2025년 3월 4일 화요일

2박3일에 걸쳐 대전에서 상주로 가기

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부석사, 소수서원, 도산서원, 하회마을. 지난 이틀 동안 들른 곳이다. 긴 우회로를 거쳐 오늘(3월 3일) 저녁에 드디어 최종 목적지인 상주에 도착하였다. 부석사 석등과 무량수전. 아내는 무량수전 배흘림 기둥에 기대앉았다. 영주 소수서원 입구에서. 상...
2025년 3월 3일 월요일

예기치 않은 FASTQ 파일 조작 실수가 가져온 새로운 발견?

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10년도 더 된 옛날 만든 미생물의 일루미나 시퀀싱 데이터를 정리하여 국가바이오데이터스테이션(K-BDS) 에 등록하는 ' 유전체 박물관(고물상?) '에 열심히 매진하는 과정에서 데이터 검수 책임을 맡는 관리자에게 늘 고마운 마음을 갖게 ...
2025년 3월 1일 토요일

달리기 입문 7개월을 마치며

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어제는 너무 피곤하여 달리기를 건너 뛰었다. 긴 회의와 면접으로 몹시 바빴던 오늘, 8 km 달리기로 2월을 마무리하였다. 칼로리 소모량으로 환산한다면 라면 1인분을 불태운 셈이다. 야심차게 10 km를 채워보고 싶었으나 다리에 묵직한 피로감이 느껴져...
2025년 2월 25일 화요일

GTDB-Tk의 reference database를 release 220으로 업데이트한 뒤 발생하는 'Reference genome missing from FastANI database' 에러 해결하기

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GTDB-Tk 의 배포용 최신판에는 r202_v2 레퍼런스 데이터베이스가 포함되어 있다(혹은 '있었다?'). 최소한 내가 지난 1월에 Bioconda를 이용하여 이를 설치할 때에는 그러하였다. 최근에 공개된 미생물 표준균주의 유전체는 여...
댓글 3개:
2025년 2월 24일 월요일

k-mer 분석 프로그램인 jellyfish를 미련하게 쓰고 있었다

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khmer, jellyfish, KAT ... NGS read로부터 k-mer 분석을 할 때 내가 즐겨 사용하는 프로그램들이다. 초창기에는 khmer를 즐겨 사용했었다. 이 프로그램은 특히 k-mer에 대해 어떤 기준을 적용하여 필터링을 할 수 있다....
2025년 2월 23일 일요일

작업 과정을 보여주는 친절한 ChatGPT - '미생물의 유전체 분석을 위한 universal single-copy gene과 관련한 연구 역사를 정리해 줘'

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어떤 연구자 그룹에서 발표한 성과물이 어떤 시간 순서대로 나왔는지 알고 싶어서 ChatGPT에게 질문을 던졌다. PubMed에서 조금만 검색을 해 보면 될 일이지만, 어차피 유료로 사용하는 ChatGPT를 이런 목적으로라도 써야 하지 않겠는가. 질문은...
2025년 2월 22일 토요일

달리는 거리를 8 km로 늘여 보았다

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작년에 달리기를 처음 시작할 때의 목표는 딱 30분, 또는 5 km 정도를 지속적으로 뛰는 것이었다. 사실 이 두 개의 목표 수치는 서로 잘 맞지 않는다. 그러려면 6분 페이스를 맞추어야 하는데, 아직 내 페이스는 6분 25초 정도에 불과하기 때문이다...