2019년 11월 8일 금요일

Canu 버전에 따라서 PacBio 조립 결과물에 꽤 큰 차이가 난다

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Long read용 de novo assembler인 canu의 공식 문서 사이트에서는 샘플로 사용할 대장균 25x PacBio fastq 데이터의 링크를 제공한다. [Canu Quick Start] http://gembox.cbcb.umd.ed...
2019년 11월 7일 목요일

'선택지'라는 말이 요즘 무척 많이 쓰인다

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선택지(選擇肢)라는 낱말이 요즘 무척 많이 쓰인다. 뉴스 기사나 인터넷에서도 아주 흔하게 볼 수 있는 말이 되었다. 다음은 오늘 구글 검색창에 '선택지'를 넣어서 찾은 주요 뉴스 결과이다. 다음 사전에 의하면, 선택지란 ...
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2019년 11월 3일 일요일

2019년 11월 첫 일요일의 네이버 그린팩토리

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지난주에는 날씨가 제법 쌀쌀하여 오래 네이버 그린팩토리에 오래 앉아있지를 못했었다. 그날은 잡지를 읽는 대신 재레드 다이아몬드의 책 <어제까지의 세계>를 가져와서 읽느라 시간을 보냈었다. 오늘은 날씨도 제법 포근하여 편안한 마음으로 서가에서...

독서 기록 - 재레드 다이아몬드 [어제까지의 세계]

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『총, 균, 쇠』로 잘 알려진 재레드 다이아몬드가 최근작 『대변동: 위기, 선택, 변화』의 출간에 맞추어 한국을 찾았다고 한다. 어제(11월 2일)는 교보문고 광화문점에서 사인회가 있었고, 그저께에는 네이버 V LIVE에서 라이브 방송( 링크  - 현...
2019년 10월 29일 화요일

Minimus2 circlator 실행을 위한 편법

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Long read assembly에서 유래한 contig를 정리하여 염색체 형태로 완성된 염기서열을 얻는데 circlator 만큼 편한 것은 없다. Circlator가 하는 일은 의외로 복잡하다. 원형의 replicon을 다 커버하고 끝부분에서 남는 ...
2019년 10월 23일 수요일

두 개의 계통수를 비교하는 tanglegram 그리기

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같은 자료를 각각 다른 방법으로 처리하여 만들어낸 두 개의 계통수를 비교하기 위하여 같은 tip을 서로 연결한 그림을 tanglegram이라고 한다. 우리말로 옮기면 '엉킴그림' 또는 '엉킨그림' 정도가 될 것이다. R에서...
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2019년 10월 22일 화요일

우분투 가상머신에 아나콘다 최신판을 설치하기가 왜 이렇게 힘이 들까?

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11월에 한국바이오협회에서 주관하는 유전체분야 맞춤의료 기술인력 양성 교육에 강사로 참여하게 되었다. 지난 2016년에 KOBIC 주관 교육에서 강의를 한지 꼭 3년만의 일이다. 마이크로바이옴 시대가 활짝 열리면서 단일 미생물 유전체의 해독과 분석 교...
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