TV 프로그램은 나날이 진화해 간다. 정보와 오락, 교육의 경계가 점차 모호해지고 있으며, 진지함은 사라지고 점차 가벼워지고 있다. 모든 TV 프로그램의 기저에 깔린 대전제는 바로 '흥미'라는 것이다.
요즘에는 모든 프로그램은 연출자나 작가에 의해 짜여진 대본이 있다는 명확한 원칙을 시청자로 하여금 잊게 만드는 교묘한 프로그램이 매우 많다. 특히 케이블 TV 채널이 많아지면서 '정말 이런 프로그램이 필요할까?' 싶은 정도의 농담 따먹기식 시간 때우기 프로그램이 너무 많아서 눈살을 찌푸리게 하는 것도 현실이다. 출연진도 정말 다채롭다. 코메디언이나 개그맨, 운동선수, 전현직 교수, 문화평론가, 현직 변호사와 의사, 연예부 기자, 심지어 전직 국회의원까지... 그들 중 일부는 프로그램에서 다루는 과거의 사건을 직접 취재하거나 직간접적으로 관여했기에 경험에서 우러나오는 이야깃거리를 풍부히 갖고 있겠지만, 대부분은 그렇지 않을 것이다. 결국 짜여진 대본을 몇 번 사전에 검토한 뒤 자기 것으로 만들어서 되도록 자연스럽게 이야기하는 것에 불과하지 않은가?
특히 요즘 내가 불편하게 느끼는 프로그램은 선택받은 일부 연예인들의 어린 자녀를 등장시키는 것들이다. 화면에 비추어진 것만으로 판단한다면 순진무구한 아이들이 성장하는 모습, 그리고 정말 육아에 헌신적인 '깨어있는' 연예인 부모들의 모습이 시청자들에게 아름답게 보일 것이다. 그러나 단지 연예인의 자녀라는 선택된 아이라는 이유만으로 너무나 호화로운 주거환경과 체엄 등을 '즐기는' 모습이 나에게는 점점 불편하게 느껴진다. 그들이 촬영에 임하는 자세에 진실성이 없다고는 할 수 없겠으나, 방송을 탄 특정 캠핑장이나 교육시설이 어쩌면 자연스런 그들의 생활 일부가 아니라(그들에게는 자연스러운 생활의 일부라 해도 많은 일반인에게는 접하기 어려운 수준일 수도 있다) 기획에 의해서 선정된 간접광고 또는 PPL이 전혀 아니라고 말할 수 있을까? 심지어 이러한 방송 덕분에 그 연예인이 사는 동네의 집값이 오르는 부수적인 효과도 누리고 있다니 정말 기가 막힐 노릇이 아닐 수 없다.
그래서 출연자 주변에서 하루 종일 카메라가 돌아가는 이런 식의 프로그램이 나는 싫다. 출연자들이 받는 스트레스도 상당하지만, 철저한 기획과 편집을 거쳐서 최종적으로 TV 화면에 나오는 모습이 사전에 짜여진 대본 없이 자연스럽게 이루어진 것이라는 환상을 시청자들에게 심어주기 때문이다. 마치 신문 지면에서 <전면광고>를 실제의 기사와 구별하는 것이 중요하듯이, TV 프로그램 역시 이것이 어떤 의도와 프레임 하에서 만들어진 것인지를 명확히 선언해야 한다고 생각한다.
그렇다. 카메라가 녹화 중이라면 그것이 찍히는 곳이 출연자의 집이든, 체험교실이든, 길거리든 그것은 출연자의 직장이며 일터가 되는 것이다. 이런 프로그램은 절대 다큐멘터리가 아닌 것이다.
식품과 관련한 고발 프로그램으로 인기를 끌었던 모 방송 PD가 식음료 광고에 직접 출연하여 논란이 되고 있다. 방송에 종사하는 사람에게 지워지는 잣대는 그만큼 엄중한 것이다.
[맺는 말]
방송에서 흔히 쓰는 '예능(藝能) 프로그램'이라는 말은 대단히 부적절하다고 생각된다. 이는 빨리 다른 용어로 바뀌어야 한다.
