2018년 4월 29일 일요일

독서 기록 - <인간을 위한 신>외 네 권

›
이번 주에는 문재인 대통령과 김정은 북한 국무위원장 간의 정상회담이라는 역사적인 대사건이 있었다. 남북 분단이 이대로 고착되는 것은 아닌지, 지금까지 수십 년 동안 살아오던 방식 그대로 앞으로도 살아가게 될 것이라는 타성에 젖어들 무렵 놀라운 일이 벌...
2018년 4월 26일 목요일

[하루에 한 R] clustering 결과에서 Newick format의 트리 파일 추출하기

›
R에서 데이터프레임을 hclust() 함수로 처리하여 얻어진 클러스터링 결과물을 시각적으로 분석하는 일이 흔하다. 여기에서 만들어진 dendrogram을 Newick file로 추출하여 다른 응용프로그램에서 확인하려면 어떻게 하면 좋을까? 내가 ...
2018년 4월 25일 수요일

도쿠위키(DokuWiki) 최신판 업그레이드 하려다 망한 사연

›
DokuWiki 최신판인 2018-04-22 "Greebo"가 나왔다고 하여 위키 업그레이드 플러그인을 사용하여 업그레이드를 하였더니 접속이 안되는 대참사가 발생하였다. 미생물 유전체 대상의 생명정보학 실무와 관련한 상당히 많은 자...
2018년 4월 23일 월요일

6N1 + 6P1 싱글 엔디드 진공관 앰프의 트랜스 울림 해결

›
난생 처음으로 전원 트랜스를 주문제작하여 진공관 앰프를 조립하였는데 전원 트랜스에서 웅~ 하는 떨림이 심하게 난다. 그 이유가 무엇일까? 인터넷을 뒤져보았다. 함침(impregnation) 불충분. 함침이란 트랜스 내부의 공기를 빼내고 절연 바니...

[하루에 한 R] reshape 패키지를 이용하여 쌍(pairwise) 자료를 매트릭스로 전환하기

›
dRep( 논문 , GitHub )은 수십, 혹은 그 이상의 미생물 유전체를 신속하게 비교하여 중복을 제거하는 도구이다. 메타게놈 데이터의 처리에도 유용하지만 다량의 유전체 자료를 비교하여 유사도(gANI) 기준으로 샘플을 묶는 데에도 편리하게 쓰일...
2018년 4월 21일 토요일

6N1 + 6P1 싱글 엔디드 진공관 앰프 조립

›
헤드폰 앰프를 제외하면 내가 소유한 세번째의 진공관 앰프이다. 주문제작한 전원트랜스가 어제 도착하는 바람에 조립이 늦어졌다. 엄밀히 말하자면 조립이라고 할 것도 없다. 나무판 위에 부품을 늘어놓고 배선을 한 것이 전부이기 때문이다. 번듯한 섀시에 꾸며...
2018년 4월 20일 금요일

시공간 단축의 욕망

›
과도한 소비 문화는 현대 사회의 한 특징이다. 워낙 주변에 만연하여 있고 계속 퍼져나가기 때문에 마치 감염병과 유사하다. 이를 비판적으로 표현하는 신조어인 어플루엔자(affluenza = affluence + influenza)라는 말이 생길 정도니 ...