 가는 것을 당연히 생각했었지만, 점차 게을러져서 그런지 무거운 카메라는 점점 손에서 멀어지게 된다. 내가 주력으로 쓰는 DSLR은 올림푸스 E-620으로서 매우 작고 가벼운 기종이지만, 이제는 이조차도 번거롭게 생각하고 있으니!

출장도 여행의 일종이므로 새로운 곳의 모습을 담기 위한 카메라를 챙긴다는 것은 결코 사소한 일이 아니다. 더군다나 학회에서는 발표 중의 슬라이드 화면을 찍기 위해 망원쪽으로 줌이 잘 되고 해상도가 좋은 카메라는 더욱 필요하다.

가장 최신의 정보를 담고 있는 슬라이드 화면은 초록집으로는 제공되지 않으며, 심각하게 따지자면 저작권의 문제가 있을 수 있지만 일반적으로 이를 사진으로 담는 것을 제재하지는 않는다. 아무리 연구 기밀이라 해도 발표 내용을 메모하거나 녹음하는 것까지 막을 수는 없지 않은가? 가장 보편적인 연구 기밀상의 제한은 파워포인트 자료를 주최측에 남기지 않고, 초록을 제외한 인쇄물을 허가하지 않는 정도이다. 연예인 행사에서는 초상권을 운운하면서(실제로는 소속사에서 연예인들의 이미지를 독점 관리하기 위한 상업적인 목적이 더 큰 것이겠지만) 일반 참가자들의 사진 촬영을 엄격하게 금지하는 경우도 있다고 하지만.

오랜 사진 취미를 갖고 있으면서 정작 쓸만한 카메라 가방이 없다는 것 역시 여행지에 가져갈 카메라를 고민하게 만드는 이유가 된다. 작고 매력적인 최신 카메라를 새로 구입한다면 기본 제공되는 주머니 정도로 모든 것이 다 해결된다. 그러나 돈이 든다!

아무래도 이번에는 파인픽스 s65000fd를 가져가게 될 것 같다. 렌즈 교환이 필요 없고, 크기에 비해서는 가볍고, 망가져도 크게 슬프지 않고. 구식 디카의 문제점은 고스란히 다 갖고 있다. 600만 화소에 불과한 해상도, 손떨림 방지 기능은 없으며 고감도에서 나타나는 노이즈는 정말 대단하다. 그렇지만 웹에 올릴 수준의 일상적인 수준을 실외에서 촬영하는 목적이라면 나쁘지는 않다. 비교적 빠른 렌즈(광각시 f/2.8), 35 mm 환산으로 28-300 mm의 나쁘지 않은 줌 레인지, 장점이자 단점인 전지 문제(AA 사용), 그리고 수동 줌 조작 등이 매력이다. E-620과 비해 더 나은 점이 있다면 보잘것 없지만 동영상을 찍을 수 있다는 점이다.

새 주소, blog.genoglobe.com으로 사이트 연결하기

지난 주에 새로 개설한 구글 사이트에 내 개인 도메인을 연결하면서, 구글 블로거 사이트도 덩달아 연결해 보았다. 도메인 등록과 네임서버는 가비아를 통해서 이용하고 있다. 약간의 시행 착오를 거쳐서 다음과 같이 설정을 완료하였다.

개인 홈페이지: www.genoglobe.com
블로그: blog.genoglobe.com

genoglobe.com이라는 네이키드 도메인을 주소창에 입력하여 홈페이지로 직접 연결되게 하면 더할 나위가 없겠지만, 유료 서비스인 Google Apps로 만든 사이트가 아니면 불가한 것으로 보인다.

이렇게 하여 인터넷 세상 안에 일관성 있는 나만의 공간을 마련하는 기초를 마련하였다. 진작에 집을 마련하여 살고 있었지만, 이제서야 제대로 된 주소 체계를 갖춘 격이다. 다만 무료 서비스에 기반한 사이트들이라 용량에 여유가 많지는 않다.

만일 필요에 의해 추후 웹호스팅 서비스를 사용하게 되고, 이를 works.genoglobe.com의 이름으로 연결하려면 어떻게 해야 할까? DNS 설정은 어렵다!