2015년 3월 29일 일요일
2015년 3월 26일 목요일
스피커 1호기 완성
이전 글: http://blog.genoglobe.com/2015/03/4-full-range-speaker-unitf120u73-3.html
우연한 기회에 구입한 풀레인지 스피커에 통을 입하는 작업을 끝냈다. 배보다 배꼽이 더 큰 일이었음을 솔직히 고백한다. 통은 경기도 일산에 있는 체리사운드에서 주문 제작하였다. 12 mm MDF 재질에 무늬목+수성도료 마감을 하였다. 전면의 구멍 직격은 107 mm이다. 스피커 크기만 제시하고 나머지는 제작자의 제안대로 한 것이다. 앞면 하단이 뚫린 심플한 타입으로 흡음재는 아직 전혀 넣지 않았다.
우연한 기회에 구입한 풀레인지 스피커에 통을 입하는 작업을 끝냈다. 배보다 배꼽이 더 큰 일이었음을 솔직히 고백한다. 통은 경기도 일산에 있는 체리사운드에서 주문 제작하였다. 12 mm MDF 재질에 무늬목+수성도료 마감을 하였다. 전면의 구멍 직격은 107 mm이다. 스피커 크기만 제시하고 나머지는 제작자의 제안대로 한 것이다. 앞면 하단이 뚫린 심플한 타입으로 흡음재는 아직 전혀 넣지 않았다.
이미 통을 만들어 본 네이버 카페 회원들의 의견에 따라서 부족한 고음을 보충하기 위해 외부에 트위터를 하나 달았다. 트위터로 연결되는 선에만 3.3 uF 50 V 전해콘덴서를 하나 달았다.
스피커 제작은 처음이라서 소리에 대해서 뭐라고 논할 수준이 아직은 되지 못한다. 고음 스피커를 달기를 잘 했다고 생각한다. 비록 하나에 4천원에 불과한 저가형이지만. 어설프게 재단부터 조립까지 전부를 자체제작하는 것으로 1호기를 경험하지 않은 것이 다행이다. 사용 목적은 사무실 책상에 놓고 음악을 듣기 위함이다.
2015년 3월 25일 수요일
음악 연주에서 비브라토란
낙소스 웹 라디오에서 클라리넷 연주가 흘러나온다. 대부분의 악기는 연주 시 비브라토를 이용한다. 그러나 고전 음악에서 클라리넷은 비브라토를 쓰지 않는 유일한 악기이다. 기술적으로 도저히 비브라토를 낼 수 없는 악기도 물론 존재한다. 예를 들어 피아노. Synthesizer라면 애프터터치를 할 수 있지만 :)
간혹 바이브레이션이라는 용어를 보는데, 이는 잘못된 표현이라 한다.
만약 비브라토를 쓰는 클라리넷 연주를 듣는다면 어떤 느낌일까? 다른 관악기와 달리 왜 클라리넷은 비브라토를 쓰지 않는 것이 전통이 되었을까? 유튜브를 검색하면 비브라토를 사용한 클라리넷 연주 동영상을 찾을 수 있을지도 모르겠다.
나이가 들면 노래를 부르는데 어느 정도의 기술(?)이 쌓이게 되고, 거의 천편일률적으로 비브라토를 쓰게 된다. 비브라토를 쓰면 마치 노래를 잘 부르는 것과 같은 착각을 불러일으키기도 한다.
클라리넷 연주를 듣고 있노라니 마치 기교를 익히기 이전의 목소리로 부르는 노래를 듣는 느낌이라서 매우 신선하다.
간혹 바이브레이션이라는 용어를 보는데, 이는 잘못된 표현이라 한다.
만약 비브라토를 쓰는 클라리넷 연주를 듣는다면 어떤 느낌일까? 다른 관악기와 달리 왜 클라리넷은 비브라토를 쓰지 않는 것이 전통이 되었을까? 유튜브를 검색하면 비브라토를 사용한 클라리넷 연주 동영상을 찾을 수 있을지도 모르겠다.
나이가 들면 노래를 부르는데 어느 정도의 기술(?)이 쌓이게 되고, 거의 천편일률적으로 비브라토를 쓰게 된다. 비브라토를 쓰면 마치 노래를 잘 부르는 것과 같은 착각을 불러일으키기도 한다.
