2022년 2월 27일 일요일

43 오극관 앰프의 전원 트랜스 교체

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돌고 돌아 결국은 원래의 모습으로 돌아갔다. 50VA급 220V:220V 트랜스를 써서 얻은 전압을 정류하면 43 오극관에 그대로 공급하기에는 너무 높다. 몇 개의 저항을 거쳐서 160V 정도로 낮추었더니 전원 트랜스에서 듣기 싫은 떨림이 발생하였다....
2022년 2월 26일 토요일

Linux용 Windows 하위 시스템을 쓰게 되다

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올해에는 입문자를 위한 미생물 유전체 분석 강좌를 개설하기로 하였다. 마지막으로 강사 역할을 했던 것이 벌써 2019년 11월이니 3년이라는 세월이 흘렀다. 이런 강좌를 준비할 때마다 항상 실습 환경을 마련하는 것이 고민이다. 수강생들이 리눅스 경험을...
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2022년 2월 21일 월요일

FASTA file을 탭으로 구분된 파일로 펼치기(fasta2tbl 스크립트 + 줄 번호 삽입)

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그렇게 중요하지 않은 일에 과도하게 집착을 하는 것은 아닌지 모르겠다. 어제 올린 글(' 목록을 이용하여 FASTA file에서 원하는 서열을 뽑아내기 ')에서 이미 awk를 이용한 방법을 소개하였었다. 이것은 특별한 문제가 없이 잘 작...
2022년 2월 20일 일요일

목록을 이용하여 FASTA file에서 원하는 서열을 뽑아내기 - 심화편

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이 주제는 나의 블로그에서도 여러 차례 다루어진 바가 있고, 구글을 검색해 보면 꽤 많은 질문과 답이 올라와 있다. 파이썬을 능숙하게 다루는 사람이라면 별로 어렵지 않게 스크립트를 짜서 원하는 바를 해결할 수 있을 것이다. 나 역시 Perl을 이용하여...
2022년 2월 16일 수요일

PyTorch를 이용하여 long read binner(LRBinner) 실행하기 - 일단은 실패!

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Nanopore read 혹은 이를 대상으로 만들어진 조립물에 대하여 직접적으로 사용할 수 있는 metagenomics binning tool이 없을까? 지금까지 알려진 대부분의 도구는 short read를 대상으로 하였다. 이를 long read 혹...
2022년 2월 13일 일요일

RTC1302를 이용한 아두이노 시계 코드

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Michael Miller("Makuna")의 Rtc 라이브러리 에 포함된 예제( DS1302_Simple )를 활용한 아두이노 시계의 코드를 싣는다. 택트 스위치를 누르면 인터럽트가 발동하여 12시-24시 표시를 전환하게 만드느라 ...
2022년 2월 11일 금요일

숙원사업 - 드디어 GPU(GeForce RTX 3090)가 장착된 컴퓨터를 구입하여 나노포어 시퀀싱 준비를 완료하다

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이제는 다른 연구팀의 장비를 빌리거나 CPU에서 극도로 느린 guppy basecalling을 하면서 며칠이고 기다릴 필요가 없게 되었다. NVIDIA GeForce RTX 3090 이 장착된 데스크탑 컴퓨터를 구매하였기 때문이다. 이름은 ionic ...