2021년 11월 25일 목요일

PubMLST 자료를 쉽게 가져오는 방법 - mlst_check(Sanger)

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오늘도 나의 2021년 11월 하순을 뜨겁게 달구고 있는 fIDBAC 과 관련한 이야기를 써 내려가려고 한다. fIDBAC 파이프라인에서는 16S rRNA 서열 분석과 KmerFinder를 통해서 top 20 closest genome을 고르고, 이를...
2021년 11월 24일 수요일

fIDBAC 실행용 펄 스크립트의 use compiler directive 선언 오류, 그리고 플러스 알파(+베타, 감마...)

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fIDBAC(어제 작성한 소개의 글 링크 )에서 오류를 찾는 것이 취미가 될 수준에 이르렀다. 나는 파이썬에는 까막눈이지만 Perl은 조금 아는 편이라서 fIDBAC의 주요 스크립트를 뜯어보는 수준은 된다. 메인 스크립트는 fIDBAC.pl 이다. f...

2021년 진공관 앰프 제작을 위한 정보 수집

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세상은 넓고 고수는 많다. 인터넷을 뒤져서 단편적으로 얻은 지식에 내 생각을 약간 달아서 블로그에 적는다고 하여 세상의 지식이 늘어나는데 보탬이 될 일은 없을 것이다. 그저 내 기억력을 보조하기 위한 수단으로 기록을 할 뿐이다. 지금까지 예닐곱대의 진...
2021년 11월 23일 화요일

fIDBAC: A Platform for Fast Bacterial Genome Identification and Typing 공부하기

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유전체 서열 정보를 이용한 미생물 균주의 정확한 동정은 기초 생명과학과 감염병 관련 연구 분야에서 매우 중요한 일이다. 종(species) 또는 더 세분화된 수준으로 균주를 동정하거나 - 후자를 보통 타이핑(typing)이라고들 한다 - 유전체가 보유...
2021년 11월 17일 수요일

43 오극관 싱글 앰프의 개선 작업 마무리

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전원 트랜스포머의 교체 및 B+ 전압 조정 작업이 얼추 끝났다고 생각하고 음악을 듣는데, 좌우 채널 전체에서 '버석 버석'하는 소리가 들리기 시작했다. 접촉 불량인가, 새로운 타입의 발진인가? 또다시 좌절감에 휩싸였다. 겨우 쌍삼극관(6...
2021년 11월 16일 화요일

Roary 'query_pan_genome'의 고약한 출력물

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Roary: the Pan Genome Pipeline 은 내가 밥 먹듯이 즐겨 사용하는 프로그램이다. 최신판은 2019년 11월 6일에 릴리즈되었으니 더 이상 개선의 여지도 없는 프로그램이 아닐까 한다. MUMmer와 같이 거의 수정도 거치지 않으면...
2021년 11월 11일 목요일

43 싱글 앰프 튜닝 - 전원부 개선

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전원 트랜스포머를 220V 50W 절연트랜스로 교체하고, 초단관을 12DT8에서 원래 구성이었던 6N2P로 바꾸었다. 그리고 각 진공관은 최적 B+ 전원 조건에서 구동하고자 실험을 시작하였다. 일반적인 진공관 앰프에서는 전원장치에서 출력트랜스포머를 우...