클라리넷 연주를 듣고 있노라니 마치 기교를 익히기 이전의 목소리로 부르는 노래를 듣는 느낌이라서 매우 신선하다.
6N2P to 12DT8 adapter 완성
알리익스프레스에서 주문한 tube socket saver 2개가 어제 배달되었다.
한쪽에서는 5번, 다른 한쪽에서는 4번 핀을 잘라내어 앰프와는 접속을 하지 못하게 한 뒤 서로 연결하였다. 다음과 같은 배선이 된 것이다.
(전원 트랜스) -----> L(4, 5)------> R(4, 5) -------> (전원트랜스)
실제 상황은 다음 링크1, 링크2의 그림을 보는 것이 이해하기 쉬울 것이다. 이렇게 하여 만든 어댑터를 앰프에 꽂고 여기에 6N2P를 꽂았다. 모든 진공관의 높이가 딱 맞는다.
한쪽에서는 5번, 다른 한쪽에서는 4번 핀을 잘라내어 앰프와는 접속을 하지 못하게 한 뒤 서로 연결하였다. 다음과 같은 배선이 된 것이다.
(전원 트랜스) -----> L(4, 5)------> R(4, 5) -------> (전원트랜스)
실제 상황은 다음 링크1, 링크2의 그림을 보는 것이 이해하기 쉬울 것이다. 이렇게 하여 만든 어댑터를 앰프에 꽂고 여기에 6N2P를 꽂았다. 모든 진공관의 높이가 딱 맞는다.
음질에는 별다른 문제가 없다. 명목상 12DT8보다 게인이 높으므로 좀 더 큰 소리가 나는것 같기도 하다. 이렇게 하여 싼 값에 구입한 6N2P를 마르고 닳도록 쓸 수 있는 방법을 확보한 셈이 된다.
초단관보다는 출력관의 교체 주기가 더 짧을 것이다. 눈독을 들이던 10개 묶음이 ebay에서 갑자기 팔려버린 사실이 너무나 안타깝다.
2015년 3월 24일 화요일
앰플리파이어와 스피커의 임피던스 정합 문제
파워 혹은 인티그레이티드 앰플리파이어의 출력부, 즉 스피커와 연결하는 터미널을 살펴보면 보면 8옴이라는 수치가 적혀있는 경우가 많다. 이것은 8옴 스피커와 연결하는 것이 가장 좋다는 뜻이다. 이를 확대 해석하면, ‘앰프의 내부(출력) 임피던스가 8옴이므로 여기에 연결되는 스피커의 임피던스도 8옴으로 맞추어야 한다’라고 생각하기 쉽다. 그러나 이것은 오해다. 앰프의 출력 임피던스는 거의 언제나 0.1옴 혹은 그보다 작다. 오디오 기기의 연결에서 임피던스는 서로 같게 맞추어야 하는 것이 아니다. 이는 RF 회로의 송수신이나 안테나에서 필요한 것이다. 임피던스가 같아야 최대의 파워가 전달되기 때문이다(신호의 왜곡을 최소화하는 임피던스 비율은 약간 다르다). 반면 오디오 기기에서는 (이전 장치의 출력 임피던스) << (다음 장치의 입력 임피던스)가 되게 하는 것이 정답이다.
‘출력 임피던스가 몇 옴’ 수준이나 되는 앰플리파이어는 없다. 그렇게 높은 값을 갖고 있지도 않거니와, 대부분의 앰플리파이어는 출력 임피던스를 명시하지도 않는다. 만일 댐핑 팩터가 알려져 있다면 계산은 가능하다.
모든 현대적인 앰플리파이어 출력단에서 권장하는 임피던스와 2:1 범위 내에서 차이가 발생하는 것을 허용한다. 단 이것만 기억해 두면 된다. 스피커의 임피던스가 지나치게 낮으면 앰플리파이어에서 더 많은 전류를 뽑아내려 하므로, 앰플리파이어어가 과열하거나 무리하지 않도록 주의를 기울이면 된다. 낮은 옴 수의 스피커를 연결하면 같은 소스, 같은 볼륨 위치에서 더 큰 소리가 난다는 것을 우리는 잘 알고 있다. 이 상태에서 볼륨을 지나치게 올리면 찌그러짐이 발생하면서 앰플리파이어가 힘들어 하기 시작할 것이다. 적절한 레벨을 유지하도록 볼륨을 조절하면 된다.
