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2023년 2월 13일 월요일

반쪽(dDDH) + 반쪽(ANI) heatmap 그려보기

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며칠 전에 작성한 글(iTOL 그림 새로 그리기 - 최적의 genus delineation 방법은? 링크 )에서 해양과기원 권개경 박사팀의 논문 을 소개한 일이 있다. 여기에는 두 가지 자료(AAI와 ANI)를 하나의 heatmap으로 표시한 그림이 ...
2019년 10월 15일 화요일

[하루에 한 R] 그룹 내의 최댓값/최솟값 구하기, 그리고 그 값을 갖는 행을 찾아내기 - dplyr 패키지

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최대값·최소값이 아니라 최댓값·최솟값이 올바른 표기라 한다. 뒤에 오는 말의 첫소리가 된소리이면 사이시옷을 넣어야 한다는 것이다( 링크 ). '북엇국'이라고 쓰기는 정말 어색한데... 행(row) 단위로 그룹을 지을 수 있는 자료가 ...
댓글 1개:
2018년 1월 31일 수요일

[하루에 한 R] PhyloSift 결과 종합하기(merge 함수로 tab-delimited CSV 파일의 일괄 입력 및 병합 등)

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Species boundary를 살짝 넘어가는 박테리아 유전체 50개 정도를 가지고 whole genome phylogenetic tree를 그려보고자 하였다. Harvest suite 로 분석을 하면 MUMi distance cutoff에 미치지 못...
2017년 12월 19일 화요일

[하루에 한 R] 그래픽스 생기초 - plot area와 margin 등의 이해

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R GUI에서 그림을 그리면 기본적으로 정사각형의 창이 뜨면서 그림이 그려진다. 백문이 불여일견이니 한번 해 보자. > plot(1:10) 창의 가장자리에 마우스를 대고 적당히 끌어서 크기와 종횡비(aspect ratio)를 조절한 ...
2017년 12월 14일 목요일

[하루에 한 R] 매트릭스에서 특정 값을 갖는 row 추출하기

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[작성 후 추가한 글] 제목이 잘못되었다. 엄밀히 말해서 매트릭스가 아니라 데이터프레임이다. 해들리 위컴( Hardley Wickham )은 뉴질랜드의 통계학자 및 데이터 사이언티스트이자 저명한 R 개발자이다. RStudio 의 Chief Scie...
2017년 12월 13일 수요일

[하루에 한 R] BLAST tabular output에서 best hit 뽑아내기

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BLAST+( 최신 버전 )가 완전히 정착된 것이 언제인데 나는 아직도 'legacy' BLAST( v2.2.26 )를 즐겨 사용한다. blastall 커맨드 라인 사용법에 너무나 길들여져 있기 때문이다. BLAST+의 옵션 설명서 를...

[하루에 한 R] order() 함수의 이해

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어떤 벡터가 있을 때 sort() 함수를 적용하면 그 원소들을 다음과 같이 오름차순으로 정리하여 출력한다. 내림차순으로 정동하고 싶으면 decreasing=T를 설정하면 된다. > x = c(1,5,3,2,4) > sort(x) [...
2017년 10월 17일 화요일

RStudio Cheat Sheets

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사오 년쯤 전에 KOBIC 차세대생명정보교육을 통해서 처음으로 R을 배우기 시작했을 때, 작은 종이에 R 활용 시 유용하게 쓸 수 있는 팁을 인쇄하여 배포한 것을 받은 기억이 있다. R을 아주 가끔씩 사용하지만 절대적인 빈도가 높지는 않은 편이라 기본...
2015년 8월 25일 화요일

[하루에 한 R] heatmap.2 그림을 조정해 보자

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오늘은 하루에 '한 R'이 아니고 '두 R'이 되었다. gplots 패키지를 이용하여 그린 heatmap.2 플롯이 맘에 들지 않으니 손을 좀 대 보자. 어떤 문제가 있는가? 이것은 다음의 스크립트로 그려진 것이다. ...

[하루에 한 R] Expression data로 heatmap 그리기

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오래전의 microarray 실험 데이터를 가지고 뒤늦은 논문을 쓰고 있다. 대단한 발견이라고 할만한 것은 없고, 너무 오래되어서 더 이상 시의성이 없는 데이터로 추락(?)하기 전에 일단락하여 발표하기 위함이다. 사실 과학에서는 과거의 연구성과가 상당...
2015년 7월 9일 목요일

[하루에 한 R] ANI 매트릭스로 덴드로그램 그리기

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오늘 작성하는 글에서 다루는 내용은 기술적으로 정확하지 않을 수도 있음을 사전에 밝히는 바이다. 다양성 측면에서 미생물 유전체를 다루는 사람이라면 서열 정보를 가지고서 두 스트레인이 동일한 종에 속하는지 혹은 그렇지 않은지를 판단해야 하는 상황에 ...
2015년 4월 24일 금요일

[하루에 한 R] 행렬 형태의 데이터 구조

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R의 초보자 딱지도 아직 떼지 못했는데 주제넘게 이런 포스팅을 하여 인터넷 공간을 어지럽히는 것은 아닌지... [하루에 한 R]을 쓰게 된 동기는 다른 독자들이 이 글을 보고 조금이나마 도움을 얻기 위함이 아니라, 개인적인 공부를 하기 위함이다. 그러...
2015년 4월 23일 목요일

[하루에 한 R] 특정 조건에 맞는 row만 출력하기

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어제의 포스팅에서 다루었던 파일(data3.txt)을 이용하여 R의 또 다른 활용 방법을 살펴보자. 특정 조건을 만족하는 row만을 출력해 보는 것이다. $ cat data3.txt Nation,Pop.density, Area, Populatio...

[하루에 한 R] 매트릭스 형태의 텍스트 파일 입력과 헤더의 처리

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최근 세균 유래의 RNA-seq 데이터 분석 처리를 의뢰받으면서 1년 넘게 손을 놓고 있었던 R 관련 자료를 뒤적이게 되었다. 세균 RNA-seq 데이터 처리에 특화된 Rockhopper 라는 도구가 있어서 비교적 편하게 expression 수치와 f...
2013년 9월 13일 금요일

R의 매력

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아주 초보적인 수준의 microarray data, 그리고 RNA-seq data를 다루기 위해 R을 공부하고 있다. 인터넷에서 초보용 가이드를 처음 내려받아 인쇄하여 보기 시작한 것이 2011년이었고, 작년부터는 하루 이틀 정도의 단기 강좌를 시간이...