2010년 10월 6일 수요일

[HMA] 01. Haeyoung's microarray analysis - 시작하는 글

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먼저 [HMA](Haeyoung's Microarray Analysis)로 시작하는 글들은 웹을 통해 마이크로어레이 데이터 분석 방법을 소개하는 목적으로 쓴 글이 아님을 분명히 밝혀 둔다. 1998-1999년에 cDNA microarrayer와...
2010년 9월 16일 목요일

Paired end sequencing vs Mate pair library sequencing

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Sanger chemistry를 이용한 전통적인 샷건 시퀀싱에 익숙해 있는 내게 paired end sequencing이나 mate pair (library) sequencing이나 다를 바가 없다. 그런데 며칠 전 Illumina의 시퀀싱에 대해 검...
댓글 1개:
2010년 9월 15일 수요일

Illumina-Solexa read 다루기

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Sanger Institute에서 제안한 FASTQ format은 서열과 quality score를 하나의 파일에 축약해서 표연하는 방식으로서 high-throughout short read data를 다루기에 적합하며, 많은 de novo assem...
2010년 5월 31일 월요일

Hypothetical Proteins

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아직 논의가 완전히 끝난 것은 아니지만, 4월 말에 참석했던 NCBI Prokaryotic Annotation Workshop(NCBI PAW)은 genome project의 결과물을 수시로 등록하는 나에게는 매우 중요한 행사였다. 해묵은 논점 중의 ...
2010년 4월 12일 월요일

gsAssembler 2.0.0을 이용한 hybrid assembly

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Sanger read(screened fasta file and quality file)내부에 각 read의 정보를 넣는 것이 관건이다. 우선 다음과 같은 스크립트를 만들어서 detPair.pl이라 이름을 짓는다. 여기서는 *.f1 또는 *.r1이라는...
2010년 3월 29일 월요일

MIRA를 이용한 454+Sanger hybrid assembly

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454에 기반한 fungal genome project를 하나 진행하고 있다. Genome size는 9 Mb 남짓이지만, 이것도 eukaryotic genome이라 세균에서는 접하지 못했던 약간의 고난이도의 repeat에 직면하게 되었다. GS as...
2009년 10월 19일 월요일

Nature에 논문이 나갔다!

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Genome evolution and adaptation in a long-term experiment with Escherichia coli Jeffrey E. Barrick, Dong Su Yu, Sung Ho Yoon, Haeyoung Jeong...