정해영의 블로그 - JEONG Haeyoung's blog

Sanger read(screened fasta file and quality file)내부에 각 read의 정보를 넣는 것이 관건이다. 우선 다음과 같은 스크립트를 만들어서 detPair.pl이라 이름을 짓는다. 여기서는 *.f1 또는 *.r1이라는...

454에 기반한 fungal genome project를 하나 진행하고 있다. Genome size는 9 Mb 남짓이지만, 이것도 eukaryotic genome이라 세균에서는 접하지 못했던 약간의 고난이도의 repeat에 직면하게 되었다. GS as...

Genome evolution and adaptation in a long-term experiment with Escherichia coli Jeffrey E. Barrick, Dong Su Yu, Sung Ho Yoon, Haeyoung Jeong...

이건 뭐... 뒷북도 한참 뒷북이지만 어쨌든 정리해 보자. 사소한 버그 수정은 중요하지 않고, 새로 더해진 기능 중에서 가장 중요한 것은 Assembly view에서 Solexa read를 볼 수 있다는 것이다. 우리 연구실에서 Solexa data를...

2009년도 첫 포스팅이다. 이건 해도 너무했다! :-) 2월 13일에 David Gordon이 새 버젼의 consed(19.0)가 나왔음을 알려왔다. 이와 더불에 phred/phrap도 모르는 사이에 update 판이 나와 있었다. 이번 기회에 새 ...

온라인상에서 내가 종사하고 또 즐기는 일과 관련하여 지을 별명으로서 무엇이 적당할까 고민하다가 두 가지 단어를 떠올리게 되었다. genomebug (shutterbug를 연상하라) genome rat (gym rat를 연상하라) google을 뒤져 보...

공개된 소프트웨어 도구를 이용하여 454/Sanger data의 혼합 유전체 서열단편 합체를 하는 일반적인 전략을 다루는 간단한 논문을 국내 학술지에 투고중이다. 이 과정에 대하여 궁금해 하는 사람들이 많아서, 복잡한 내용은 아니라 하더라도 어떤 형태...