2022년 7월 30일 토요일

라즈베이 파이(Raspberry Pi) - 볼루미오(Volumio) 3에서 2로 돌아가기

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구관이 명관인가? 가끔은 그럴 때도 있다. 구관이 명관일 확률이 1/2이라면, 인류 역사에 발전이란 아예 없었을 것이다. 세상 모든 일에는 양과 질의 문제가 전부 존재하므로, 수십 수백 명의 구관이 세상을 적당히 주무른 뒤 나타난 유능한 한 명의 신관...
2022년 7월 29일 금요일

HP 1410-16G 스위치의 미스테리

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흔히 스위치 허브라고 불리는 네트워크 장비(모델명: HP 1410-16G)가 복도를 건너온 뒤 제대로 작동이 되지 않는 기이한 현상에 대하여 기록해 보고자 한다. 원래 이 장비는 다음 사진에 보이는 장비(CISCO Catalyst 2960-S Seri...
2022년 7월 28일 목요일

머리 없는(headless) 컴퓨터

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헤드리스 컴퓨터란 모니터/키보드/마우스 없이 운용되는 컴퓨터를 말한다. 서버 컴퓨터의 경우 보통 원격으로 접속하여 작업을 수행하기 때문에 본체에 이러한 '머리'를 붙이지 않아도 된다. 다소 오래 된 PC 중에는 키보드나 비디오 카드가 없...
2022년 7월 26일 화요일

Circlator가 canu assembler 버전을 제대로 인식하지 못하는 문제

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지난주 미생물 유전체 분석 워크샵을 실시하면서 실제 현장에서 맞닥뜨릴 컴퓨터 활용 환경이 제각각이라는 것을 깨닫게 되었다. 심지어 정부 조직에 속하는 어느 연구소에서 온 사람의 말을 들어보니 sudo 명령을 쓰려면 상급 부서의 허가를 받아야 한다는 것...
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2022년 7월 22일 금요일

MicroPIPE 설치 후 테스트 실행을 성공적으로 마치다 - 덩달아 알게 된 프로그램 몇 가지(JAPSA, singularity, Easyfig)

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이틀 전에 올린 글( 링크 )에서 나노포어 유래 박테리아 게놈 시퀀싱 자료의 조립 파이프라인인 MicroPIPE를 소개했었다. 오늘은 이 소프트웨어를 소개한 논문( 링크 )의 자료 일부를 가져다가 테스트 러닝을 돌리는 중이다. 테스트용 자료는 ST13...

커스텀 리눅스 배포(distro)를 공개하면 거기에 포함된 프로그램의 라이선스는 어떻게 되나?

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생명정보학 관련 교육 프로그램을 진행하다 보면 늘 걸리는 것이 실습 환경이다. R이나 파이썬이라면 아나콘다를 이용하면 되므로 큰 문제가 되지 않는다. 수강생이 노트북 컴퓨터를 준비해 오면, Jupyter Notebook을 설치하는 것으로 실습을 시작하...
2022년 7월 20일 수요일

박테리아 유전체 조립 파이프라인 MicroPIPE

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Nanopore sequencing read와 일루미나 자료를 함께 사용하여 박테리아의 유전체 염기서열을 완성 수준으로 조립하는 파이프라인 MicroPIPE 에 대하여 공부를 해 보았다. 호주 Queensland 대학의 작품이다. MicroPIPE: ...