2022년 3월 30일 수요일

파이썬의 딕셔너리와 펄의 해시를 비교해 보다

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펄(Perl)의 데이터 유형 중 하나인 레퍼런스는 어떤 데이터 유형이든 가리킬 수 있다. 그런데 쓰임새가 약간 독특해서 '내가 레퍼런스를 쓰고 있다'는 것을 염두에 두고 코딩을 하지 않으면 혼동을 하기 쉽다. 간혹 anonymous 형태...
2022년 3월 27일 일요일

[왕초보 파이썬 - pandas] 딕셔너리로부터 데이터프레임 만들기

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구글에서 조금만 검색을 해 보면 파이썬 초보자를 위한 학습 자료가 넘쳐난다. 더 이상 늦을 수는 없다는 비장한 각오로 파이썬 공부를 시작하면서 왜 블로그에 글을 남기는가? 이것은 '나를 위한 메모'라는 성격이 강한 글이다. 일기는 일기장...
2022년 3월 24일 목요일

구태에서 벗어나기 - Legacy BLAST는 이제 그만!

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일루미나 플랫폼으로 라이브러리를 만들어서 시퀀싱을 할 때에는 PhiX174 박테리오파지 DNA가 control로 들어가게 되는데, 이것이 최종 결과물까지 남아서 NCBI에 유전체 정보를 등록할 때에도 그대로 따라가는 경우가 종종 있다. 논문으로도 나올...

하나의 자료에 두 개의 accession, 그러한 것은 있을 수가 없다!

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3월 22일에 올린 글( 링크 )에서 하나의 bacterial genome record에 두 개의 accession number가 붙게 된 이야기를 했었다. 동일 자료에 대해서  CP093535 와 CP093294 두 개의 번호가 붙었다. NCBI ...
2022년 3월 22일 화요일

[GenBank] 하나의 염기서열 자료에 두 개의 accession number가 붙었다

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작물에 풋마름병(bacterial wilt)을 일으키는 식물병원체인 Ralstonia pseudosolanaceraum  균주의 유전체 정보를 등록하다가 경험한 일을 기록하고자 한다. 신젠타 웹사이트 화면 갈무리( 링크 ). PacBio 시퀀싱 raw...
2022년 3월 17일 목요일

sort -V의 힘 - natural sort of (version) numbers within the text

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sort는 매우 유용한 명령어이지만 다루기에 까다로운 점도 없지 않다. 버그가 있다는 소문도 있다. GFF3sort라는 Perl 스크립트의 GitHub 사이트 에 이런 글이 있다. However, either the GNU sort or the gt ...
2022년 3월 16일 수요일

Contig circularity를 점검하는 스크립트, check_circularity.pl

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박테리아 유전체를 long read 기술로 시퀀싱하여 최신 assembler로 조립하면 원형 구조의 replicon 구조를 쉽게 얻는다. Contig가 원형으로 닫힌 구조인지 어떻게 확인하는가? Contig 앞뒤에 나오는 서열이 겹치면 그렇게 판단할 ...