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2018년 1월 31일 수요일

[하루에 한 R] PhyloSift 결과 종합하기(merge 함수로 tab-delimited CSV 파일의 일괄 입력 및 병합 등)

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Species boundary를 살짝 넘어가는 박테리아 유전체 50개 정도를 가지고 whole genome phylogenetic tree를 그려보고자 하였다. Harvest suite 로 분석을 하면 MUMi distance cutoff에 미치지 못...
2017년 12월 19일 화요일

[하루에 한 R] 그래픽스 생기초 - plot area와 margin 등의 이해

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R GUI에서 그림을 그리면 기본적으로 정사각형의 창이 뜨면서 그림이 그려진다. 백문이 불여일견이니 한번 해 보자. > plot(1:10) 창의 가장자리에 마우스를 대고 적당히 끌어서 크기와 종횡비(aspect ratio)를 조절한 ...
2017년 12월 14일 목요일

[하루에 한 R] 매트릭스에서 특정 값을 갖는 row 추출하기

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[작성 후 추가한 글] 제목이 잘못되었다. 엄밀히 말해서 매트릭스가 아니라 데이터프레임이다. 해들리 위컴( Hardley Wickham )은 뉴질랜드의 통계학자 및 데이터 사이언티스트이자 저명한 R 개발자이다. RStudio 의 Chief Scie...
2017년 12월 13일 수요일

[하루에 한 R] BLAST tabular output에서 best hit 뽑아내기

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BLAST+( 최신 버전 )가 완전히 정착된 것이 언제인데 나는 아직도 'legacy' BLAST( v2.2.26 )를 즐겨 사용한다. blastall 커맨드 라인 사용법에 너무나 길들여져 있기 때문이다. BLAST+의 옵션 설명서 를...

[하루에 한 R] order() 함수의 이해

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어떤 벡터가 있을 때 sort() 함수를 적용하면 그 원소들을 다음과 같이 오름차순으로 정리하여 출력한다. 내림차순으로 정동하고 싶으면 decreasing=T를 설정하면 된다. > x = c(1,5,3,2,4) > sort(x) [...
2015년 8월 25일 화요일

[하루에 한 R] heatmap.2 그림을 조정해 보자

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오늘은 하루에 '한 R'이 아니고 '두 R'이 되었다. gplots 패키지를 이용하여 그린 heatmap.2 플롯이 맘에 들지 않으니 손을 좀 대 보자. 어떤 문제가 있는가? 이것은 다음의 스크립트로 그려진 것이다. ...

[하루에 한 R] Expression data로 heatmap 그리기

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오래전의 microarray 실험 데이터를 가지고 뒤늦은 논문을 쓰고 있다. 대단한 발견이라고 할만한 것은 없고, 너무 오래되어서 더 이상 시의성이 없는 데이터로 추락(?)하기 전에 일단락하여 발표하기 위함이다. 사실 과학에서는 과거의 연구성과가 상당...
2015년 4월 24일 금요일

[하루에 한 R] 행렬 형태의 데이터 구조

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R의 초보자 딱지도 아직 떼지 못했는데 주제넘게 이런 포스팅을 하여 인터넷 공간을 어지럽히는 것은 아닌지... [하루에 한 R]을 쓰게 된 동기는 다른 독자들이 이 글을 보고 조금이나마 도움을 얻기 위함이 아니라, 개인적인 공부를 하기 위함이다. 그러...
2015년 4월 23일 목요일

[하루에 한 R] 특정 조건에 맞는 row만 출력하기

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어제의 포스팅에서 다루었던 파일(data3.txt)을 이용하여 R의 또 다른 활용 방법을 살펴보자. 특정 조건을 만족하는 row만을 출력해 보는 것이다. $ cat data3.txt Nation,Pop.density, Area, Populatio...

[하루에 한 R] 매트릭스 형태의 텍스트 파일 입력과 헤더의 처리

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최근 세균 유래의 RNA-seq 데이터 분석 처리를 의뢰받으면서 1년 넘게 손을 놓고 있었던 R 관련 자료를 뒤적이게 되었다. 세균 RNA-seq 데이터 처리에 특화된 Rockhopper 라는 도구가 있어서 비교적 편하게 expression 수치와 f...
2013년 9월 13일 금요일

R의 매력

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아주 초보적인 수준의 microarray data, 그리고 RNA-seq data를 다루기 위해 R을 공부하고 있다. 인터넷에서 초보용 가이드를 처음 내려받아 인쇄하여 보기 시작한 것이 2011년이었고, 작년부터는 하루 이틀 정도의 단기 강좌를 시간이...
2012년 10월 31일 수요일

[R-project] rep() 함수 활용

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KOBIC이 주최하는 제12차 차세대 생명정보학 교육에 참석 중이다. 김상철 박사가 강의하는 R 강좌를 올해 들어 두번째 듣고 있다. 자기의 데이터를 가지고 실제 코딩을 해 봐야 실력이 늘 텐데, 게으름에 차일피일 미루다 보니 좀처럼 잘 되지 않는다....