2022년 7월 1일 금요일

강의 동영상 만들기 준비 - 아파치 스트리밍 설정

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무료 프로그램인 OBS Studio를 이용하여 컴퓨터 화면(파워포인트 강의자료 및 Windows Terminal) 녹화와 내 얼굴을 향한 웹캠 촬영을 동시에 실시하는 방법을 익혔다. 모니터는 두 대이므로 메인으로 사용하는 것 전체(2560x1440)을...
2022년 6월 30일 목요일

GNU parallel을 readstats.py에 적용하기, 그리고 우연히 알게된 AWS의 RONIN

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내가 즐겨사용하는 readstats.py는 FASTA/FASTQ 파일을 읽어들여서 총 sequence 수와 bp를 출력하는 스크립트로서 khmer package 에 포함되어 있다. 염기서열 파일을 다루는 많은 유틸리티가 있지만 관성이란 참으로 무서운 ...
2022년 6월 29일 수요일

ZGA pipeline에 두 쌍의 paired end read FASTQ 파일을 투입한 결과가 좀 이상하다

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서로 다른 종에 속하는 미생물 균주로부터 유래한 일루미나 sequencing read를 한꺼번에 조립하면 결과는 엉망이 된다. 특별히 metagenomic assembler를 쓰지 않은 상황이라면 이런 불량한 결과가 나오는 것은 너무나 당연하다. 가끔...

ART sequencing read simulator의 '-m' 파라미터는 정확히 무엇을 가리키는가?

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ART sequencing simulator 의 여러 파라미터 중 라이브러리의 크기와 직접 관련이 있는 것은 '-m'(the mean size of DNA/RNA fragments for paired-end simulations)이다. ...
2022년 6월 28일 화요일

한국인 유래 샘플을 포함하는 장내 마이크로바이옴 카탈로그, HRGM(Human Reference Gut Microbiome)

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메디톡스에서 파견 근무를 하던 2020년 4월에 생화학분자생물학회에서 발간하는 웹진의 TiBMB 섹션에  인체 장내 마이크로바이옴 참조 유전체 데이터베이스의 개발 현황 이라는 글을 실은 적이 있다. TiBMB는 아마도 'Trends in Bio...
2022년 6월 27일 월요일

소리전자는 웹사이트 관리를 하지 않는 것인가? 네이버 계정 정보 탈취 문제

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소리전자(https://www.soriaudio.com/)는 진공관 오디오 앰프의 자작과 중고 거래에 관심이 있는 사람이라면 누구다 다 알 만한 웹사이트이다. 여기에서 판매하는 진공관 앰프 키트는 국내의 관련 취미 활동 저변 확대에 크게 기여를 하였다...

Mendeley Desktop은 더 이상 다운로드할 수 없다 - Mendeley Reference Manager로 변화하는 과정

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다운로드한 논문 PDF 파일 정리를 위해 Mendeley Desktop을 열었더니 다음과 같인 메시지가 나타났다. 9월 1일부터 Medeley Desktop 다운로드가 불가능해진다고 한다. Mendeley Desktop will no longer be...