정해영의 블로그 - JEONG Haeyoung's blog
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next-generation sequencing
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2015년 11월 17일 화요일
khmer 유틸리티와 파이썬
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요즘은 deep metagenome sequencing data로부터 미생물 유전체를 재구성하는 방법에 대해 공부를 하는 중이다. 내년에는 MinION 플랫폼도 경험을 좀 해봐야 하는데... 하루가 멀다하고 새로운 기술이 나오는 것이 그렇게 반갑지는 ...
2015년 9월 14일 월요일
[Next-Generation Sequencing] Mapping과 관련한 수치 구하기
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SAM/BAM 파일에서 mapping과 관련한 수치를 뽑는 방법을 one-liner 철학에 입각하여 정리해 보도록 하겠다. 물론 다른 프로그램을 사용하면 좀 더 고차원적인 수치를 뽑을 수도 있을 것이다. 이 글을 쓰면서 추구하는 것은 되도록 적은 수...
2015년 9월 10일 목요일
[Next-Generation Sequencing] Variant calling 작업의 오류 해결과 Bowtie 2
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다음 달에 있을 미생물 유전체 정보 분석 교육에 사용할 실습 자료를 만들고 있다. 워낙 많은 양의 시퀀싱 결과물이 있어서 적당한 것을 골라서 정해진 시간 내에 실습이 무난히 이루어지도록 분량을 줄이고 프로그램 버전을 확인하는 작업을 한창 진행 중에 있...
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