2019년 10월 29일 화요일

Minimus2 circlator 실행을 위한 편법

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Long read assembly에서 유래한 contig를 정리하여 염색체 형태로 완성된 염기서열을 얻는데 circlator 만큼 편한 것은 없다. Circlator가 하는 일은 의외로 복잡하다. 원형의 replicon을 다 커버하고 끝부분에서 남는 ...
2019년 10월 23일 수요일

두 개의 계통수를 비교하는 tanglegram 그리기

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같은 자료를 각각 다른 방법으로 처리하여 만들어낸 두 개의 계통수를 비교하기 위하여 같은 tip을 서로 연결한 그림을 tanglegram이라고 한다. 우리말로 옮기면 '엉킴그림' 또는 '엉킨그림' 정도가 될 것이다. R에서...
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2019년 10월 22일 화요일

우분투 가상머신에 아나콘다 최신판을 설치하기가 왜 이렇게 힘이 들까?

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11월에 한국바이오협회에서 주관하는 유전체분야 맞춤의료 기술인력 양성 교육에 강사로 참여하게 되었다. 지난 2016년에 KOBIC 주관 교육에서 강의를 한지 꼭 3년만의 일이다. 마이크로바이옴 시대가 활짝 열리면서 단일 미생물 유전체의 해독과 분석 교...
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2019년 10월 19일 토요일

낙선재 누마루 밑의 벽체의 빙렬문(氷裂紋)

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가을 햇살이 좋던 주말 오후, 아내와 함께 창덕궁을 찾았다. 지난 8월 16일에는 창덕궁 후원(예전에 비원이라 부르던 곳)을 들렀었는데 너무 더워서 창덕궁의 본 모습을 제대로 감상하지 못했었다. 마침 조선시대 과거제 재현행사를 하느라 방문객들이 제법 ...
2019년 10월 17일 목요일

Bash에서 탭(tab)을 표현하기 어려운 경우의 해결 방법

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'\t'로 표현되는 tab 문자는 주의를 기울이지 않으면 화면에서 출력하기가 어렵다. Perl에서는 따옴표로 둘러치면 되지만 bash에서는 이것으로는 안된다. 그래서 echo 명령어에서는 -e 옵션을 통해서 백슬래쉬(\)로 이스케이프된 ...
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2019년 10월 15일 화요일

[하루에 한 R] 그룹 내의 최댓값/최솟값 구하기, 그리고 그 값을 갖는 행을 찾아내기 - dplyr 패키지

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최대값·최소값이 아니라 최댓값·최솟값이 올바른 표기라 한다. 뒤에 오는 말의 첫소리가 된소리이면 사이시옷을 넣어야 한다는 것이다( 링크 ). '북엇국'이라고 쓰기는 정말 어색한데... 행(row) 단위로 그룹을 지을 수 있는 자료가 ...
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2019년 10월 13일 일요일

데이터 멍잉(data munging)

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'데이터 멍잉(data munging)'이라는 말을 들어 보았는가? 내가 웹에서 이 낱말을 본 것은 불과 며칠 되지 않았다. 처음에는 오타인줄 알았다. 어디서 개가 짖나? 멍멍, 멍잉... 한빛미디어에서 출간한 전희원 저 [R로 하는...
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