2008년 5월 23일 금요일

진정한 454/Sanger hybrid assembly

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오랜만에 글을 올리게 되었다. 웹을 뒤져보니까 Bastien Chevreux라는 사람이 454/Solexa/Sanger read를 섞어서 합체할 수 있는 MIRA라는 공개 소프트웨어를 개발하고 있음을 알게 되었다. http://chevreux.org/...
2008년 3월 7일 금요일

Consed/cross_match 새소식

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David Gordon과 Phil Green은 Solexa와 454 데이터를 다룰 수 있도록 consed와 cross_match의 수정 작업을 벌이고 있다고 한다. 이 작업이 끝나면 수천만개의 Solex/454 read를 다룰 수 있다고 하니 기다려 ...
2008년 2월 13일 수요일

TIGR assembler

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새삼스럽게 왜 TIGR assembler인가? 사실 나도 AMOS 작업을 하기 전에는 거의 관심을 두지 않았었다. 그러나 조금 느리기는 해도 나름대로 탄탄하고 정확한 결과를 만들어 주는 것 같다. Methods in Molecular Biology(2...
2008년 2월 4일 월요일

GS data를 주로 이용한 피니싱 (1): consed와 GS data

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454, GS... 그냥 혼용하기로 하자. GS data를 주로 사용하여 피니싱을 하려고 한다. 도대체 어떻게 해야 하는가? 이는 target genome의 크기(유전체? BAC? fosmid), reference genome의 존재 여부(identi...
댓글 1개:

454 pyrosequencing system(GS 20/GS FLX)에서 만들어지는 데이터

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454 pyrosequencing의 원리에 대해서는 꽤 잘 알려져 있으므로 여기서는 다루지 않겠다. 다만 엔드 유저(장비 오퍼레이터가 아니라)의 입장에서 알아야 할 철저히 실무적인 이야기만 다루고자 한다. 표준 PicoTiterPlate는 70 x 7...
2008년 1월 26일 토요일

Phred/phrap/consed

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미생물 유전체 해독에서 아직까지 가장 널리 쓰이고 있는 소프트웨어 패키지가 바로 phred/phrap/consed이다. Phred는 basecaller, phrap은 fragment assembler, 그리고 consed는 contig viewer ...
댓글 2개:

phred/phrap/consed, AMOS, 그리고 Celera Assembler

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미생물 유전체 프로젝트의 실무를 맡은지도 올해로 벌써 9년째이다. 한가지 분야의 일에 오래 종사하다 보니 자잘한 노하우도 꽤 많이 축적한 셈이 되었다. 고속 시퀀싱 기술이 유행하고는 있지만 실제 자기 손으로 유전체 프로젝트를 다루어 본 사람은 많지 않...