의사소통을 위한 헤어짐

   특히 북미 문화의 중심에서 큰 반향을 불러일으킨 인터넷은 비폭력에 대한 희망으로 가득 차 있으며, 평화로운 사회라는 유토피아의 매개물이기도 하다. 그런데 우리는 여기에서 접촉 없는 인간 관계, 다시 말해 직접적인 만남의 종말이라는 대가를 치러야만 한다. 인간 사회에서 새로운 연대감을 형성하기 위해 수도원만큼이나 엄격한 이런 조건들이 완전히 가상적인, 즉 정신적인 새로운 사회 관계에 대한 이상을 키워 나간다. 이러한 새로운 사회를 세우기 위해 우리는 우선 서로 헤어져야 하는 것이다.
   공감대를 형성하기 위해서는 의사소통해야 하고, 의사소통하기 위해서는 서로 헤어져야 한다.

<필립 브르통 저 "인터넷 숭배"에서 발췌>

구글 사이트에 도메인 연결하기

genoglobe.(com|net)이라는 개인 도메인을 소유하고 있다. 현재는 웹 호스팅을 하는 다른 서버에 도메인 포워딩을 해 놓은 상태이다. 곧 기간이 만료되어서 연장을 해야 할 처지에 놓였는데, 도메인을 두개나 유지한다는 것이 비용 측면에서 부담스러워서 genoglobe.com만을 남기기로 하였다.

웹 호스팅으로 유지되는 홈페이지는 도큐위키로 운영되고 있었다. 내용을 채우는 것만으로도 많은 수고가 들어가는데, 수시로 위키 엔진을 업데이트하라는 메시지가 부담스러워서 과감히 접기로 하고, 구글 사이트를 개설하여 여기에 genoglobe.com을 연결하기로 하였다.

구글 블로거를 쓰는 상황에서 별도의 개인 사이트를 쓰는 것이 과연 바람직한 일인지에 대해서 잠시 생각을 해 보았다. 내가 보유한 도메인을 연결하고, 구조화된 문서를 쓰는데에는 구글 사이트가 의미가 있으리란 결론을 내렸다.

genoglobe.com 도메인은 가비아를 통해 등록하였다. 그 동안 사용한 도메인 포워딩은 사실 완벽한 방법이 못된다. 내가 (1) mydomain.com이란 도메인을 소유하고 있고, 실제 웹사이트는 (2) aaa.bbb.com/my_site/라 하자. 유동 포워딩을 하면 (1)을 입력해서 연결이 일어나는 순간 주소창의 내용은 (2)로 바뀌게 된다. 고정 포워딩 역시 문제를 갖고 있다. 주소창에는 이제 (1)이 상시 표시되지만, aaa.bbb.com/my_site/second_page와 같이 사이트 내 하위 페이지로 이동을 해도 주소창에는 계속 (1)이 고정되어 나타나는 것이다.

이를 해결하려면 가비아의 네임플러스 서비스를 이용해야 한다. 실제 과정은 다음의 두 단계를 거쳐서 진행해야 한다.

1. 구글 웹마스터 도구로 로그인하여 mydomain.com을 등록하고 내가 소유한 도메인임을 알린다. 이 과정이 다소 까다로왔다.
2. DNS의 CNAME 정보를 수정하여 실제 연결이 일어나게 한다. 가비아의 네임플러스 서비스로 접속한 다음 CNAME 정보 관리 창에서 호스트 이름(별칭)에 www를, 값/위치에 ghs.google.com.을 입력한다. com 뒤에 점(.)을 찍어야 함을 잊지 말 것. 구글의 공식 도움말은 여기를 참조하라.

구글 도움말의 특징은 비록 한글로 작성되어 있지만 아무리 읽어도 도대체 어떻게 하라는 것인지가 잘 와 닿지 않는 경우가 많다는 것. 어쨌든 https://sites.google.com/site/jeong0449/라는 평범한 이름의 주소를 내가 소유한 도메인 하의 주소인 http://www.genoglobe.com/으로 성공적으로 연결하였으니 이제는 레이아웃을 잘 꾸미고 내용을 잘 채워나가는 일만 남았다. 구글 블로거와 조화롭게 운영하는 것도 남은 숙제라 하겠다.

블로그의 20가지 정의(Debbie Weil)

책을 읽다가 Debbie Weil의 '블로그 정의 20가지'라는 글을 읽었다. 공감이 가는 글이라 여기에 옮겨 본다. 원본의 제목은 Top 20 definitions of blogging이다.