인터넷을 검색해 보면 “4옴 스피커에 4옴 저항을 달아서 앰플리파이어가 권장하는 8옴에 맞추면 어떻게 되나요?”라는 질문이 무척 많이 있다. 앰프를 보호하기 위한 목적이라면 좋다. 그러나 스피커에서 나오는 음량이 1/4 수준으로 줄어들게 되고, 주파수 특성에도 영향을 미치게 되므로 Hi-Fi적인 측면에서는 그다지 권장할 것은 아니다. 저항과 같은 군더더기를 달지 말고, 적절히 볼륨 놉을 돌려서 조절하라.
앰플리파이어에서 지정한 것보다 더 높은 임피던스의 스피커를 연결한 경우는 앰플리파이어에게는 문제가 되지 않는다. 소리가 더 작게 날뿐이다. 다만 진공관 앰플리파이어는 약간 다르다. 연결한 스피커의 임피던스가 너무 높거나 개방 상태(무한대 저항)이면 출력단에 고전압이 유도되어 스파크가 일거나 부품이 타는 경우가 있다고 한다. 물론 입력측에 아무 신호가 없다면 별 문제가 발생하지는 않을 것이다. 앰플리파이어와 스피커를 수시로 전환하여 연결해야 하는 일렉트릭 기타 연주자의 경우 진공관 앰플리파이어 출력부에 150-220옴 정도의 dummy load를 상시 연결하는 경우도 있다고 한다. 요즘은 16옴 스피커가 그렇게 흔하지 않으니 별로 신경을 쓰지 않아도 좋을 것이다.
[이상은 인터넷에서 찾아 공부한 내용을 기반으로 작성한 글임]
2015년 3월 16일 월요일
새로운 숙제 - 4인치 full-range speaker unit(F120U73-3)을 입수하다
[2015년 3월 25일 추가 작성] 제조사의 공식 자료에 의하면 5인치 풀레인지 스피커로 나와있다. 스피커의 정확한 직경은 도대체 어디를 기준으로 하는가? 엣지? 배플에 뚫어야 하는 컷아웃?(전면 혹은 후면 장착이냐에 따라 다름), bolt circle diameter?
원래 스피커 시스템 자작에는 큰 관심을 두고 있지 않았었다. 네이버 스피커 공작 카페에서 F120U73-3이라는 오래된 풀레인지 유닛(임피던스 4옴, 정격 35W, 최대 입력 120W)을 25조 내놓아서 이를 덥썩 구입하였다. 가격은 1만원. Massive라는 브랜드의 노래방/PA 스피커(모델명 OE-637)에 유닛으로 들어있던 모델이라 한다.
Vertrag 전면의 그릴을 벗기고 같이 사진을 찍어 보았다.
고정용 나사구멍을 기준으로 한 직경은 119 mm이다. 유닛에만 선을 연결하고 잠시 소리를 들어보았다. 인클로우저가 없으니 당연히 저음은 부실하다. 통을 만들어 수납해도 그렇게 나쁠 것 같지는 않다는 느낌이 든다. 유닛의 모델번호를 가지고 인터넷을 검색하니 Tokyo Cone Paper MFG. Co.라는 회사에서 오래전에 만들어진 단종 모델로 보인다. 현재 생산 중인 것은 F120U73-9라는 8옴 모델이다. 내가 구입한 구형 모델과 비교해 보면 임피던스와 출력 등에서 차이가 있고 고역 특성이 더 좋아졌다.
제조사에 이메일을 보내서 F120U73-3의 데이터 시트를 입수하였다. 검사 일자를 보니 꽤 오래전 모델인듯. 카페의 게시판에 첨부 파일 형태로 올렸는데 혹시 문제가 되지는 않을까?
