2010년 5월 31일 월요일

Hypothetical Proteins

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아직 논의가 완전히 끝난 것은 아니지만, 4월 말에 참석했던 NCBI Prokaryotic Annotation Workshop(NCBI PAW)은 genome project의 결과물을 수시로 등록하는 나에게는 매우 중요한 행사였다. 해묵은 논점 중의 ...
2010년 4월 12일 월요일

gsAssembler 2.0.0을 이용한 hybrid assembly

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Sanger read(screened fasta file and quality file)내부에 각 read의 정보를 넣는 것이 관건이다. 우선 다음과 같은 스크립트를 만들어서 detPair.pl이라 이름을 짓는다. 여기서는 *.f1 또는 *.r1이라는...
2010년 3월 29일 월요일

MIRA를 이용한 454+Sanger hybrid assembly

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454에 기반한 fungal genome project를 하나 진행하고 있다. Genome size는 9 Mb 남짓이지만, 이것도 eukaryotic genome이라 세균에서는 접하지 못했던 약간의 고난이도의 repeat에 직면하게 되었다. GS as...
2009년 10월 19일 월요일

Nature에 논문이 나갔다!

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Genome evolution and adaptation in a long-term experiment with Escherichia coli Jeffrey E. Barrick, Dong Su Yu, Sung Ho Yoon, Haeyoung Jeong...
2009년 4월 30일 목요일

Consed 19.0에서 달라진 점

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이건 뭐... 뒷북도 한참 뒷북이지만 어쨌든 정리해 보자. 사소한 버그 수정은 중요하지 않고, 새로 더해진 기능 중에서 가장 중요한 것은 Assembly view에서 Solexa read를 볼 수 있다는 것이다. 우리 연구실에서 Solexa data를...

Phred/Phrap/Consed 새 버전 설치하기

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2009년도 첫 포스팅이다. 이건 해도 너무했다! :-) 2월 13일에 David Gordon이 새 버젼의 consed(19.0)가 나왔음을 알려왔다. 이와 더불에 phred/phrap도 모르는 사이에 update 판이 나와 있었다. 이번 기회에 새 ...
2008년 11월 25일 화요일

Two new words coined by me - "genomebug" or "genome rat"

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온라인상에서 내가 종사하고 또 즐기는 일과 관련하여 지을 별명으로서 무엇이 적당할까 고민하다가 두 가지 단어를 떠올리게 되었다. genomebug (shutterbug를 연상하라) genome rat (gym rat를 연상하라) google을 뒤져 보...