2010년 3월 29일 월요일

MIRA를 이용한 454+Sanger hybrid assembly

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454에 기반한 fungal genome project를 하나 진행하고 있다. Genome size는 9 Mb 남짓이지만, 이것도 eukaryotic genome이라 세균에서는 접하지 못했던 약간의 고난이도의 repeat에 직면하게 되었다. GS as...
2009년 10월 19일 월요일

Nature에 논문이 나갔다!

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Genome evolution and adaptation in a long-term experiment with Escherichia coli Jeffrey E. Barrick, Dong Su Yu, Sung Ho Yoon, Haeyoung Jeong...
2009년 4월 30일 목요일

Consed 19.0에서 달라진 점

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이건 뭐... 뒷북도 한참 뒷북이지만 어쨌든 정리해 보자. 사소한 버그 수정은 중요하지 않고, 새로 더해진 기능 중에서 가장 중요한 것은 Assembly view에서 Solexa read를 볼 수 있다는 것이다. 우리 연구실에서 Solexa data를...

Phred/Phrap/Consed 새 버전 설치하기

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2009년도 첫 포스팅이다. 이건 해도 너무했다! :-) 2월 13일에 David Gordon이 새 버젼의 consed(19.0)가 나왔음을 알려왔다. 이와 더불에 phred/phrap도 모르는 사이에 update 판이 나와 있었다. 이번 기회에 새 ...
2008년 11월 25일 화요일

Two new words coined by me - "genomebug" or "genome rat"

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온라인상에서 내가 종사하고 또 즐기는 일과 관련하여 지을 별명으로서 무엇이 적당할까 고민하다가 두 가지 단어를 떠올리게 되었다. genomebug (shutterbug를 연상하라) genome rat (gym rat를 연상하라) google을 뒤져 보...
2008년 6월 18일 수요일

454/Sanger hybrid assembly에 대한 간단한 논문

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공개된 소프트웨어 도구를 이용하여 454/Sanger data의 혼합 유전체 서열단편 합체를 하는 일반적인 전략을 다루는 간단한 논문을 국내 학술지에 투고중이다. 이 과정에 대하여 궁금해 하는 사람들이 많아서, 복잡한 내용은 아니라 하더라도 어떤 형태...
댓글 1개:
2008년 5월 23일 금요일

진정한 454/Sanger hybrid assembly

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오랜만에 글을 올리게 되었다. 웹을 뒤져보니까 Bastien Chevreux라는 사람이 454/Solexa/Sanger read를 섞어서 합체할 수 있는 MIRA라는 공개 소프트웨어를 개발하고 있음을 알게 되었다. http://chevreux.org/...