이것을 가지고 앞으로 어떻게 하는 것이 좋을지 아직은 특별한 아이디어가 없다. 4인치급의 유닛이라서 일반적인 위상반전형 인클로우저를 만들면 아마도 저음이 많이 부족할 것이다. 꽤 오래전에 철천지에서 18 mm 코팅 합판을 사서 건반 받침을 만들어 쓰다가 지금은 해체 놓은 것이 있다. 이걸 적절히 잘라서 대충 박스형으로 짜 볼것인가? 집에서는 공구가 없어서 작업을 할 수가 없다. 근처에 DIY 가구 공방이 혹시 있는지 모르겠다. 유닛을 고정할 구멍을 뚫는 것이 정말 큰 문제다. 서클 커터는 너무나 위험한 물건이라서 스피커 공작 카페에서도 권하지 않는다. 아니면 인클로우저를 전문으로 제작하는 곳에 주문할 것인가? 어떤 선택을 하든 구입한 유닛 가격보다는 돈이 더 들 것이다.
천천히 고민을 해 보고 나서 다음 중 하나로 결정해야 되겠다. 하도 체리사운드를 들락거린 덕분에 한번도 청음하거나 실제보 보지도 못한 스피커 시스템 이름을 조금은 알게 되었다.
- 아리스토크랫, 알텍 A5, JBL 4530 등의 미니어쳐 모델
- 백로디드 혼 구조
- 일반적인 혼 구조(소편성 음악을 잔잔히 듣고 싶다면...)
- www.square-furniture에서 판매하는 제품 중 하나
일단 집에 가져가서 통은 없는 상태 그대로 진공관 앰프에 걸어 봐야 되겠다. 앰프의 출력 임피던스는 8옴이니 최적 조합은 아니겠지만.
원래 스피커 시스템 자작에는 큰 관심을 두고 있지 않았었다. 네이버 스피커 공작 카페에서 F120U73-3이라는 오래된 풀레인지 유닛(임피던스 4옴, 정격 35W, 최대 입력 120W)을 25조 내놓아서 이를 덥썩 구입하였다. 가격은 1만원. Massive라는 브랜드의 노래방/PA 스피커(모델명 OE-637)에 유닛으로 들어있던 모델이라 한다.
Vertrag 전면의 그릴을 벗기고 같이 사진을 찍어 보았다.
고정용 나사구멍을 기준으로 한 직경은 119 mm이다. 유닛에만 선을 연결하고 잠시 소리를 들어보았다. 인클로우저가 없으니 당연히 저음은 부실하다. 통을 만들어 수납해도 그렇게 나쁠 것 같지는 않다는 느낌이 든다. 유닛의 모델번호를 가지고 인터넷을 검색하니 Tokyo Cone Paper MFG. Co.라는 회사에서 오래전에 만들어진 단종 모델로 보인다. 현재 생산 중인 것은 F120U73-9라는 8옴 모델이다. 내가 구입한 구형 모델과 비교해 보면 임피던스와 출력 등에서 차이가 있고 고역 특성이 더 좋아졌다.
제조사에 이메일을 보내서 F120U73-3의 데이터 시트를 입수하였다. 검사 일자를 보니 꽤 오래전 모델인듯. 카페의 게시판에 첨부 파일 형태로 올렸는데 혹시 문제가 되지는 않을까?
이것을 가지고 앞으로 어떻게 하는 것이 좋을지 아직은 특별한 아이디어가 없다. 4인치급의 유닛이라서 일반적인 위상반전형 인클로우저를 만들면 아마도 저음이 많이 부족할 것이다. 꽤 오래전에 철천지에서 18 mm 코팅 합판을 사서 건반 받침을 만들어 쓰다가 지금은 해체 놓은 것이 있다. 이걸 적절히 잘라서 대충 박스형으로 짜 볼것인가? 집에서는 공구가 없어서 작업을 할 수가 없다. 근처에 DIY 가구 공방이 혹시 있는지 모르겠다. 유닛을 고정할 구멍을 뚫는 것이 정말 큰 문제다. 서클 커터는 너무나 위험한 물건이라서 스피커 공작 카페에서도 권하지 않는다. 아니면 인클로우저를 전문으로 제작하는 곳에 주문할 것인가? 어떤 선택을 하든 구입한 유닛 가격보다는 돈이 더 들 것이다.
천천히 고민을 해 보고 나서 다음 중 하나로 결정해야 되겠다. 하도 체리사운드를 들락거린 덕분에 한번도 청음하거나 실제보 보지도 못한 스피커 시스템 이름을 조금은 알게 되었다.
