먼저 [HMA](Haeyoung's Microarray Analysis)로 시작하는 글들은 웹을 통해 마이크로어레이 데이터 분석 방법을 소개하는 목적으로 쓴 글이 아님을 분명히 밝혀 둔다. 1998-1999년에 cDNA microarrayer와 scanner를 직접 만들어보고자 노력을 한 일이 있었으나, 실제 나만의 microarray data를 얻은 것은 작년이 처음이었다. 스탠포드대의 패트릭 브라운에 의해 이 개념이 도입되어 널리 퍼진지도 벌써 15년 가까운 세월이 흘렀다. 나는 그 사이에 오로지 미생물 genome sequencing/analysis에만 매달려 있었고, microarray 실험이 돌아가는 것을 옆에서 보기만 하였지 직접 내 손으로 해 본 일은 없었다.
이제 세월이 많이 흘러서 더 이상 컴퓨터를 이용한 기능 예측에만 머물 수는 없게 되었다. 그동안 애써 외면하고(?) 있었던 마이크로어레이 실험과 분석에 대한 경험을 직접 쌓아야 될 필요성을 절실히 느끼게 되어, 이제 나름대로 공부를 시작하면서 관련 정보들을 기록하기 위해 이 글을 시작하게 된 것이다. 나 자신도 이제 시작하는 입장일진대, 감히 다른 입문자를 위한 길잡이 노릇을 할 생각은 언감생심이로다.
자, 그러니 혹시 마이크로어레이 데이터 분석에 대한 기초를 공부하고자 웹 검색을 통해서 이 블로그를 들어오신 분은 실망하셔도 어쩔 수 없다. 그런 개인적인 목적으로 작성한 글이라면 뭐하러 웹에 공개하느냐고 물으신다면... 사무실이든 집이든 편하게 글을 작성하기 위해서 그렇게 결정했다고 어줍잖은 변명을 늘어놓으련다.
나에게 있는 것은 무엇인가? Perl에 대한 지식, 몇 편의 논문과 단행본, 그리고 몇 장의 GenePix 4000B 데이터들이다. 기본적으로 R을 이용한 데이터 분석을 시도해 볼 것이다. 필요하다면 TM4 software suite의 MultiExperiment Viewer나 CLC Genomics Workbench(상용)도 시도해 볼 것이다. 그러나 기본을 이해하는 데에는 R이 좋은 환경인것 같다.
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