2017년 5월 31일 수요일

Oxford Nanopore의 MinION 사용을 준비하면서

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Nanopore sequencing이란 단일 가닥의 DNA가 단백질 포어를 통과하면서 나타나는 미세한 전위차이를 이용하여 염기서열 정보를 실시간으로 읽어내는 기술을 말한다(수정: 걸려진 전압은 180mV 정도로 일정하다. 실제로는 단일가닥 DNA 분자...
2017년 5월 28일 일요일

건반을 고쳐보자(5) - Korg X2의 액정 백라이트 교체

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Fatar 키보드 콘트롤러의 rubber key contact는 판매자가 5월 11일쯤에 USPS로 보냈다는데 아직까지도 내 손에 들어오지 않았다. 2주 정도면 넉넉하게 배송이 될 것으로 예상한 것에 비하여 너무 오래 걸린다. 만약 한 달이 넘어가도록...
2017년 5월 25일 목요일

비닐봉지를 먹어치우는 나방 애벌레

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우리가 흔히 비닐봉지라고 부르는 것은 주로 폴리에틸렌으로 만들어진다. 내가 사는 아파트에서는 일주일에 한번 재활용 쓰레기 분리수거를 실시하는데, 항상 산더미같이 쌓이는 물품을 보면 이를 수거해서 어떻게 처리를 할지 늘 경이롭기만 하다. 점점 늘어나는 ...
2017년 5월 24일 수요일

[R] prop.table()을 이용한 비율 계산

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지극히 초보적인 수준의 R 코드를 가지고 잠시 혼란에 빠졌다가 해결책은 찾은 이야기를 기록으로 남기고자 한다. 다음 그림의 (A)와 같은 가상 데이터를 조작하여 열(B) 혹은 행(C) 합계에 대한 proportion으로 나타내는 것이 원래의 작업 목표...
2017년 5월 23일 화요일

dRep을 이용한 metagenome data set의 중복 제거

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동일한 생태계에서 수집한 관련성 있는 메타게놈 샘플을 shotgun 방식으로 시퀀싱을 하는 것은 요즘 매우 흔히 볼 수 있는 연구 방법이다. 예를 들자면 어떤 항생제를 투여한 뒤 장내 microbiome을 일정 시간 간격으로 샘플링하여 분석함으로써 외...
2017년 5월 21일 일요일

Dell Inspiron 660s의 은퇴(2012-2017)

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지메일에 남아있는 Dell Inspiron 660s의 구매 내역을 찾아보았다. 주문 내역서가 만들어진 것은 2012년 10월 4일. 아직 만 5년은 되지 못했다. 경제적 상황이 좋은 경우 업무용 PC의 교체 주기는 보통 3-4년, 가정용은 5-6년으로...
2017년 5월 18일 목요일

Goodbye genome paper, hello genome report

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이것은 2016년 6월 23일에 Brief Funct Genomics라는 학술지에 실린 리뷰의 제목 일부이다. 저자는 David Roy Smith. Goodbye genome paper, hello genome report: the increasi...