- 아리스토크랫, 알텍 A5, JBL 4530 등의 미니어쳐 모델
- 백로디드 혼 구조
- 일반적인 혼 구조(소편성 음악을 잔잔히 듣고 싶다면...)
- www.square-furniture에서 판매하는 제품 중 하나
일단 집에 가져가서 통은 없는 상태 그대로 진공관 앰프에 걸어 봐야 되겠다. 앰프의 출력 임피던스는 8옴이니 최적 조합은 아니겠지만.
Geneious R8 기능 익히기
Geneious는 분자생물학자를 위한 GUI 기반의 서열 분석 프로그램이다. CLC Genomics Workbech에서 다루어지지 않는 기능을 보충하고자 2년 전에 구입했었다. 당시에는 genome 수준의 alignment 기능만 조금 활용했었는데, 올해 발표된 R8에는 유용한 기능들이 많이 눈에 뜨여서 업데이트를 하였다. 외부 프로그램을 플러그인 형태로 지원한다는 것도 CLC Genomics Workbench와 유사하다. Blast2GO (PRO)플러그인은 오직 CLC Genomics Workbench와 Geneious에만 있다. 일주일짜리 free trial만 제공하니 제대로 쓰려면 정식으로 라이센스를 구입하는 것이 좋을듯.
Geneious의 공식 매뉴얼은 여기에 있다(온라인 혹은 다운로드). 튜토리얼은 zip 파일을 다운로드하여 압축을 풀지 말고 임포트를 하면 된다. 튜토리얼을 직접 만들어서 올릴 수도 있다.
Blast2GO PRO에 가입하면 CloudBlast를 쓸 수 있다. CloudBlast란 대용량 BLAST 작업을 할 수 있도록 제공되는 클라우드 기반의 community resource이다. 꽤 빠른 편이다.
새로운 GUI tool에 익숙해지려면 사용자의 데이터가 프로그램에서 어떻게 취급되는지를 아는 것이 중요하다. 예를 들어 Geneious에서는 genome assembly 결과물과 같은 multiple FASTA file을 임포트하면 이대로는 선택을 할 수 없고, 반드시 Sequence -> Extract Sequences from List...로 처리해야 한다.
지금은 Geneious에서 glimmer로 ORF를 예측한 다음 일괄적으로 번역하여 blast2go와 interproscan을 실시하는 중이다... 으헉, Blast2GO Pro free trial이 만료되어서 결과가 다 사라져 버렸네... CLC Genomics Workbench에서는 염기서열에서 ORF 혹은 CDS feature를 일괄 translation하는 기능이 있는가? 물론 여기에 있다.
다음으로는 NGS de novo assembly를 해 보자. 박테리아용 paired end data 한 조를 불러들이고 assembly를 실행시키니 메모리가 부족하다면서 진행을 안한다. CLC는 어떻게 해서든 융통성을 발휘하는데 Geneious는 그렇지를 못하다. Tools -> Preference -> General 탭에서 사용 가능한 최대 메모리가 겨우 1000 MB로 되어 있어서 이를 왕창 늘려 보았다(수퍼유저 권한 필요).
할당된 메모리를 늘리고 다시 Geneious를 시동한다. De novo assembly에서 사용할 데이터를 %로 조절할 수 있다. Assembler는 MIRA, Velvet, CAP3, 그리고 Geneious가 준비되어 있다. 넷 중에서 Geneious로 설정하고 일루미나(101x2) 데이터 약 5천만 read를 시험삼아 돌려보는 중인데 트리밍 작업에서조차 시간이 많이 걸린다. 트리밍을 끝내고 가까스로 다음 단계로 접어들었지만 같은 컴퓨터에서 CLC Genomics Workbench로 돌리는 것과 비교하면 이건 뭐... 오늘 중에 끝나긴 틀렸다(실제로 대장균 assembly하는데 15시간 소요). 이런 속도라면 일반적인 NGS 자료 처리에 쓰기에는 부족하다. 물론 CLC Genomics Workbench와는 가격 면에서 비교하기가 어려운 툴이니 이해하도록 하자. Read mapping에서는 Geneious의 것이 우수하다는 whitepaper가 있으니 참고할 일이다.