1. 편집되지 않은 진실한 자기표현
2. 인스턴트 출판 도구
3. 빠른 업데이트가 이루어지는 온라인 저널
4. 아마추어 저널리즘
5. 웹에 혁명을 가져다 줄 도구
6. 유권자나 독자와 소통하는 방법
7. 대중 매체의 대한
8. 학생들에게 글쓰기란 무엇인지 가르치는 도구
9. 고객과의 새로운 소통 방법
10. 대기업 안의 새로운 지식 관리 틀
11. 자아도취자들과 다른 누군가를 위한 새로운 소통 수단
12. 실업자가 되었을 때 전업 블로거라는 직함을 줄 수도 있는 것
13. 긴 수필을 대신하는 짧은 글 쓰기
14. 모두에게 보내는 이메일
15. 즐겁게 말할 수 있는 엉뚱한 단어
16. 명확한 목소리와 개성을 담을 글쓰기
17. 칵테일 파티에서 어색하지 않을 수 있는 화젯거리
18. 나의 이력서에 추가될 URL
19. 휴대전화로 할 수 있는 일
20. 엄마가 읽지 않기를 바라는 것

김중태, 세상과 소통하는 지름길, 블로그 교과서(멘토르 2009).

구글 플러스 프로필의 이름을 바꿀 수는 없을까?

서양에서는 이름+성의 순서를 쓰므로, 우리나라 사람이 영문으로 이름을 쓰려면 Haeyoung Jeong과 같은 방식을 택해야 한다고 생각해 왔다. 명함, 논문에 들어가는 이름, 구글 플러스의 이름 등이 전부 이러한 방식으로 되어 있다.

그런데 요즘 외국 언론에서 언급되는 우리나라 사람들의 이름 영문 표기를 보면 우리나라의 국어 현실을 충실히 반영해 주고 있다.

Kim Yuna (김연아)

굳이 영미식으로 이름+성 순서를 따를 필요가 없는 것이다. 이러한 취지에 공감하여 내가 운영하고 있는 블로그 사이트의 프로필 정보를 수정하기 시작했는데, Google Plus 프로필의 영문 이름을 고치려고 아무리 노력을 해도 도대체 어디서 해야 하는지 알 수가 없다.

구글 플러스 프로필의 이름을 2년에 최대 세 번까지 고칠 수 있다고 한다(근거). 그런데 도대체 어디서? 닉네임까지는 변경이 되지만, 이름을 고치는 메뉴는 보이질 않는다. 이메일 전송이나 웹 양식을 채워서 문의를 구글로 보내는 창구도 마땅히 눈에 뜨이지 않는다. 어떻게 하는 것이 좋을까?

포스팅 횟수가 점점 줄어드는구나...

독서량도, 블로그를 통한 포스팅 횟수도 점점 줄어들고 있다. 업무로 인하여 더 바쁜 나날을 보내고 있지만 생활은 점점 건조해지고 있는 것인지...

지난 주에 박스 속에 몇 달을 갖혀 있었던 믹싱 콘솔과 야마하 TG-300 모듈을 꺼내고, 건반을 다시 방으로 들여 놓았다. 믹싱 콘솔은 내 음악 취미 생활에서 일종의 '허브' 역할을 한다. 아이패드와 스마트폰, 각종 음원 등 소스를 번갈아 끼워 가면서 콘트롤 노브 하나만 건드려서 액티브 스피커를 울리는 재미가 제법 쏠쏠하다. 왜 이런 즐거움을 한참이나 잊고 있었을까?

아이패드용 카메라 연결 키트에 USB 미디 키보드 콘트롤러를 연결하여 개러지 밴드의 음원을 쓸 수 있다는 것은 이미 알고 있었다. 그런데 케이블 형태의 구형 미디 콘트롤러도 이와 같이 연결하여 아이패드의 소프트 음원을 쓸 수 있었다. PC에서는 운영체제의 버전을 타기 때문에 무려 두 개의 미디 인터페이스를 갖고 있었는데, 놀랍게도 XP에서만 인식이 되는 케이블형 미디 인터페이스는 아이패드의 개러지 밴드와 잘 맞물리고 있다. 다른 종류의 앱에서도 똑같이 작동한다는 보장은 없지만, 완전히 버려질 것으로만 생각했던 구식 물건이 이렇게 다시 쓸모를 찾게 된다.

두 개 갖고 있던 개인용 도메인은 일년이 지나서 갱신을 할 때에 이르렀다. 구글 블로거와 별도의 위키 사이트를 알뜰하게 운영한다는 것이 정말 어렵다. 도메인 두 개는 호스팅을 시킨 하나의 웹 사이트를 향하고 있는데, 비용 절감 차원에서 genoglobe.com만 남겨 두기로 했다.

연구실 책상 환경도 부서 이동 후 3개월이 지나면서 비로소 안정화가 되었다. 대형 모니터 하나와 노트북 컴퓨터 하나로 깔끔하게 정리가 되었다.

이제 남은 일은? 공부, 소통, 그리고 궁리(窮理)하기!