2019년 2월 26일 화요일

Fast and flexible bacterial genomic epidemiology with PopPUNK

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Genomic epidemology에 관한 최신 논문을 찾아보다가 올해 1월 24일 Genome Research에 발표된 새로운 소프트웨어 도구인  PopPUNK( Pop ulation P artitioning U sing N ucleotide K -...
2019년 2월 21일 목요일

[하루에 한 R] POCP 매트릭스를 이용하여 미생물 균주를 genus 별로 군집화하기

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POCP(percentage of conserved proteins)에 대한 간략한 소개는 여기 를 참조하라. 결론만 이야기한다면 POCP 50%를 기준으로 하여 세균이 같은 속(genus)에 속하는지를 판별하는 것을 제안한 것이다. 50%라는 기준은...
2019년 2월 18일 월요일

[2019 오디오 자작] 6N2P + 43 싱글 엔디드 앰프의 전원부 수정

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전원트랜스에서 인출한 110V 교류를 다이오드 브리지로 정류하여 평활회로를 거친 뒤 초단과 출력관에 전부 연결하면 출력관의 캐소드-애노드 사이에 85V 이상을 걸기가 어렵다. 전원회로쪽의 저항을 약간 작은 것으로 하면 몇 볼트를 올릴 수 있지만 험이 ...

[하루에 한 R] pair 형태의 데이터를 matrix로 전환할 때 주의할 점

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오늘 쓰려는 주제는 R 활용 기법과 직접적인 관련은 없음을 미리 밝힌다. 한 쌍의 유전체 사이에 어떤 계산을 하여 수치를 얻었다고 가정하자. 기본적으로 얻어지는 결과물은 다음과 같이 pair 형태일 것이다. 친절한 프로그램이라면 mat...
2019년 2월 15일 금요일

[2019 오디오 자작] 6N2P 프리앰프와 43 전력증폭회로의 통합

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오늘의 제목에서 '통합'이라 함은 두 개의 스테이지(초단 + 전력증폭단)를 하나의 섀시에 올리고 동일한 전원을 공급하게 만들었다는 뜻이다. 진공관 앰플리파이어에서 '초단'은 여러 의미를 동시에 갖는다. 아주 제대로 만들어진...
2019년 2월 13일 수요일

[BASH] cut 명령을 이용하여 파일 이름을 간략하게 정리하기

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cut - remove sections from each line of files (print selected parts of lines from each file to standard out) 커맨드 라인에서 man cut이라고 치면 나오는 설명...
2019년 2월 12일 화요일

POCP(percentage of conserved proteins): 세균의 속(genus) 구분을 위한 기준

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두 미생물 균주가 같은 종(species)에 속하는지를 확인하는 지표로서 아직까지도 가장 널리 쓰이는 것은 16S rRNA 유전자의 서열 유사도(sequence similarity)이다. 두 균주의 16S rRNA gene sequence simila...