아직 모든 기능을 경험하지는 않았지만, 일단은 Blast2GO 실행이나 graphical report를 작성하는 가벼운 용도로 활용해 보자.
[2015년 3월 17일 추가 작성] 어제 15시간이나 걸렸던 대장균 데이터를 K-12 MG1655에 매핑하는 테스트를 진행 중이다. mapper는 bowtie(v1 & 2), tophat, 그리고 Geneious 자체. 이번에는 상식적인 시간 안에 끝날 것으로 생각된다. whitepaper에서 자랑(?)을 했던 Geneious 자체 매퍼를 돌리고 있다.
Geneious의 공식 매뉴얼은 여기에 있다(온라인 혹은 다운로드). 튜토리얼은 zip 파일을 다운로드하여 압축을 풀지 말고 임포트를 하면 된다. 튜토리얼을 직접 만들어서 올릴 수도 있다.
Blast2GO PRO에 가입하면 CloudBlast를 쓸 수 있다. CloudBlast란 대용량 BLAST 작업을 할 수 있도록 제공되는 클라우드 기반의 community resource이다. 꽤 빠른 편이다.
새로운 GUI tool에 익숙해지려면 사용자의 데이터가 프로그램에서 어떻게 취급되는지를 아는 것이 중요하다. 예를 들어 Geneious에서는 genome assembly 결과물과 같은 multiple FASTA file을 임포트하면 이대로는 선택을 할 수 없고, 반드시 Sequence -> Extract Sequences from List...로 처리해야 한다.
지금은 Geneious에서 glimmer로 ORF를 예측한 다음 일괄적으로 번역하여 blast2go와 interproscan을 실시하는 중이다... 으헉, Blast2GO Pro free trial이 만료되어서 결과가 다 사라져 버렸네... CLC Genomics Workbench에서는 염기서열에서 ORF 혹은 CDS feature를 일괄 translation하는 기능이 있는가? 물론 여기에 있다.
다음으로는 NGS de novo assembly를 해 보자. 박테리아용 paired end data 한 조를 불러들이고 assembly를 실행시키니 메모리가 부족하다면서 진행을 안한다. CLC는 어떻게 해서든 융통성을 발휘하는데 Geneious는 그렇지를 못하다. Tools -> Preference -> General 탭에서 사용 가능한 최대 메모리가 겨우 1000 MB로 되어 있어서 이를 왕창 늘려 보았다(수퍼유저 권한 필요).
할당된 메모리를 늘리고 다시 Geneious를 시동한다. De novo assembly에서 사용할 데이터를 %로 조절할 수 있다. Assembler는 MIRA, Velvet, CAP3, 그리고 Geneious가 준비되어 있다. 넷 중에서 Geneious로 설정하고 일루미나(101x2) 데이터 약 5천만 read를 시험삼아 돌려보는 중인데 트리밍 작업에서조차 시간이 많이 걸린다. 트리밍을 끝내고 가까스로 다음 단계로 접어들었지만 같은 컴퓨터에서 CLC Genomics Workbench로 돌리는 것과 비교하면 이건 뭐... 오늘 중에 끝나긴 틀렸다(실제로 대장균 assembly하는데 15시간 소요). 이런 속도라면 일반적인 NGS 자료 처리에 쓰기에는 부족하다. 물론 CLC Genomics Workbench와는 가격 면에서 비교하기가 어려운 툴이니 이해하도록 하자. Read mapping에서는 Geneious의 것이 우수하다는 whitepaper가 있으니 참고할 일이다.
아직 모든 기능을 경험하지는 않았지만, 일단은 Blast2GO 실행이나 graphical report를 작성하는 가벼운 용도로 활용해 보자.
[2015년 3월 17일 추가 작성] 어제 15시간이나 걸렸던 대장균 데이터를 K-12 MG1655에 매핑하는 테스트를 진행 중이다. mapper는 bowtie(v1 & 2), tophat, 그리고 Geneious 자체. 이번에는 상식적인 시간 안에 끝날 것으로 생각된다. whitepaper에서 자랑(?)을 했던 Geneious 자체 매퍼를 돌리고 있다.
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